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実験医学別冊　エピジェネティクス実験スタンダード

出版社： 羊土社
発行日： 2017-06-01
分野： 医学一般  >  雑誌
ISSN： 02885514
雑誌名：
特集： エピジェネティクス実験スタンダード
電子書籍版： 2017-06-01 （第1刷）
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目次

  • 実験医学別冊　エピジェネティクス実験スタンダード

    ―目次―

    特集　エピジェネティクス実験スタンダード

    I　エピジェネティクス解析ナビ
    　1．DNAメチル化解析ナビ
    　2．ヒストン化学修飾解析ナビ
    　3．エピゲノム制御因子としての非コードRNA解析ナビ

    II　DNAメチル化解析
    　A 個別領域の解析
    　　1．領域特異的バイサルファイトシークエンシング
    　　2．メチル化特異的PCR法
    　　3．制限酵素によるDNAメチル化検出
    　　4．パイロシークエンス法　複数のCpGメチル化の定量
    　　5．MassARRAYを用いたメチル化解析
    　　6．DNAメチル化酵素活性の解析
    　　7．5-ヒドロキシメチルシトシンの解析
    　　　　DNA免疫沈降―リアルタイムPCR（DIP-qPCR）
    　　8．DNA脱メチル化剤とHDAC阻害剤の処理
    　B 網羅的解析
    　　9．Infinium
    　　10．PBAT法によるメチローム解析
    　　11．MeDIP-Seq法：メチルシトシン抗体による免疫沈降法

    III　ヒストン化学修飾解析
    　A 全体像の解析
    　　1．ヒストン修飾抗体を用いたウエスタンブロット解析
    　　2．ヒストン修飾のイメージング
    　B 個別領域の解析
    　　3．クロマチン免疫沈降（ChIP）法
    　C 網羅的解析
    　　4．ChIP-Seq
    　　5．エピゲノムデータベースの現状と活用
    　D 酵素活性の測定
    　　6．HDAC活性・HAT活性測定法
    　　7．再構成ヌクレオソームを用いたヒストンメチル化活性測定
    　　8．ヒストン脱メチル化活性測定法 FDH-coupled assay
    　　9．ヒストンのリン酸化・ユビキチン化活性測定法

    IV　非コードRNA解析
    　A 長分子RNAの解析
    　　1．既知タンパク質に結合するRNAの
    　　　　網羅的解析手法 FAST-iCLIP
    　　2．lncRNAが結合するタンパク質・RNA・DNAの
    　　　　網羅的解析 ChIRP
    　　　　（chromatin isolation by RNA purification
    　　3．lncRNA複合体の細胞内局在と構造解析
    　　4．lncRNAの遺伝学的解析
    　B 小分子RNAの解析
    　　5．内在性小分子RNAの網羅的解析手法

    V　核内高次構造解析
    　1．ヌクレオソーム解析（FAIRE-Seq）
    　2．3C・4C法によるクロマチン高次構造解析

    VI　その他の新技術
    　1．エピゲノム編集
    　2．シングルセル解析
    　3．クロマチンに結合するタンパク質の網羅的解析
    　　　　ラベルフリー定量法を用いたChEPなど
    　4．特定のクロマチン領域に結合するタンパク質の
    　　　　網羅的解析 PICh法など
    　5．メチル化酵素の新規標的分子の網羅的解析

この書籍の参考文献

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本参考文献は電子書籍掲載内容を元にしております。

はじめに

P.6 掲載の参考文献
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5) Smith ZD, et al : Nat Rev Mol Cell Biol, 17 : 139-154, 2016
 
6) Sen P, et al : Cell, 166 : 822-839, 2016
 
7) Feinberg AP, et al : Nat Rev Genet, 17 : 284-299, 2016
 
8) Hattori N & Ushijima T : Genome Med, 8 : 10, 2016
 
9) Maloney B & Lahiri DK : Lancet Neurol, 15 : 760-774, 2016
 
10) Netea MG, et al : Science, 352 : aaf1098, 2016
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11) Ozanne SE : N Engl J Med, 372 : 973-974, 2015
 
12) 「エピジェネティクスキーワード事典」 (牛島俊和, 眞貝洋一/編) 羊土社, 2013
 

I エピジェネティクス解析ナビ

P.22 掲載の参考文献
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3) Smith ZD & Meissner A : Nat Rev Genet, 14 : 204-220, 2013
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5) Booth MJ, et al : Science, 336 : 934-937, 2012
 
6) Yu M, et al : Nat Protoc, 7 : 2159-2170, 2012
 
7) Ramsahoye BH : Methods Mol Biol, 200 : 17-27, 2002
 
8) Okamoto A : ChemMedChem, 9 : 1958-1965, 2014
 
9) Ushijima T : Nat Rev Cancer, 5 : 223-231, 2005
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10) Li B, et al : Cell, 128 : 707-719, 2007
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11) Lin JC, et al : Cancer Cell, 12 : 432-444, 2007
 
12) Yang X, et al : Cancer Cell, 26 : 577-590, 2014
 
13) Neri F, et al : Nature, 543 : 72-77, 2017
PubMed
14) Maeda M, et al : Gut, 10.1136/gutjnl-2016-313387, 2016
 
15) Tang J, et al : Methods Mol Biol, 1238 : 653-675, 2015
 
P.28 掲載の参考文献
1) 「エピジェネティクス実験プロトコール」 (牛島俊和, 眞貝洋一/編), 羊土社, 2008
 
2) 「エピジェネティクスキーワード辞典」 (牛島俊和, 眞貝洋一/編), 羊土社, 2013
 
3) 「Epigenetics, Second edition」 (Allis CD, Caparros ML, Jenuwein T & Reinberg D, eds), CSHL Press, 2015
 
4) 「タンパク質の翻訳後修飾解析プロトコール」 (稲垣昌樹/編), 羊土社, 2006
 
5) 「見つける, 量る, 可視化する! 質量分析実験ガイド」 (杉浦悠毅, 末松誠/編), 羊土社, 2013
 
6) Allis CD, et al : Cell, 131 : 633-636, 2007
 
P.35 掲載の参考文献
1) de Koning AP, et al : PLoS Genet, 7 : e1002384, 2011
 
2) Quinn JJ & Chang HY : Nat Rev Genet, 17 : 47-62, 2016
 
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II DNAメチル化解析

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5) 佐々木裕之, 他 : 実験医学, 25 : 2191-2196, 2007
 
6) 千葉初音, 佐々木裕之 : 「エピジェネティクス実験プロトコール」 (牛嶋俊和, 眞貝洋一/編), pp38-47, 羊土社, 2008
 
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5) 竹島秀幸, 牛島俊和 : 個別領域のDNAメチル化解析. 「エピジェネティクスキーワード事典」 (牛島俊和, 眞貝洋一/編), pp250-259, 羊土社, 2013
 
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6) Shiau C, et al : Chem Biol, 20 : 494-499, 2013
 
7) Horton JR, et al : Nat Struct Mol Biol, 17 : 38-43, 2010
 
8) Gale M & Yan Q : Epigenomics, 7 : 57-65, 2015
 
P.250 掲載の参考文献
1) Shimada M, et al : Cell, 132 : 221-232, 2008
 
2) Karagianni P, et al : Mol Cell Biol, 28 : 705-717, 2008
 

IV 非コードRNA解析

P.273 掲載の参考文献
1) Licatalosi DD, et al : Nature, 456 : 464-469, 2008
PubMed
2) Hafner M, et al : Cell, 141 : 129-141, 2010
PubMed
3) Hafner M, et al : J Vis Exp, 41 : e2034, 2010
 
4) Konig J, et al : Nat Struct Mol Biol, 17 : 909-915, 2010
PubMed
5) Konig J, et al : J Vis Exp, 50 : e2638, 2011
 
6) Flynn RA, et al : RNA, 21 : 135-143, 2015
 
7) Van Nostrand EL, et al : Nat Methods, 13 : 508-514, 2016
PubMed
8) Zarnegar BJ, et al : Nat Methods, 13 : 489-492, 2016
 
P.286 掲載の参考文献
1) Rinn JL & Chang HY : Annu Rev Biochem, 81 : 145-166, 2012
 
2) Chu C, et al : Mol Cell, 44 : 667-678, 2011
PubMed
3) Chu C, et al : Cell, 161 : 404-416, 2015
PubMed
4) Simon MD, et al : Proc Natl Acad Sci U S A, 108 : 20497-20502, 2011
PubMed
5) West JA, et al : Mol Cell, 55 : 791-802, 2014
 
6) Engreitz JM, et al : Science, 341 : 1237973, 2013
PubMed
7) McHugh CA, et al : Nature, 521 : 232-236, 2015
PubMed
8) Quinn JJ, et al : Nat Biotechnol, 32 : 933-940, 2014
 
9) Chu C, et al : Nat Struct Mol Biol, 22 : 29-35, 2015
 
P.298 掲載の参考文献
1) Cerase A, et al : Proc Natl Acad Sci U S A, 111 : 2235-2240, 2014
 
2) Mito M, et al : Methods, 98 : 158-165, 2016
PubMed
3) Staudt T, et al : Microsc Res Tech, 70 : 1-9, 2007
PubMed
4) Kirshner H, et al : J Microsc, 249 : 13-25, 2013
 
5) Mito M, et al : Methods, 98 : 158-165, 2016
PubMed
6) 水戸麻理, 中川真一 : 実験医学, 33 : 206-210, 2015
 
P.310 掲載の参考文献
1) 「Manipulating the Mouse Embryo : A Laboratory Manual, Fourth Edition」 (Behringer R, et al), Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2014
 
2) Okamoto I, et al : Development, 127 : 4137-4145, 2000
 
3) Amakawa Y, et al : Development, 142 : 4299-4308, 2015
 
4) Hoki Y, et al : Development, 136 : 139-146, 2009
 
P.322 掲載の参考文献
1) Siomi H & Siomi MC : Nature, 457 : 396-404, 2009
 
2) Iwasaki YW, et al : Annu Rev Biochem, 84 : 405-433, 2015
PubMed
3) Miyoshi K, et al : Methods Mol Biol, 725 : 29-43, 2011
 
4) Hirano T, et al : Methods Mol Biol, 1463 : 205-216, 2017
 
5) McGinn J & Czech B : Methods Mol Biol, 1093 : 195-208, 2014
 
6) Babraham Bioinformatics : FastQC. http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ (2017年3月閲覧)
 
7) cutadapt. http://cutadapt.readthedocs.io/en/stable/ (2017年3月閲覧)
 
8) Langmead B & Salzberg SL : Nat Methods, 9 : 357-359, 2012
PubMed
9) Thorvaldsdottir H, et al : Brief Bioinform, 14 : 178-192, 2013
PubMed
10) Kent WJ, et al : Genome Res, 12 : 996-1006, 2002
PubMed
11) Friedlander MR, et al : Nat Biotechnol, 26 : 407-415, 2008
PubMed
12) Garcia DM, et al : Nat Struct Mol Biol, 18 : 1139-1146, 2011
PubMed
13) Matts JA, et al : Methods Mol Biol, 1093 : 123-136, 2014
 
14) Hirano T, et al : RNA, 20 : 1223-1237, 2014
 
15) Iorio MV & Croce CM : EMBO Mol Med, 4 : 143-159, 2012
 
16) Gunawardane LS, et al : Science, 315 : 1587-1590, 2007
PubMed
17) Brennecke J, et al : Cell, 128 : 1089-1103, 2007
PubMed
18) Aravin AA, et al : Science, 316 : 744-747, 2007
PubMed
19) Hayashi R, et al : Nature, 539 : 588-592, 2016
 

V 核内高次構造解析

P.334 掲載の参考文献
1) Maurano MT, et al : Nat Genet, 47 : 1393-1401, 2015
 
2) Ernst J, et al : Nature, 473 : 43-49, 2011
 
3) Banerji J, et al : Cell, 27 : 299-308, 1981
 
4) Boyle AP, et al : Cell, 132 : 311-322, 2008
PubMed
5) Giresi PG, et al : Genome Res, 17 : 877-885, 2007
PubMed
6) Simon JM, et al : Nat Protoc, 7 : 256-267, 2012
 
7) Buenrostro JD, et al : Nat Methods, 10 : 1213-1218, 2013
PubMed
8) Heintzman ND, et al : Nat Genet, 39 : 311-318, 2007
 
9) Waki H, et al : PLoS Genet, 7 : e1002311, 2011
PubMed
P.344 掲載の参考文献
1) Dekker J, et al : Science, 295 : 1306-1311, 2002
 
2) Simonis M, et al : Nat Genet, 38 : 1348-1354, 2006
 
3) Dostie J, et al : Genome Res, 16 : 1299-1309, 2006
 
4) Lieberman-Aiden E, et al : Science, 326 : 289-293, 2009
PubMed
5) Dixon JR, et al : Nature, 485 : 376-380, 2012
PubMed
6) Ishihara K, et al : Hum Mol Genet, 25 : 5383-5394, 2016
 
7) Nagano T, et al : Nature, 502 : 59-64, 2013
PubMed

VI その他の新技術

P.352 掲載の参考文献
1) Tanenbaum ME, et al : Cell, 159 : 635-646, 2014
PubMed
2) Konermann S, et al : Nature, 517 : 583-588, 2015
PubMed
3) Zalatan JG, et al : Cell, 160 : 339-350, 2015
 
4) Chavez A, et al : Nat Methods, 12 : 326-328, 2015
PubMed
5) Stricker SH, et al : Nat Rev Genet, 18 : 51-66, 2017
PubMed
6) Maeder ML, et al : Nat Biotechnol, 31 : 1137-1142, 2013
 
7) Morita S, et al : Nat Biotechnol, 34 : 1060-1065, 2016
PubMed
8) Hilton IB, et al : Nat Biotechnol, 33 : 510-517, 2015
PubMed
9) Mendenhall EM, et al : Nat Biotechnol, 31 : 1133-1136, 2013
 
10) Kearns NA, et al : Nat Methods, 12 : 401-403, 2015
PubMed
P.362 掲載の参考文献
1) 橋本真一 : シングルセル (1) : 機器・方法編 C1以外で世界的に開発されている機器・方法について. 「実験医学別冊 NGSアプリケーション RNA-Seq実験ハンドブック」 (鈴木穣/編), pp159-165, 羊土社, 2016
 
1) Dexter DL & Leith JT : J Clin Oncol, 4 : 244-257, 1986
 
2) Burrell RA, et al : Nature, 501 : 338-345, 2013
 
2) 鈴木絢子 : シングルセル (3) : C1システムのプロトコールと実施例. 「実験医学別冊 NGSアプリケーション RNA-Seq実験ハンドブック」 (鈴木穣/編), pp174-181, 羊土社, 2016
 
3) Buenrostro JD, et al : Nature, 523 : 486-490, 2015
 
4) Cheow LF, et al : Nat Methods, 13 : 833-836, 2016
 
5) 10x GENOMICS : Chromium(TM) Single Cell 3' Reagent Kits v2 User Guide. https://support.10xgenomics.com/single-cell/sample-prep/doc/user-guide-chromium-single-cell-3-reagent-kit-v2-chemistry (2017年4月閲覧)
 
6) 10x GENOMICS : CHROMIUM(TM) Single Cell 3' Solution. https://www.10xgenomics.com/single-cell/ (2017年3月閲覧)
 
7) バイオ・ラッド ラボラトリーズ社 : ddSEQ(TM) Single-Cell Isolator. http://www.bio-rad.com/ja-jp/product/ddseq-single-cell-isolator (2017年4月閲覧)
 
8) Illumina Bio-Rad SureCell WTA 3' Library Prep Reference Guide. https://support.illumina.com/content/dam/illumina-support/documents/documentation/chemistry_documentation/surecell/surecell-wta3-library-prep-reference-guide-1000000021452-00.pdf (2017年4月閲覧)
 
9) WAFERGEN BIOSYSTEMS : ICELL8(TM) Single-Cell System. http://www.wafergen.com/products/icell8-single-cell-system (2017年3月閲覧)
 
10) タカラバイオ社 : ICELL8(TM) Single-Cell System SmartChipテクノロジーによるシングルセル解析システム. http://catalog.takara-bio.co.jp/product/basic_info.php?unitid=U100009211 (2017年4月閲覧)
 
11) Smallwood SA, et al : Nat Methods, 11 : 817-820, 2014
PubMed
12) Rotem A, et al : Nat Biotechnol, 33 : 1165-1172, 2015
PubMed
13) Achim K, et al : Nat Biotechnol, 33 : 503-509, 2015
PubMed
14) Satija R, et al : Nat Biotechnol, 33 : 495-502, 2015
PubMed
15) Stahl PL, et al : Science, 353 : 78-82, 2016
PubMed
16) Tirosh I, et al : Nature, 539 : 309-313, 2016
PubMed
17) Reinius B, et al : Nat Genet, 48 : 1430-1435, 2016
 
18) Reinius B & Sandberg R : Nat Rev Genet, 16 : 653-664, 2015
 
P.369 掲載の参考文献
1) Kustatscher G, et al : Nat Protoc, 9 : 2090-2099, 2014
 
2) Ong SE, et al : Mol Cell Proteomics, 1 : 376-386, 2002
 
3) Shiio Y, et al : J Am Soc Mass Spectrom, 14 : 696-703, 2003
 
4) Adachi J, et al : Anal Chem, 88 : 7899-7903, 2016
 
5) Tyanova S, et al : Nat Protoc, 11 : 2301-2319, 2016
 
P.378 掲載の参考文献
1) Dejardin J & Kingston RE : Cell, 136 : 175-186, 2009
PubMed
2) Saksouk N, et al : Mol Cell, 56 : 580-594, 2014
 
3) Ide S & Dejardin J : Nat Commun, 6 : 6674, 2015
 
P.388 掲載の参考文献
1) Petrossian TC & Clarke SG : Mol Cell Proteomics, 10 : M110.000976, 2011
 
2) Bothwell IR, et al : J Am Chem Soc, 134 : 14905-14912, 2012
 
3) Shimazu T, et al : PLoS One, 9 : e105394, 2014
 
4) Guo A, et al : Mol Cell Proteomics, 13 : 372-387, 2014
 
5) Liu H, et al : Mol Cell, 50 : 723-735, 2013
 
6) Carlson SM, et al : Nat Protoc, 9 : 37-50, 2014
 
7) Levy D, et al : Epigenetics Chromatin, 4 : 19, 2011
 
8) Wang K, et al : Anal Chem, 88 : 11319-11327, 2016
 
9) Wang R & Luo M : Curr Opin Chem Biol, 17 : 729-737, 2013
 
10) Huber TD, et al : Curr Opin Biotechnol, 42 : 189-197, 2016
 
11) Willnow S, et al : Chembiochem, 13 : 1167-1173, 2012
 

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