あなたのタンパク質精製、大丈夫ですか？

出版社： 羊土社
著者：
発行日： 2018-09-15
分野： 基礎・関連科学  >  生命科学
ISBN： 9784758122382
電子書籍版： 2018-09-15 （第1刷）
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商品紹介

生命科学の研究者なら避けて通れないタンパク質実験．取り扱いの基本から発現・精製まで,実験の成功のノウハウを余さずに解説します．初心者にも，すでにタンパク質実験に取り組んでいる方にも役立つ一冊です.

目次

  • 第1章タンパク質のこと，ちゃんと知っていますか？
    1．タンパク質とDNA を同じように扱っていませんか？
    2．タンパク質の電気泳動，正しく理解していますか？

    第2章 発現コンストラクト，思い通りにつくれていますか？
    1．タンパク質をコードするDNA配列探しで迷子になっていませんか？
    2．遺伝子の合成はcDNAから，に固執していませんか？
    3．そのDNA塩基配列はホンモノですか？
    4．あなたの変異設計，立体構造に基づいていますか？
    5．目的にあった発現ベクターを選べていますか？
    6．発現プラスミドの作製方法は1種類と思っていませんか？
    7．変異体のデザイン，発現系への変異導入，うまくできていますか？

    第3章 タンパク質の発現が悪いな…と悩んでいませんか？
    1．いつも同じ培地で培養していませんか？
    2．培養液の滅菌処理，適切ですか？
    3．コロニーが全く生えない…．そんな経験ありませんか？
    4．大腸菌株のセレクションは適切ですか？
    5．適切な培養液量で培養していますか？
    6．分解している!?培養温度が高すぎませんか？

    第4章 精製でタンパク質を失っていませんか？
    1．溶液のpHは適正ですか？
    2．目的にあった溶液を選んでいますか？
    3．タンパク質が消えた！破砕は適切ですか？
    4．いつも同じ精製プロトコール頼みになっていませんか？
    5．タンパク質のタグ，大差ないと思っていませんか？
    6．不溶性画分のタンパク質，あきらめていませんか？
    7．そのカラム，ダメになっていませんか？
    8．タンパク質の吸光度は一定だと思っていませんか？
    9．その定量法，あなたのタンパク質に適していますか？
    10．タンパク質やバッファーの性質によって定量法を使い分けていますか？
    11．核酸−タンパク質複合体の精製法を知っていますか？

    第5章 その精製タンパク質，目的どおりのものですか？
    1．タンパク質の会合状態は正常ですか？
    2．タンパク質の折りたたみは適切ですか？
    3．精製したタンパク質は本当に目的のものですか？
    4．精製したタンパク質が分解していませんか？
    5．精製したタンパク質の翻訳後修飾が生体内と違っていませんか？

    第6章【大切なタンパク質，保存は万全ですか？】
    1．とりあえずフリーザー，になっていないですか？
    2．冷蔵庫のタンパク質，腐らせていませんか？

この書籍の参考文献

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本参考文献は電子書籍掲載内容を元にしております。

[ 第1章 ] タンパク質のこと, ちゃんと知っていますか ?

P.14 掲載の参考文献
1) PDB. https://www.rcsb.org
 
P.21 掲載の参考文献
1) 「そこが知りたい!電気泳動なるほどQ&A 改訂版」(大藤道衛/編, バイオ・ラッド・ラボラトリーズ株式会社/協力), 羊土社, 2011
 

[ 第2章 ] 発現コンストラクト, 思い通りにつくれていますか ?

P.27 掲載の参考文献
1) NCBI. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein
 
2) UniProt. http://www.uniprot.org
 
3) BLAST. https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
 
4) PSIPRED. http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/
 
5) Pfam. http://pfam.xfam.org
 
6) PDB. http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do
 
7) XtalPred-RF. http://ffas.burnham.org/XtalPred-cgi/xtal.pl
 
8) GENETYX. https://www.genetyx.co.jp
 
9) Serial Cloner. http://serialbasics.free.fr/Serial_Cloner-Download.html
 
10) ApE. http://jorgensen.biology.utah.edu/wayned/ape/
 
11) SnapGene. http://www.snapgene.com/products/snapgene_viewer/
 
12) CLC Sequence Viewer. https://www.qiagenbioinformatics.com/products/clc-sequence-viewer/
 
P.33 掲載の参考文献
1) かずさDNA研究所「Codon Usage Database」. http://www.kazusa.or.jp/codon/
 
2) Hoover DM & Lubkowski J:Nucleic Acids Res, 30:e43, 2002
 
3) DNAWorks(v3. 2. 4). https://hpcwebapps.cit.nih.gov/dnaworks/
 
P.42 掲載の参考文献
1) RCSB PDB. http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do
 
2) PyMOL software. https://www.pymol.org/
 
3) RasMol. http://www.openrasmol.org
 
4) Chimera. https://www.cgl.ucsf.edu/chimera
 
5) CueMol. http://www.cuemol.org/ja
 
6) PyMOL wiki. https://pymolwiki.org/index.php/Main_Page
 
7) BioKids Wiki. http://biokids.org
 
8) UniProt. https://www.uniprot.org
 
9) Phyre2. http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~phyre2
 
10) SWISS-MODEL. https://swissmodel.expasy.org
 
P.49 掲載の参考文献
1) 「pET System Manual」第10版, Novagen 社. http://lifeserv.bgu.ac.il/wp/zarivach/wp-content/uploads/2017/11/Novagen-pET-system-manual-1.pdf
 
2) 橋本義輝:pUC プラスミドにまつわるエトセトラ. 生物工学会誌, 89, 609-613, 2011
 
P.55 掲載の参考文献
1) 「Cleavage Close to the End of DNA Fragments」New England Biolabs. https://www.neb.com/tools-and-resources/usage-guidelines/cleavage-close-tothe-end-of-dna-fragments
 
2) Motohashi K:BMC Biotechnol, 15:47, 2015
PubMed
3) Okegawa Y & Motohashi K:Biochem Biophys Rep, 4:148-151, 2015
PubMed
4) Motohashi K:Methods Mol Biol, 1498:349-357, 2017
 
5) 本橋 健, 他:実験医学, 34:2349-2354, 2016
 

[ 第3章 ] タンパク質の発現が悪いな…と悩んでいませんか ?

P.69 掲載の参考文献
1) 農林水産省カルタヘナ法概要. http://www.maff.go.jp/j/syouan/nouan/carta/about/
 
P.73 掲載の参考文献
1) Hanahan D:J Mol Biol, 166:557-580, 1983
 
P.79 掲載の参考文献
1) McDaniel LE, et al:Appl Microbiol, 13:115-119, 1965
 
P.84 掲載の参考文献
1) Compute pI/Mw tool. https://web.expasy.org/compute_pi/
 

[ 第4章 ] 精製でタンパク質を失っていませんか ?

P.90 掲載の参考文献
1) Good NE, et al:Biochemistry, 5:467-477, 1966
 
2) Gasteiger E, et al:Protein identification and analysis tools on the ExPASy server. 「The Proteomics Protocols Handbook」(John M. Walker, ed), pp571-607, Humana Press, 2005.
 
P.96 掲載の参考文献
1) Heyda J, et al:Phys Chem Chem Phys, 11:7599-7604, 2009
 
P.110 掲載の参考文献
1) CHT セラミックハイドロキシアパタイトおよび結晶性ハイドロキシアパタイト(バイオ・ラッドラボラトリーズ社)http://www.bio-rad.com/ja-jp/category/chtceramic-hydroxyapatite-crystalline-hydroxyapatite-resins?ID=1d5f6d4f-4485-4bb1-87f6-c1cd1303c076
 
2) Pure Protein Club. http://www.gelifesciences.co.jp/newsletter/pure_protein/
 
3) 液体クロマトグラフィーレジンセレクションガイド. https://www.gelifesciences.co.jp/technologies/pdf/liquid_chromato_resin_selectionbook.pdf
 
P.116 掲載の参考文献
1) Waugh DS:Protein Expr Purif, 80:283-293, 2011
 
2) Zhao X, et al:J Anal Methods Chem, 2013:581093, 2013
 
P.129 掲載の参考文献
1) ProtParam tool. https://web.expasy.org/protparam/
 
2) Gasteiger E, et al:Protein identification and analysis tools on the ExPASy server. 「The Proteomics Protocols Handbook」(John M. Walker, ed), pp571-607, Humana Press, 2005.
 
P.133 掲載の参考文献
1) Bradford MM:Anal Biochem, 72:248-254, 1976
 
2) Fazekas de St Groth S, et al:Biochim Biophys Acta, 71:377-391, 1963
 
P.138 掲載の参考文献
1) Bradford MM:Anal Biochem, 72:248-254, 1976
 
2) Fazekas de St Groth S, et al:Biochim Biophys Acta, 71:377-391, 1963
 
3) LOWRY OH, et al:J Biol Chem, 193:265-275, 1951
 
4) Smith PK, et al:Anal Biochem, 150:76-85, 1985
 
5) Shimazaki K & Sukegawa K:J Dairy Sci, 65:2055-2062, 1982
 
6) Blakesley RW & Boezi JA:Anal Biochem, 82:580-582, 1977
 
7) 「タンパク質定量」Learning at the Bench. http://www.learningatthebench.com/protein-assay
 
8) 分光倶楽部 基礎講座 第1回. https://www.gelifesciences.co.jp/technologies/spectro/spectclub/theo_01.html
 

[ 第5章 ] その精製タンパク質, 目的どおりのものですか ?

P.149 掲載の参考文献
1) 「タンパク質をみる」(長谷俊治, 高尾敏文, 高木淳一/編), 化学同人, 2009
 
P.153 掲載の参考文献
1) 「生命科学のための機器分析実験ハンドブック」(西村善文/編), 羊土社, 2007
 
2) Townend R, et al:Biochem Biophys Res Commun, 23:163-169, 1966
 
3) Taguchi H, et al:Methods, 70:119-126, 2014
 
P.159 掲載の参考文献
1) GEヘルスケア社ライフサイエンス統括本部. https://www.gelifesciences.co.jp/index.html
 
P.165 掲載の参考文献
1) 「生命科学のための機器分析実験ハンドブック」(西村善文/編), 羊土社, 2007
 
2) 「タンパク質をみる」(長谷俊治, 高尾敏文, 高木淳一/編), 化学同人, 2009
 
P.170 掲載の参考文献
1) 「改訂 タンパク質実験ハンドブック」(竹縄忠臣, 伊藤俊樹/編), 羊土社, 2011
 
2) 2-D Electrophoresis and Analysis. http://www.bio-rad.com/ja-jp/applications-technologies/2-d-electrophoresis-analysis
 
3) 「The Protein Protocols Handbook」(John M. Walker, ed), Humana Press, 2002
 
4) 2次元電気泳動の原理と方法. http://www.atto.co.jp/technical_info/electrophoresis/2delectrophoresis
 
5) Ryan CA & Annunziato AT:Curr Protoc Mol Biol, Chapter 21:Unit 21. 2, 2001
 

[ 第6章 ] 大切なタンパク質, 保存は万全ですか ?

P.180 掲載の参考文献
1) 「新生化学実験講座 タンパク質I 分離・精製・性質」(日本生化学会/編), 東京化学同人, 1990
 
2) Protein Expression and Purification Core Facility. https://www.embl.de/pepcore/pepcore_services/protein_purification/storage_purified_proteins/
 
3) O'Fagain C:Storage of Pure Proteins. 「Protein Purification Protocols」(Paul Cutler, ed), Humana Press, 2004
 
4) プロテアーゼ阻害剤の特徴. http://www.gelifesciences.co.jp/technologies/protein_preparation/inhibitor.html
 

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