Rをはじめよう生命科学のためのRStudio入門

出版社: 羊土社
著者:
発行日: 2019-03-25
分野: 基礎医学  >  基礎医学一般
ISBN: 9784758120951
電子書籍版: 2019-03-25 (第4刷)
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商品紹介

リンゴ収量やウシ生育状況,カサガイ産卵数...イメージしやすい8つのモデルデータを元に手を動かし,堅実な作業手順を身に着けよう.行儀の悪いデータの整形からsummaryの見方まで,手取り足取り教えます

目次

  • 第1章 Rと仲よくなろう
     1.1.はじめてみる
     1.2.まずは R をインストールする
     1.3.RStudio をインストールする
     1.4.どこからはじめるか
     1.5.とりあえずデカい電卓として使ってみよう
     1.6.スクリプトを書いてみる
     1.7.総まとめ(ここまでの)
     1.8.大事なのはパッケージ
     1.9.いつでもヘルプ
     1.10.本格的な例(ちょっとだけ)
     1.11.最初のうち(そして今後も)うまくやっていくコツ
     付録1a.課題の解答例
     付録1b.ファイルの拡張子と OS による違い

    第2章 データを読み込む
     2.1.読み込むデータを用意する
     2.2.R にデータを読み込む
     2.3.読み込まれているのが自分のデータかどうか、ちゃんと確認する
     2.4.ありがちなトラブル
     2.5.まとめ
     付録2.応用編―うまく整理されていないデータをどうにかするには

    第3章 dplyrでデータを整える
     3.1.各変数の統計量を見る
     3.2.dplyr の命令
     3.3.行や列の取り出し
     3.4.データの変換と追加
     3.5.ソート
     3.6.ここまでのまとめと、2 つの技
     3.7.データの各群の要約統計
     3.8.これまでに学んだこと
     付録3a.dplyr とそれを使わない方法の比較
     付録3b.dplyr 応用編

    第4章 データを図で見る
     4.1.どんなデータでも最初に図を描く
     4.2.ggplot2 の作法
     4.3.箱ヒゲ図
     4.4.分布の様子:数値変数のヒストグラム
     4.5.プレゼンや論文に使う図を保存する
     4.6.終わりに

    第5章 統計解析をちゃんとした手順でやってみる
     5.1.まずは R で統計解析をはじめてみよう
     5.2.χ^2分割表を使った解析
     5.3.二標本 t 検定
     5.4.線形モデルという種類の解析法
     5.5.シンプルな線形回帰
     5.6.一元配置分散分析(one-way ANOVA)
     5.7.まとめ
     付録5.CRAN 以外からのパッケージのインストール

    第6章 もっと高度な統計解析をやろう
     6.1.さらに高度で複雑な統計解析
     6.2.二元配置分散分析(two-way ANOVA)
     6.3.共分散分析(ANCOVA)
     6.4.この章の概要:解析のはじめから終わりまでの流れ

    第7章 一般化線形モデル(GLM)を使ってみる
     7.1. はじめに
     7.2. 計数データと比率データ:ポアソン GLM
     7.3. ダメなやり方がどうダメなのか、やってみる
     7.4. 正しいやり方―ポアソン GLM
     7.5. 計数データなのにポアソン GLM が適さないときは?
     7.6. まとめとポアソン回帰の先

    第8章 プロットをきれいに整える:ggplotで座標軸とテーマをいじる
     8.1. ここまでに出てきたプロットの技
     8.2. 新しいプロットの準備
     8.3. 変えたいところはたくさんある
     8.4. 軸ラベル、軸の範囲、注釈
     8.5. プロット範囲と目盛り
     8.6. theme() で全体の様子をいじる
     8.7. まとめ

    第9章 終わりに:最後のコメントとはげまし

この書籍の参考文献

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本参考文献は電子書籍掲載内容を元にしております。

巻末付録

P.246 掲載の参考文献
https://journal.r-project.org
1) M. J. Crawley, Statistics:An Introduction using R, Wiley, 2005『統計学:Rを用いた入門書 改訂第2版』(著/Michael J. Crawley, 翻訳/野間口 謙太郎, 菊池 泰樹), 共立出版, 2016
https://cran.r-project.org
2) M. J. Crawley, The R Book, Wiley, 2012
https://www.rstudio.com/resources/cheatsheets/
3) J. J. Faraway, Linear Models with R, 2nd edn, CRC Press, 2014
4) P. Dalgaard, Introductory Statistics with R, Springer, 2008『Rによる医療統計学 原書2版』(著/Peter Dalgaard, 監修・翻訳/岡田昌史), 丸善出版, 2017
https://ggplot2.tidyverse.org/index.html
http://www.statmethods.net
5) W. N. Venables and B. D. Ripley, Modern Applied Statistics with S, Springer, 2002『S-PLUSによる統計解析 第2版』(著/W. N. Venables, B. D. Ripley, 翻訳/伊藤 幹夫, 大津 泰介, 戸瀬 信之, 中東 雅樹, 丸山 文綱, 和田 龍磨), 丸善出版, 2012
6) J. Fox and S. Weisberg, An R Companion to Applied Regression, 3rd edn, Sage, 2018
http://stackoverflow.com
http://www.r-bloggers.com
7) H. Wickham, ggplot2:Elegant Graphics for Data Analysis, Springer, 2009『グラフィックスのためのRプログラミング』(著/Hadley Wickham, 翻訳/石田 基広), 丸善出版, 2012
https://www.datacamp.com
8) A. Hector, The New Statistics with R:An Introduction for Biologists, Oxford University Press, 2015
9) J. Maindonald and W. J. Braun, Data Analysis and Graphics Using R:An Example-Based Approach, 2nd edn, Cambridge University Press, 2010
10) J. Fox, Applied Regression Analysis and Generalized Linear Models, 3rd edn, Sage, 2015
11) J. J. Faraway, Extending the Linear Model with R, CRC Press, 2005
12) J. Adler, R in a Nutshell, O'Reilly, 2012『Rクイックリファレンス 第2版』(著/Joseph Adler, 翻訳/大橋 真也, 木下 哲也), オライリージャパン, 2014
13) G. P. Quinn and M. J. Keough, Experimental Design and Data Analysis for Biologists, Cambridge University, 2002

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