実験医学別冊 RNA-Seqデータ解析
目次
- 特集 RNA-Seqデータ解析
WETラボのための鉄板レシピ
Chapter1 まずはこれだけ！解析環境を整える〜Mac＋Biocondaを中心に
Chapter2 データを入手する
（1）RNA-Seqの注意点～外注時のリード数，小分子・長分子での違いなど
COLUMN RNA-Seq vs マイクロアレイ
（2）公共データの利用〜AOEとRefEx，SRAデータ取得，メタ解析
Chapter3 転写産物の発現を定量する
（1）リファレンスゲノムにマッピングする方法(1)～HISAT2 + StringTie
（2）リファレンスゲノムにマッピングする方法(2)～STAR + RSEM
COLUMN Strand NGS〜RNA-SeqデータをGUIで解析する
（3）リファレンスゲノムにマッピングしない方法
～salmon，kallisto，tximport & RNA-Seq定量にまつわるFAQ
（4）転写開始点を解析する方法～CAGE
COLUMN 各種ツールの実行時間比較
Chapter4 リファレンスゲノムのない生物でde novo解析を行う【横井翔】
Chapter5 発現変動遺伝子群を検出する【門田幸二】
Chapter6 サンプル間の発現変動した遺伝子群の機能を推定する～エンリッチメント解析
COLUMN Ingenuity Pathway Analysis～発現プロファイルの生物学的意義をGUIで解析する
COLUMN アノテーション情報とID変換～Gene Ontology，BioMart，Spotfire
Chapter7 多数のサンプル間の類似度を比較する～1細胞RNA-Seqの場合
（1）次元削減と可視化
（2）類似度の計算とクラスタリング
COLUMN 1細胞RNA-Seq解析の動向
Chapter8 リードカウント以降の統合解析をウェブブラウザで行う～iDEP
Chapter9 論文投稿に必須！データを登録・公開する～DRA，GEA
COLUMN 解析結果を論文発表する際にはここに気をつけよう
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