実験医学別冊 RNA-Seqデータ解析

出版社: 羊土社
発行日: 2019-12-15
分野: 医学一般  >  雑誌
ISSN: 02885514
雑誌名:
特集: RNA-Seqデータ解析
書籍・雑誌
≪全国送料無料でお届け≫
発送目安:4~8営業日

4,950 円(税込)

目次

  • 特集 RNA-Seqデータ解析
       WETラボのための鉄板レシピ

    Chapter1 まずはこれだけ!解析環境を整える〜Mac+Biocondaを中心に

    Chapter2 データを入手する
    (1)RNA-Seqの注意点~外注時のリード数,小分子・長分子での違いなど
    COLUMN RNA-Seq vs マイクロアレイ
    (2)公共データの利用〜AOEとRefEx,SRAデータ取得,メタ解析

    Chapter3 転写産物の発現を定量する
    (1)リファレンスゲノムにマッピングする方法(1)~HISAT2 + StringTie
    (2)リファレンスゲノムにマッピングする方法(2)~STAR + RSEM
    COLUMN Strand NGS〜RNA-SeqデータをGUIで解析する
    (3)リファレンスゲノムにマッピングしない方法
       ~salmon,kallisto,tximport & RNA-Seq定量にまつわるFAQ
    (4)転写開始点を解析する方法~CAGE
    COLUMN 各種ツールの実行時間比較

    Chapter4 リファレンスゲノムのない生物でde novo解析を行う【横井翔】

    Chapter5 発現変動遺伝子群を検出する【門田幸二】

    Chapter6 サンプル間の発現変動した遺伝子群の機能を推定する~エンリッチメント解析
    COLUMN Ingenuity Pathway Analysis~発現プロファイルの生物学的意義をGUIで解析する
    COLUMN アノテーション情報とID変換~Gene Ontology,BioMart,Spotfire

    Chapter7 多数のサンプル間の類似度を比較する~1細胞RNA-Seqの場合
    (1)次元削減と可視化
    (2)類似度の計算とクラスタリング
    COLUMN 1細胞RNA-Seq解析の動向

    Chapter8 リードカウント以降の統合解析をウェブブラウザで行う~iDEP

    Chapter9 論文投稿に必須!データを登録・公開する~DRA,GEA
    COLUMN 解析結果を論文発表する際にはここに気をつけよう

おすすめ商品

最近チェックした商品履歴

Loading...