ゼロから実践する 遺伝統計学セミナー

出版社: 羊土社
著者:
発行日: 2020-03-25
分野: 基礎医学  >  基礎医学一般
ISBN: 9784758120920
電子書籍版: 2020-03-25 (第1刷)
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商品紹介

論文で見たあのプロットが自分でも描ける!遺伝統計学の先端トピック,手法の特徴の理解から,Python・Rでの実習まで,手元のPCでワンストップで体験できる.ゲノムデータから発見を導く先端研究への招待.

目次

  • 第1章 ヒトゲノム入門
     1.DNA,ゲノムとは何か
     2.ヒトゲノム配列とその個人差

    第2章 遺伝統計学の概要
     1.ヒトゲノム多型を用いた疾患ゲノム解析
     2.オミクス解析による疾患病態の解明
     3.ゲノム解析における機械学習
     4.ゲノム創薬への展望

    第3章 統計学入門
     1.統計学の一分野としての遺伝統計学
     2.母集団と標本集団,理論分布
     3.帰無仮説とp値
     4.さまざまな統計検定手法

    第4章 Linux入門
     1.Linuxについて
     2.Cygwinについて
     3.Cygwinを使ったLinuxコマンド実習

    第5章 プログラミング入門
     1.プログラミングについて
     2.プログラミング言語の比較
     3.Python入門実習
     4.AWK入門実習

    第6章 R入門
     1.統計解析に優れたプログラミング言語:R
     2.数値計算,変数(ベクトル・行列)の扱い
     3.Rの関数
     4.if文とfor文
     5.ファイルの読み書き
     6.統計検定
     7.グラフの描画

    第7章 遺伝統計ソフトウェアPLINK
     1.ヒトゲノムデータの取り扱い
     2.1000 Genomes Projectデータ
     3.遺伝統計解析ソフトPLINK実習

    第8章 GWAS・eQTL解析実習
     1.遺伝統計学における関連解析
     2.PLINKを使ったGWAS
     3.遺伝子発現量を対象としたeQTL解析

    第9章 SNP genotype imputation
     1.SNP genotype imputation
     2.HLA imputation法
     3.SNP2HLAを使ったHLA imputation法

    第10章 適応進化の解明・選択圧解析
     1.選択圧と適応進化
     2.全ゲノムシークエンスに基づく適応進化の解明
     3.selscanを使った選択圧解析実習

    付録 データベース・ウェブツール一覧
     1.ゲノム・遺伝子
     2.遺伝子変異・SNP
     3.GWAS・疾患感受性遺伝子
     4.エピゲノム
     5.創薬

この書籍の参考文献

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本参考文献は電子書籍掲載内容を元にしております。

第1章 ヒトゲノム入門

P.20 掲載の参考文献
1) 「診療・研究にダイレクトにつながる遺伝医学」 (渡邉淳/著), 羊土社, 2017
2) Venter JC, et al : Science, 291 : 1304-1351, 2001
3) International Human Genome Sequencing Consortium : Nature, 409 : 860-921, 2001
4) International HapMap Consortium : Nature, 426 : 789-796, 2003
5) 1000 Genomes Project Consortium : Nature, 526 : 68-74, 2015
6) Bycroft C, et al : Nature, 562 : 203-209, 2018
7) 『マンガでわかるゲノム医学 ゲノムって何? を知って健康と医療に役立てる! 』 (水島-菅野純子), 羊土社, 2018

第2章 遺伝統計学の概要

P.48 掲載の参考文献
1) Okada Y, et al : PLoS One, 9 : e87645, 2014
2) Okada Y & Kamatani Y : J Hum Genet, 57 : 161-169, 2012
3) Yamaguchi-Kabata Y, et al : Am J Hum Genet, 83 : 445-456, 2008
4) Okada Y, et al : Nat Commun, 9 : 1631, 2018
5) Okada Y, et al : Hum Mol Genet, 20 : 1224-1231, 2011
6) Dehghan A, et al : Circulation, 123 : 731-738, 2011
8) Maher B : Nature, 456 : 18-21, 2008
9) 岡田随象 : ROHgen コンソーシアムが解いたMissing Heritability. 実験医学, 34 : 966-970, 2017
10) Speed D, et al : Nat Genet, 49 : 986-992, 2017
11) Flannick J, et al : Nature, 570 : 71-76, 2019
12) Okada Y & Plenge RM : Arthritis Rheum, 65 : 1975-1979, 2013
13) Sebastiani P, et al : Science, 2010 : doi : 10.1126/science.1190532, 2010
14) Sebastiani P, et al : PLoS One, 7 : e29848, 2012
15) Fischer K, et al : PLoS Med, 11 : e1001606, 2014
16) Locke AE, et al : Nature, 518 : 197-206, 2015
17) Finucane HK, et al : Nat Genet, 47 : 1228-1235, 2015
19) Lee SH, et al : Int J Epidemiol, 44 : 1706-1721, 2015
20) Kanai M, et al : Nat Genet, 50 : 390-400, 2018
21) Holmes MV, et al : Nat Rev Cardiol, 14 : 577-590, 2017
22) Ogawa K, et al : J Invest Dermatol, 139 : 1397-1400, 2019
23) Hirata J, et al : Nat Genet, 51 : 470-480, 2019
24) Okada Y, et al : Nat Commun, 9 : 1631, 2018
25) 岡田随象 : 遺伝統計学によるゲノムデータ解析. 生体医工学, 55 : 165-172, 2017
26) Zhou J & Troyanskaya OG : Nat Methods, 12 : 931-934, 2015
27) Zhou J, et al : Nat Genet, 50 : 1171-1179, 2018
28) Paul SM, et al : Nat Rev Drug Discov, 9 : 203-214, 2010
29) Okada Y : Clin Genet, 86 : 432-440, 2014
30) Imamura M, et al : Nat Commun, 7 : 10531, 2016
31) Malik R, et al : Nat Genet, 50 : 524-537, 2018
32) Sakaue S & Okada Y : Bioinformatics, 35 : 3821-3823, 2019
33) Okada Y, et al : Sci Rep, 6 : 22223, 2016
34) Sakaue S, et al : Nucleic Acids Res, 46 : 11898-11909, 2018
35) Nelson MR, et al : Nat Genet, 47 : 856-860, 2015
「遺伝統計学の基礎-Rによる遺伝因子解析・遺伝子機能解析」 (山田亮/著), オーム社, 2010
「遺伝統計学入門」 (鎌谷直之/著), 岩波書店, 2015
「ゲノム医学のための遺伝統計学」 (田宮元, 他/著, 照井伸彦, 他/編), 共立出版, 2015
「実験医学 2016年10月号 Vol.34 No.16」 (岡田随象/企画), 羊土社, 2016
「遺伝統計学と疾患ゲノムデータ解析-病態解明から個別化医療,ゲノム創薬まで48
「イラストで学ぶ ディープラーニング」 (山下隆義/著), 講談社, 2016
「薬づくりの未来 危機を打破するR&Dモデル」 (タマス・バートファイ, グラハム・V・リース/著), 日経BP, 2014

第3章 統計学入門

P.64 掲載の参考文献
2) Cortes A, et al : Nat Commun, 6 : 7146, 2015
3) Einmahl JHJ & Magnus JR : J Am Stat Assoc 103 : 1382-1391, 2008
4) Kanai M, et al : J Hum Genet, 61 : 861-866, 2016
5) Baker M : Nature, 531 : 151, 2016
6) Singh Chawla D : Nature, 548 : 16-17, 2017
7) Okada Y & Ueta M : JAMA Ophthalmol, 135 : 894-895, 2017
「数学いらずの医科統計学 第2版」 (津崎晃一/著), メディカルサイエンスインターナショナル, 2011
「バイオサイエンスの統計学」 (市原清志/著), 南江堂, 1990
「実感と納得の統計学」 (鎌谷直之/著), 羊土社, 2006

第4章 Linux 入門

P.83 掲載の参考文献
「改訂第3版 Linuxコマンドポケットリファレンス」 (沓名亮典/著), 技術評論社, 2015
「入門者のLinux 素朴な疑問を解消しながら学ぶ」(奈佐原顕郎/著), 講談社, 2016
「新しいLinuxの教科書」(三宅英明, 大角祐介/著), SBクリエイティブ, 2015

第5章 プログラミング入門

P.100 掲載の参考文献
「みんなのPython 第4版」(柴田淳/著), SBクリエイティブ, 2016
「世界標準MIT教科書 Python言語によるプログラミングイントロダクション 第2版」(Guttag John V/著, 久保幹雄/監訳), 近代科学社, 2017
「Pythonで学ぶあたらしい統計学の教科書」(馬場真哉著), 翔泳社, 2018

第6章 R 入門

P.126 掲載の参考文献
1) R-tips (http://cse.naro.affrc.go.jp/takezawa/r-tips/r.html)
「The R Tips 第3版 データ解析環境Rの基本技・グラフィックス活用集」(舟尾暢男/著), オーム社, 2016
「Rプログラミングマニュアル」(間瀬茂著), 数理工学社, 2014
「R言語上級ハンドブック」(荒引健 他/著), シーアンドアール研究所, 2013
「Rによる医療統計学 原書2版」(Peter Dalgaard/著, 岡田昌史/監訳), 丸善出版, 2017

第7章 遺伝統計ソフトウェア PLINK

P.146 掲載の参考文献
1) 清水佳奈 他 : 実験医学 Vol.35 No.4 : 600-605, 2017
2) 山本奈津子 他 : 実験医学 Vol.36 No.13 : 2260-2268, 2018
3) Kilpinen H, et al : Nature, 546 : 370-375, 2017
4) Seldin MF, et al : Nat Rev Genet, 12 : 523-528, 2011
5) Kanai M, et al : J Hum Genet, 61 : 861-866, 2016
6) Li Y, et al : Nat Genet, 42 : 969-972, 2010
「ゲノムデータ解析」 (冨田誠, 植木優夫/著), 共立出版, 2016
「遺伝統計学の基礎-Rによる遺伝因子解析・遺伝子機能解析」 (山田亮/著), オーム社, 2010
「ゲノム医学のための遺伝統計学」 (田宮元, 植木優夫, 小森理/著), 共立出版, 2015

第8章 GWAS・eQTL 解析実習

P.176 掲載の参考文献
1) Walter K, et al : Nature, 526 : 82-90, 2015
2) Lenz TL, et al : Nat Genet, 47 : 1085-1090, 2015
3) Mizuno A & Okada Y : Eur J Hum Genet, 27 : 1745-1756, 2019
4) Raj T, et al : Science, 344 : 519-523, 2014
5) Wang Z, et al : Nat Rev Genet, 10 : 57-63, 2009
6) Gamazon ER, et al : Nat Genet, 47 : 1091-1098, 2015
7) Ishigaki K, et al : Nat Genet, 49 : 1120-1125, 2017
「実験医学別冊 RNA-Seq実験ハンドブック」 (鈴木穣/編), 羊土社, 2016
「別冊 医学のあゆみ 遺伝子解析研究の新時代」 (徳永勝士/編), 医歯薬出版, 2019
「次世代シークエンサーDRY解析教本」 (清水厚志, 坊農秀雅/監), 学研メディカル秀潤社, 2015
「ゲノム医学 ゲノム情報を活かす医療のために」 (菅野純夫, 福嶋義光/監訳), メディカルサイエンスインターナショナル, 2016

第9章 SNP genotype imputation

P.201 掲載の参考文献
1) Li Y, et al : Annu Rev Genomics Hum Genet, 10 : 387-406, 2009
2) Okada Y, et al : PLoS Genet, 7 : e1002067, 2011
3) de Bakker PI, et al : Hum Mol Genet, 17 : R122-R128, 2008
5) Okada Y, et al : PLoS One, 9 : e87645, 2014
6) de Bakker PI & Raychaudhuri S : Hum Mol Genet, 21 : R29-R36, 2012
7) Ostrer H : Nat Rev Genet, 2 : 891-898, 2001
8) Kochi Y, et al : Nat Genet, 42 : 515-519, 2010
9) Jia X, et al : PLoS One, 8 : e64683, 2013
10) 「The definition of multilocus haplotype blocks and common diseases」 (Nothnagel M) doi : 10.18452/15174, 2014
11) Auton A, et al : Nature, 526 : 68-74, 2015
12) McCarthy S, et al : Nat Genet, 48 : 1279-1283, 2016
13) Akiyama M, et al : Nat Commun, 10 : 4393, 2019
14) van Leeuwen EM, et al : Nat Protoc, 10 : 1285-1296, 2015
15) Browning BL & Browning SR : Am J Hum Genet, 98 : 116-126, 2016
16) Delaneau O, et al : Am J Hum Genet, 93 : 687-696, 2013
17) Loh PR, et al : Nat Genet, 48 : 1443-1448, 2016
18) Howie B, et al : Nat Genet, 44 : 955-959, 2012
19) Howie BN, et al : PLoS Genet, 5 : e1000529, 2009
20) Okada Y, et al : Rheum Dis Clin North Am, 43 : 481-487, 2017
21) Raychaudhuri S, et al : Nat Genet, 44 : 291-296, 2012
22) Okada Y, et al : Hum Mol Genet, 23 : 6916-6926, 2014
23) Aslibekyan S, et al : Ann Rheum Dis, 73 : 785-786, 2014
24) Okada Y, et al : Am J Hum Genet, 95 : 162-172, 2014
25) Okada Y, et al : Nat Genet, 47 : 798-802, 2015
26) Okada Y, et al : Am J Hum Genet, 99 : 366-374, 2016
27) Hirata J, et al : Nat Genet, 51 : 470-480, 2019
28) Dilthey AT, et al : Bioinformatics, 27 : 968-972, 2011
29) Zheng X, et al : Pharmacogenomics J, 14 : 192-200, 2014
30) Karnes JH, et al : PLoS One, 12 : e0172444, 2017

第10章 適応進化の解明・選択圧解析

P.224 掲載の参考文献
1) Li Y, et al : Nat Genet, 42 : 969-972, 2010
2) 岡田随象 : 実験医学増刊, 36 : 236-240, 2018
3) Sakaue S, et al : Eur J Hum Genet, doi : 10.1038/541431-019-0518y, 2020
4) Matoba N, et al : Nat Hum Gehav, doi : 10.1038/541562-019-0805-1, 2020
6) Voight BF, et al : PLoS Biol, 4 : e72, 2006
7) Sabeti PC, et al : Nature, 449 : 913-918, 2007
8) Grossman SR, et al : Science, 327 : 883-886, 2010
9) Moon S & Akey JM : Genome Res, 26 : 834-843, 2016
10) Palamara PF, et al : Nat Genet, 50 : 1311-1317, 2018
11) Field Y, et al : Science, 354 : 760-764, 2016
12) Grasgruber P, et al : Econ Hum Biol, 15 : 81-100, 2014
13) Okada Y, et al : Nat Commun, 9 : 1631, 2018
14) Johnson KE & Voight BF : Nat Ecol Evol, 2 : 713-720, 2018
15) Millwood IY, et al : Lancet, 393 : 1831-1842, 2019
16) Yasumizu Y, et al : Mol Biol Evol, doi : 10.1093/molbev/msaa005, 2020
17) Szpiech ZA & Hernandez RD : Mol Biol Evol, 31 : 2824-2827, 2014
18) 中山一大 : Anthropol Sci, 123 : 67-73, 2015
「ゲノム医学のための遺伝統計学」 (田宮元, 植木優夫, 小森理/著) 共立出版, 2015
「ヒトの分子遺伝学 第4版」 (村松正實, 木南凌 他/監訳) メディカルサイエンスインターナショナル, 2011
「突然変異主導進化論」 (根井正利/著 鈴木善幸, 野澤昌文/訳), 丸善出版, 2019

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