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実験医学別冊　クロマチン解析実践プロトコール

出版社： 羊土社
発行日： 2021-01-01
分野： 医学一般  >  雑誌
ISSN： 02885514
雑誌名：
特集： クロマチン解析実践プロトコール
電子書籍版： 2021-01-01 （第1刷）
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目次

  • 特集　エピゲノムをもっと見るための
    　　　クロマチン解析実践プロトコール

    ChIP-seq、ATAC-seq、Hi-C、smFISH、空間オミクス…
    クロマチンの修飾から構造まで、絶対使える18選！

    第1章 NGSによるクロマチン解析
    1 転写因子の結合部位やヒストン修飾の集積する領域を特定する
    　―実践的 ChIP-seq 〔プロトコール〕
    ・column　エピゲノム解析用の抗体の選び方
    ・column　スパイクイン，NGS定量標準化の「量叉」
    2 少数サンプルよりタンパク質が結合しているDNA領域を特定する
    　―CUT＆RUN〔プロトコール〕
    ・mini Protocol　Protein A/G-MNaseの自作
    ・mini Protocol　CUT＆RUNのデータ解析【椙下紘貴，藥師寺那由他，井上　梓】
    3 1細胞レベルで転写因子やヒストン修飾のゲノム上の局在を特定する
    　―ChIL-seq〔プロトコール〕
    ・column　少数細胞クロマチン解析法の性能を比較する
    4 オープンクロマチン領域を特定する―ATAC-seq〔プロトコール〕
    ・mini Protocol　Tn5 transposaseのインハウス精製法
    ・column　シングルセルATAC-Seq実験のワークフローと成功のコツ
    5 メチローム解析のための高効率なライブラリー調製法―tPBAT法〔プロトコール〕
    ・column　シングルセルメチローム解析技術の開発状況
    6 1細胞全ゲノム複製ドメイン解析と核内コンパートメントの推定
    　―scRepli-seq法〔プロトコール〕
    ・column　1 細胞 Repli-seq 解析から見える核内コンパートメント動態
    7 三次元クロマチン構造を捉えるーHi-C法〔プロトコール〕
    ・column　1細胞Hi-Cによる高次クロマチン構造解析の現状
    8 限定した領域のクロマチン三次元構造を捉える―Capture Hi-C法〔プロトコール〕
    9 探索型解析によるクロマチンNGSデータ分析のコツ〔レビュー〕
    ・column　NGSライブラリー調製まではできた．さて，この後どうする？
    　　　　　～NGSのコスト（費用と労力）とデータ解析の話
    ・column　新たな解析法にチャレンジするときに使える支援
    　　　　　～「先進ゲノム支援」の活用事例紹介

    第2章 イメージングによるクロマチン解析
    I．固定細胞
    1 標的タンパク質，RNA およびゲノム DNA を同時に見る
    　―Immuno-RNA-DNA-FISH〔プロトコール〕
    ・mini Protocol　Cot1 DNA，自分でつくってみませんか？
    ・mini Protocol　標識 dUTPを自作する簡単レシピ
    2 クロマチンアクセシビリティを見る―ATAC-see〔プロトコール〕
    3 1細胞内のRNA分子の局在可視化と絶対定量―smFISHとsmiFISH〔プロトコール〕
    II．ライブイメージング
    4 転写および翻訳のダイナミクスを1分子の解像度で追跡する技術〔レビュー〕
    5 ショウジョウバエ初期胚を用いた転写活性の1細胞ライブ計測
    　―MS2/MCPシステム〔プロトコール〕
    6 ゲノム上の特定領域をライブイメージングで捉える―TetO/TetRシステム〔プロトコール〕
    ・column　特定遺伝子の核内局在および転写活性の動態を同時に見る【落合　博】
    7 生きた細胞でクロマチン修飾変化を見る―Mintbody〔プロトコール〕

    第3章 最先端オミクス解析
    1 イメージングによる空間配置情報を保持した1細胞トランスクリプトーム解析
    　―seqFISH＋〔レビュー〕
    2 局所的かつ高深度の空間トランスクリプトーム技術
    　―Photo-Isolation Chemistry〔レビュー〕
    3 空間的遺伝子発現が明らかにする新しい組織学研究
    　―Visium空間的遺伝子発現ソリューション〔レビュー〕
    4 1細胞レベルで転写産物とタンパク質を同時に解析する―CITE-seq〔レビュー〕

この書籍の参考文献

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本参考文献は電子書籍掲載内容を元にしております。

第1章 NGSによるクロマチン解析

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第2章 イメージングによるクロマチン解析

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