実験医学別冊　論文図表を読む作法

第1章 色々な解析に使えるエッセンシャル

P.11 掲載の参考文献

『データ分析に必須の知識・考え方統計学入門仮説検定から統計モデリングまで重要トピックを完全網羅』 (阿部真人/編), ソシム, 2021

 

『「逆」引き統計学実践統計テスト 100』 (G・K・カンジ/著, 池谷裕二, 久我奈穂子/訳, 田栗正章/翻訳協力), 講談社, 2009

 

P.13 掲載の参考文献

『「逆」引き統計学実践統計テスト 100』 (G・K・カンジ/著, 池谷裕二, 久我奈穂子/訳, 田栗正章/翻訳協力), 講談社, 2009

 

P.15 掲載の参考文献

『データ分析に必須の知識・考え方統計学入門仮説検定から統計モデリングまで重要トピックを完全網羅』 (阿部真人/編), ソシム, 2021

 

『医学統計学ハンドブック』 (丹後俊郎, 松井茂之/編), 朝倉書店, 2018

 

P.17 掲載の参考文献

『OpenIntro Statistics : Fouth Edition』 (Diez DM, Barr CD, Cetinkaya-Rundel M/Author), Open-Intro, 2019

 

P.19 掲載の参考文献

『OpenIntro Statistics : Fouth Edition』 (Diez DM, Barr CD, Cetinkaya-Rundel M/Author), Open-Intro, 2019

 

P.21 掲載の参考文献

『データ分析に必須の知識・考え方 統計学入門 仮説検定から統計モデリングまで重要トピックを完全網羅』 (阿部真人/編), ソシム, 2021

 

Cumming G, et al : J Cell Biol, 177 : 7-11, doi : 10.1083/jcb.200611141 (2007)

 

P.23 掲載の参考文献

『データ分析に必須の知識・考え方統計学入門仮説検定から統計モデリングまで重要トピックを完全網羅』 (阿部真人/編), ソシム, 2021

 

P.25 掲載の参考文献

『データ分析に必須の知識・考え方統計学入門仮説検定から統計モデリングまで重要トピックを完全網羅』 (阿部真人/編), ソシム, 2021

 

P.27 掲載の参考文献

『データ分析に必須の知識・考え方統計学入門仮説検定から統計モデリングまで重要トピックを完全網羅』 (阿部真人/編), ソシム, 2021

 

第2章 核酸解析

P.31 掲載の参考文献

Schroeder A, et al : BMC Mol Biol, 7 : 3, doi : 10.1186/1471-2199-7-3 (2006)

 

P.33 掲載の参考文献

『バイオ実験イラストレイテッド (2) 遺伝子解析の基礎』 (中山広樹, 西方敬人/著), 学研メディカル秀潤社, 1995

 

P.35 掲載の参考文献

Yamashita S, et al : Mamm Genome, 14 : 845-852, doi : 10.1007/s00335-003-2299-3 (2003)

 

P.39 掲載の参考文献

『リアルタイム・デジタルPCR実験スタンダード』 (北條浩彦/編), 羊土社, 2022

 

Palacin-Aliana I, et al : Biomedicines, 9 : doi : 10.3390/biomedicines9080906, doi : 10.3390/biomedicines9080906 (2021)

 

P.41 掲載の参考文献

『エピジェネティクス実験プロトコール』 (牛島俊和, 眞貝洋一/編), 羊土社, 2008

 

『エピジェネティクス実験スタンダード』 (牛島俊和, 眞貝洋一, 塩見春彦/編), 羊土社, 2017

 

P.43 掲載の参考文献

『FISH 実験プロトコール-ヒト・ゲノム解析から染色体・遺伝子診断まで』 (松原謙一, 吉川寛/監修), 学研メディカル秀潤社, 1994

 

『臨床検査学講座遺伝子・染色体検査学』 (池内達郎, 他/著), 医歯薬出版, 2015

 

P.45 掲載の参考文献

『FISH実験プロトコール-ヒト・ゲノム解析から染色体・遺伝子診断まで』 (松原謙一, 吉川寛/監修), 学研メディカル秀潤社, 1994

 

P.47 掲載の参考文献

『FISH実験プロトコール-ヒト・ゲノム解析から染色体・遺伝子診断まで』 (松原謙一, 吉川寛/監修), 学研メディカル秀潤社, 1994

 

P.50 掲載の参考文献

『無敵のバイオテクニカルシリーズ 改訂第3版 バイオ実験の進めかた』 (佐々木博己/編), 羊土社, 2007

 

P.52 掲載の参考文献

『改訂第5版 新遺伝子工学バンドブック』 (村松正實, 山本雅, 岡崎康司/編), 羊土社, 2010

 

第3章 細胞の形態や性質の解析

P.55 掲載の参考文献

『細胞・組織染色の達人～実験を正しく組む, 行う, 解釈する免疫染色とISHの鉄板テクニック』 (大久保和央/著), 羊土社, 2018

 

『免疫染色究極マニュアル』 (伊藤智雄/著), 金芳堂, 2019

 

P.58 掲載の参考文献

『バイオ実験で失敗しない! 免疫染色・イメージングのコツ』 (井関祥子, 太田正人/編), 羊土社, 2007

 

P.60 掲載の参考文献

『新・電顕入門ガイドブック 改訂3版』 (日本顕微鏡学会電子顕微鏡技術認定委員会/編), 国際文献社, 2022

 

『新・走査電子顕微鏡』 (日本顕微鏡学会関東支部/編), 共立出版, 2011

 

小澤一史 : 走査電顕試料作製と観察法, 『染色・バイオイメージング実験ハンドブック』 (高田邦昭, 他/編), pp. 88-92, 羊土社, 2006

 

P.63 掲載の参考文献

秋元義弘, 宮東昭彦 : 免疫電子顕微鏡法の基礎と応用, 『組織細胞化学 2020』 (日本組織細胞化学会/編), pp.143-157, 学際企画, 2020

 

『免疫電顕法の実際 (IIRS顕微鏡ラボマニュアル 8) 』 (玉木英明/著, 綜合画像研究支援/編), 西村書店, 2013

 

『超薄切片法の実際 (IIRS顕微鏡ラボマニュアル 7) 』 (門谷裕一/著, 綜合画像研究支援/編), 西村書店, 2010

 

van Engeland M, et al : Cytometry, 31 : 1-9, doi : 10.1002/(sici) 1097-0320 (19980101) 31 : 1 < 1 :: aid-cyto1 > 3.0.co ; 2-r (1998)

 

Darzynkiewicz Z, et al : Cytometry, 13 : 795-808, doi : 10.1002/cyto.990130802 (1992)

 

P.65 掲載の参考文献

同仁化学研究所のウェブサイト (https://www.dojindo.co.jp/service/protocol/) (2022年5月2日閲覧)

 

P.69 掲載の参考文献

FLOWJO V10マニュアル応用編, 日本BD株式会社, 2018 (https://www.bdj.co.jp/biosciences/flowjo/flowjo.html) (2022年5月6日閲覧)

 

P.73 掲載の参考文献

Darzynkiewicz Z, et al : Methods, 44 : 250-254, doi : 10.1016/j.ymeth.2007.11.008 (2008)

 

Collins AR : Mol Biotechnol, 26 : 249-261, doi : 10.1385/MB : 26 : 3 : 249 (2004)

 

P.75 掲載の参考文献

本山悌一, 鈴木利光 : 人癌細胞のin vitro薬剤感受性試験, 第1-3報, Chemotherapy 28 : 142-159, 1980

 

細胞増殖測定・細胞染色プロトコル (第3版), 同仁化学研究所, 2017

 

P.79 掲載の参考文献

Mehlem A, et al : Nat Protoc, 8 : 1149-1154, doi : 10.1038/nprot.2013.055 (2013)

 

『病理組織標本の作り方』 (慶応大学医学部病理学教室/編), 医学書院, 2002

 

P.82 掲載の参考文献

『患者由来がんモデルを用いたがん研究実践ガイド』 (佐々木博己/編), 羊土社, 2019

 

Maru Y & Hippo Y : Cells, 8 : 505, doi : 10.3390/cells8050505 (2019)

 

P.84 掲載の参考文献

『マウスラボマニュアル 第2版 (ポストゲノム時代の実験法) 』 (東京都臨床医学総合研究所実験動物研究部門/編, シュプリンガージャパン, 2003

 

『マウス・ラットモデル作製・解析プロフェッショナル』 (先端モデル動物支援プラットフォーム (AdAMS)/編), 羊土社, 2021

 

P.86 掲載の参考文献

Johmura Y, et al : Mol Cell, 55 : 73-84, doi : 10.1016/j.molcel.2014.05.003 (2014)

 

Dimri GP, et al : Proc Natl Acad Sci U S A, 92 : 9363-9367, doi : 10.1073/pnas.92.20.9363 (1995)

 

Narita M, et al : Cell, 113 : 703-716, doi : 10.1016/s0092-8674(03)00401-x (2003)

 

第4章 タンパク質解析

P.91 掲載の参考文献

『ワトソン組換えDNAの分子生物学第3版』 (松橋通生/編), 丸善出版, 2009

 

P.93 掲載の参考文献

『プロテオミクス辞典』 (日本プロテオーム学会/編), 講談社, 2013

 

O'Farrell PH : J Biol Chem, 250 : 4007-4021 (1975)

PubMed

P.101 掲載の参考文献

Natsume T, et al : Cell Rep, 15 : 210-218, doi : 10.1016/j.celrep.2016.03.001 (2016)

 

Yesbolatova A, et al : Nat Commun, 11 : 5701, doi : 10.1038/s41467-020-19532-z (2020)

 

P.104 掲載の参考文献

Khan S, et al : Oncogene, 39 : 4909-4924, doi : 10.1038/s41388-020-1336-y (2020)

 

P.106 掲載の参考文献

MBLライフサイエンスHP (https://ruo.mbl.co.jp/bio/product/flprotein/fluoppi.html) (2022年5月9日閲覧)

 

P.108 掲載の参考文献

『イメージングの選び方・使い方 100+ (実験医学増刊 Vol.36 No.20) 』 (原田慶恵, 永井健治/編), 羊土社, 2018

 

P.111 掲載の参考文献

Luck K, et al : Trends Biochem Sci, 42 : 342-354, doi : 10.1016/j.tibs.2017.02.006 (2017)

 

Qin W, et al : Nat Methods, 18 : 133-143, doi : 10.1038/s41592-020-01010-5 (2021)

 

P.113 掲載の参考文献

『分子間相互作用解析ハンドブック』 (磯辺俊明, 中山敬一, 伊藤隆司/編), 羊土社, 2007

 

P.119 掲載の参考文献

Aebersold R & Mann M : Nature, 537 : 347-355, doi : 10.1038/nature19949 (2016)

 

P.121 掲載の参考文献

Kusebauch U, et al : Cell, 166 : 766-778, doi : 10.1016/j.cell.2016.06.041 (2016)

 

Matsumoto M, et al : Nat Methods, 14 : 251-258, doi : 10.1038/nmeth.4116 (2017)

 

P.123 掲載の参考文献

『いきなりはじめる構造生物学』 (神田大輔/著), 秀潤社, 2011

 

『Biomolecular Crystallography : Principles, Practice, and Application to Structural Biology』 (Rupp B/Author), Garland Science, 2009

 

P.126 掲載の参考文献

宋致弘, 村田和義「クライオ電子顕微鏡で生体分子の構造解析をはじめよう」日本結晶学会誌 63 : 80-88, doi : 10.5940/jcrsj.63.80 (2021)

 

Henderson R : Angew Chem Int Ed Engl, 57 : 10804-10825, doi : 10.1002/anie.201802731 (2018)

 

P.129 掲載の参考文献

『いきなりはじめる構造生物学』 (神田大輔/著), 秀潤社, 2011

 

『Experimental Approaches of NMR Spectroscopy : Methodology and Application to Life Science and Materials Science』 (The Nuclear Magnetic Resonance Society of Japan/Eds), Springer, 2018

 

P.131 掲載の参考文献

『Biacoreを用いた相互作用解析実験法』, 橋本せつ子, 森本香織/編), シュプリンガー・ジャパン, 2009

 

Cytiva HP (https://www.cytivalifesciences.co.jp/technologies/biacore/biamic_pri.html) (2022年5月11日閲覧)

 

P.133 掲載の参考文献

Cytiva (https://www.cytivalifesciences.co.jp/technologies/biacore/biamic_pri.html) (2022年5月11日閲覧)

 

北奥喜仁, 大沼貴之 : 等温滴定型カロリメトリーを用いた生体分子間相互作用解析, 化学と生物 53 : 834-842, 2015

 

織田昌幸 : 等温滴定熱測定 (改訂), 蛋白質科学会アーカイブ 1 : e030, 2008

 

P.136 掲載の参考文献

木下恵美子, 他 : 生物物理化学. 56 : s51-s75, doi : 10.2198/sbk.56.s51 (2012)

 

木下英司 : Proteome Letters, 4 : 49-60, 2019

 

木下恵美子, 他 : 和光純薬時報 Vol.87 No.2, 2019 (https://labchem-wako.fujifilm.com/jp/journal/docs/jiho872.pdf) (2022年5月12日閲覧)

 

P.138 掲載の参考文献

Kim JH & Seo YS : Methods Mol Biol, 521 : 361-379, doi : 10.1007/978-1-60327-815-7_20 (2009)

 

Jankowsky E & Putnam A : Methods Mol Biol, 587 : 245-264, doi : 10.1007/978-1-60327-355-8_18 (2010)

 

P.142 掲載の参考文献

実験医学増刊『構造生命科学で何がわかるのか, 何ができるのか』 (田中啓二, 若槻壮市/編), 羊土社, 2014

 

実験医学増刊『イメージング時代の構造生命科学』 (田中啓二, 若槻壮市/編), 羊土社, 2020

 

第5章 代謝解析

P.149 掲載の参考文献

Sato M, et al : Nat Commun, 12 : 2529, doi : 10.1038/s41467-021-22735-7 (2021)

 

Rogers GW, et al : PLoS One, 6 : e21746, doi : 10.1371/journal.pone.0021746 (2011)

 

P.157 掲載の参考文献

[1] 『細胞の代謝システム-システム生命科学による統合的代謝制御解析』 (清水和幸/著), コロナ社, 2007

 

[2] 『実験医学別冊メタボロミクス実践ガイド』 (馬場健史, 平山明由, 松田史生, 津川裕司/編), 羊土社, 2021

 

P.161 掲載の参考文献

Meyer CW, et al : Front Physiol, 8 : 520, doi : 10.3389/fphys.2017.00520 (2017)

 

第6章 実験動物・遺伝子改変動物解析

P.165 掲載の参考文献

『画像診断を学ぼう 単純X線からCT・MRI・超音波まで 第2版』 (江原茂/監訳, 菅原俊祐/訳), メディカルサイエンスインターナショナル, 2018

 

P.167 掲載の参考文献

『画像診断を学ぼう 単純X線からCT・MRI・超音波まで 第2版』 (江原茂/監訳, 菅原俊祐/訳), メディカルサイエンスインターナショナル, 2018

 

P.169 掲載の参考文献

小動物用PET, SPECTによる分子イメージング研究ガイド : 公益社団法人日本アイソトープ協会 理工・ライフサイエンス部会RI利用推進専門委員会, 2020 (https://www.jrias.or.jp/report/cat1/221.html) (2022年4月25日閲覧)

 

P.179 掲載の参考文献

『標準生理学 第9版』 (本間研一/監修), 医学書院, 2019

 

『神経生理学』 (Schmidt RF/編集, 内薗耕二, 他/訳), 金芳堂, 2001

 

P.181 掲載の参考文献

[1] Couto J, et al : Nat Protoc, 16 : 3241-3263, doi : 10.1038/s41596-021-00527-z (2021)

 

[2] Hamel EJ, et al : Neuron, 86 : 140-159, doi : 10.1016/j.neuron.2015.03.055 (2015)

 

[3] Carandini M & Churchland AK : Nat Neurosci, 16 : 824-831, doi : 10.1038/nn.3410 (2013)

 

P.183 掲載の参考文献

Kim CK, et al : Nat Rev Neurosci, 18 : 222-235, doi : 10.1038/nrn.2017.15 (2017)

 

P.185 掲載の参考文献

『What's Wrong With My Mouse? : Behavioral Phenotyping of Transgenic and Knockout Mice』 (Jacqueline N. Crawley), Wiley-Liss, 2007

 

P.187 掲載の参考文献

『What's Wrong With My Mouse? : Behavioral Phenotyping of Transgenic and Knockout Mice』 (Jacqueline N. Crawley), Wiley-Liss, 2007

 

Morris RGM : SLearn Motiv, 12 : 239-260, doi : 10.1016/0023-9690 (81) 90020-5 (1981)

 

第7章 NGSなどを用いた網羅的解析

P.193 掲載の参考文献

(Rで) マイクロアレイデータ解析, (http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r.html) (2022年5月17日閲覧)

 

Agilent CytoGenomics 1.5 For Detection of CNC, LOH and UPD (https://www.slideserve.com/priscilla-vazquez/agilent-cytogenomics-1-5-for-detection-of-cnc-loh-and-upd) (2022 年5月17日閲覧)

 

P.195 掲載の参考文献

『進化で読み解くバイオインフォマティクス入門』 (長田直樹/著), 森北出版, 2019

 

P.197 掲載の参考文献

『データ分析とデータサイエンス』 (柴田里程/著), 近代科学社, 2015

 

『SPSSで学ぶ医療系データ解析』 (対馬栄輝/著), 東京図書, 2016

 

P.200 掲載の参考文献

『次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版』 (清水厚志, 坊農秀雅/編著), 学研メディカル秀潤社, 2000

 

The Gene Ontology Consortium (http://geneontology.org/) (2022年5月17日閲覧)

 

P.203 掲載の参考文献

神嶌敏弘のwebページ内「クラスタリング」の解説 (https://www.kamishima.net/jp/clustering/) (2022年5月17日閲覧)

 

『バイオインフォマティクス事典』 (日本バイオインフォマティクス学会/編), 共立出版, 2006

 

P.205 掲載の参考文献

神嶌敏弘のwebページ内「クラスタリング」の解説 (https://www.kamishima.net/jp/clustering/) (2022年5月17日閲覧)

 

『バイオインフォマティクス事典』 (日本バイオインフォマティクス学会/編), 共立出版, 2006

 

『 [第3版] Python機械学習プログラミング 達人データサイエンティストによる理論と実践』 (RaschkaS & Mirjalili V/著, 株式会社クイープ/訳, 福島真太朗/監訳), インプレス, 2020

 

P.208 掲載の参考文献

『Rとグラフで実感する生命科学のための統計入門』(石井一夫/著), 羊土社, 2017

 

P.210 掲載の参考文献

Joly Beauparlant C, et al : PLoS Comput Biol, 12 : e1004751, doi : 10.1371/journal.pcbi.1004751 (2016)

 

A package to produce metagene plots (https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/manuals/metagene2/man/metagene2.pdf) (2022年5月18日閲覧)

 

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『バイオインフォマティクス入門』 (日本バイオインフォマティクス学会/編), 慶應義塾大学出版会, 2015

 

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P.232 掲載の参考文献

『ゼロから実践する 遺伝統計学セミナー』 (岡田随象/著), 羊土社, 2020

 

P.235 掲載の参考文献

『実践でわかる! Rによる統計遺伝学』 (Foulkes AS/著, 西山毅, 他/翻訳), 丸善出版, 2016

 

『ゲノムデータ解析 (統計学One Point 1) 』 (冨田誠, 植木優夫/著), 共立出版, 2016

 

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P.247 掲載の参考文献

Ohigashi I, et al : J Exp Med, 218 : e20201904, doi : 10.1084/jem.20201904 (2021)

 

Tsuruta Y, et al : J Immunol Methods, 161 : 7-21, doi : 10.1016/0022-1759 (93) 90193-b (1993)

 

P.250 掲載の参考文献

Hsu PY, et al : Proc Natl Acad Sci U S A, 113 : E7126-E7135, doi : 10.1073/pnas.1614788113 (2016)

 

Eastman G, et al : Comput Struct Biotechnol J, 16 : 167-176, doi : 10.1016/j.csbj.2018.04.001 (2018)

 

Glaub A, et al : J Biol Chem, 295 : 8999-9011, doi : 10.1074/jbc.RA119.012161 (2020)

 

P.253 掲載の参考文献

『実験医学別冊クロマチン解析実践プロトコール』 (大川恭行, 宮成悠介/編), 羊土社, 2021

 

P.256 掲載の参考文献

『実験医学別冊クロマチン解析実践プロトコール』 (大川恭行, 宮成悠介/編), 羊土社, 2021

 

P.258 掲載の参考文献

『実験医学別冊クロマチン解析実践プロトコール』 (大川恭行, 宮成悠介/編), 羊土社, 2021

 

第8章 マイクロバイオーム・メタゲノム解析

P.261 掲載の参考文献

『次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版』 (清水厚志, 坊農秀雅/編・著), 学研メディカル秀潤社, 2019

 

『今すぐ始める! メタゲノム解析実験プロトコール』 (服部正平/編), 羊土社, 2016

 

P.263 掲載の参考文献

『次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版』(清水厚志, 坊農秀雅/編・著), 学研メディカル秀潤社, 2019

 

『今すぐ始める! メタゲノム解析実験プロトコール』(服部正平/編), 羊土社, 2016

 

P.267 掲載の参考文献

『次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版』 (清水厚志, 坊農秀雅/編・著), 学研メディカル秀潤社, 2019

 

土居秀幸, 岡村寛 : 生物群集解析のための類似度とその応用, 日本生態学会誌, 61 : 3-20, doi : 10.18960/seitai.61.1_3 (2011)

 

P.269 掲載の参考文献

井上亮 : 腸内細菌叢解析のいろは, 日本乳酸菌学会誌, 30 : 27-31, 2019

 

『次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版』 (清水厚志, 坊農秀雅/編・著), 学研メディカル秀潤社, 2019

 

土居秀幸, 岡村寛 : 生物群集解析のための類似度とその応用, 日本生態学会誌, 61 : 3-20, doi : 10.18960/seitai.61.1_3 (2011)

 

第9章 臨床情報解析

P.273 掲載の参考文献

『Survival Analysis : a Self-Learning Text, Third Edition』(Kleinbaum DG & Klein M/Author), Springer, 2011

 

P.275 掲載の参考文献

『Statistical Methods in Diagnostic Medicine, 2nd Edition』 (Zhou XH, et al/eds), Wiley, 2011

 

P.277 掲載の参考文献

Hidalgo B & Goodman M : Am J Public Health, 103 : 39-40, doi : 10.2105/AJPH.2012.300897 (2013)

 

P.279 掲載の参考文献

Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions version 6.2 (Higgins JPT, et al/eds), Cochrane Trainimg, updated 2021 (https://training.cochrane.org/handbook) (2022年4月21日閲覧)

 

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