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実験医学別冊　空間オミクス解析スタートアップ実践ガイド

出版社： 羊土社
発行日： 2023-01-01
分野： 医学一般  >  雑誌
ISBN： 9784758122610
ISSN： 02885514
雑誌名：
特集： 空間オミクス解析スタートアップ実践ガイド
電子書籍版： 2023-01-01 （第1刷）
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目次

  • 特集　空間オミクス解析スタートアップ実践ガイド
    　　　最新機器の特徴と目的に合った選び方、データ解析と応用例を学び、
    　　　シングルセル解析の一歩その先へ！

    序―配列からバイオロジーへ

    空間オミクス解析への期待

    “使う”時代がやってきた

    概論　空間オミクス解析の技術レビューと機器・データ解析ツール選択ガイド

    ◆ 実践編
    第1章　技術とプロトコール
    　1　空間トランスクリプトーム　Visiumによる新鮮凍結／FFPE組織検体の解析
    　2　空間トランスクリプトーム　Visium のデータ解析ツール
    　3　空間トランスクリプトーム　ロングリードシークエンスを用いたscRNA-seqおよび
    　　　Visiumの全⻑cDNA解析
    　4　空間トランスクリプトーム　深層学習を活用したVisium測定結果の超解像度化
    　5　空間トランスクリプトーム　Xenium In Situ
    　6　空間トランスクリプトーム　HybISS（Hybridization-based in situ sequencing）
    　7　空間トランスクリプトーム　Stereo-Seq（STOmics）
    　column　ROI組織パンチングによる空間的遺伝子発現解析
    　column　セミバルクRNA-seq
    　8　空間プロテオーム　Hyperion Imaging Systemを用いた
    　　　多重イメージングマスサイトメトリー
    　9　空間プロテオーム　PhenoCyclerを用いた多重蛍光免疫染色
    　10　空間プロテオーム（空間トランスクリプトームも可能）
    　　　　GeoMxを用いたがん組織のマルチタンパク質発現解析
    　11　空間メタボローム　メタボロームと時空間オミクスの融合とイメージングマス

    第2章　データベース
    　12　バイオイメージングデータベースの現状と展望
    　13　遺伝子発現データベースを活用した空間・発生解析

    ◆ 応用研究編
    第1章　発展的空間オミクス解析
    　1　空間オミクス解析を補う1細胞トランスクリプトーム技術の最前線
    　2　空間トランスクリプトームと1細胞トランスクリプトームの統合解析
    　3　空間トランスクリプトームに基づく細胞間相互作用ネットワークの解析技術
    　4　セルオミクスによる臓器・全身の空間コンテキスト解析
    　5　イメージングによるオミクス状態の推定

    第2章　活用例と展望
    　6　免疫研究と空間オミクス解析
    　7　空間トランスクリプトームを用いた感染症研究の芽生え
    　8　心臓血管疾患と空間オミクス解析
    　9　がん免疫研究におけるシングル細胞解析と空間解析への展開
    　10　精神医学研究におけるゲノム解析と空間トランスクリプトームの現状

この書籍の参考文献

参考文献のリンクは、リンク先の都合等により正しく表示されない場合がありますので、あらかじめご了承下さい。

本参考文献は電子書籍掲載内容を元にしております。

概論 空間オミクス解析の技術レビューと機器・データ解析ツール選択ガイド

P.21 掲載の参考文献
1) Damond N, et al : Cell Metab, 29 : 755-768.e5, doi : 10.1016/j.cmet.2018.11.014 (2019)
 
2) Fan Z, et al : Nucleic Acids Res, 48 : D233-D237, doi : 10.1093/nar/gkz934 (2020)
 
3) Xu Z, et al : bioRxiv, doi : 10.1101/2022.03.11.481421 (2022)
 

実践編

P.35 掲載の参考文献
1) Marx V : Nat Methods, 18 : 9-14, doi : 10.1038/s41592-020-01033-y (2021)
 
2) Stahl PL, et al : Science, 353 : 78-82, doi : 10.1126/science.aaf2403 (2016)
 
3) Stuart T, et al : Cell, 177 : 1888-1902.e21, doi : 10.1016/j.cell.2019.05.031 (2019)
 
4) Elosua-Bayes M, et al : Nucleic Acids Res, 49 : e50, doi : 10.1093/nar/gkab043 (2021)
 
5) Visium Spatial Gene Expression Reagent Kits, CG000239, Rev F, 10x Genomics (https://www.10xgenomics.com/jp/support/spatial-gene-expression-fresh-frozen/documentation/steps/library-construction/visium-spatial-gene-expression-reagent-kits-user-guide)
 
6) Visium Spatial Gene Expression Reagent Kits for FFPE, CG000407, Rev D, 10x Genomics (https://www.10xgenomics.com/jp/support/spatial-gene-expression-ffpe/documentation/workflows/ffpe-v-1/steps/library-construction/visium-spatialgene-expression-reagent-kits-for-ffpe-user-guide)
 
P.45 掲載の参考文献
1) Hafemeister C & Satija R : Genome Biol, 20 : 296, doi : 10.1186/s13059-019-1874-1 (2019)
 
2) Dries R, et al : Genome Biol, 22 : 78, doi : 10.1186/s13059-021-02286-2 (2021)
 
3) Bergenstrahle J, et al : BMC Bioinformatics, 21 : 161, doi : 10.1186/s12859-020-3489-7 (2020)
 
4) Zhao E, et al : Nat Biotechnol, 39 : 1375-1384, doi : 10.1038/s41587-021-00935-2 (2021)
 
5) Chang Y, et al : bioRxiv, doi : 10.1101/2021.07.08.451210 (2021)
 
6) Hu J, et al : Nat Methods, 18 : 1342-1351, doi : 10.1038/s41592-021-01255-8 (2021)
 
7) Edsgard D, et al : Nat Methods, 15 : 339-342, doi : 10.1038/nmeth.4634 (2018)
 
8) Svensson V, et al : Nat Methods, 15 : 343-346, doi : 10.1038/nmeth.4636 (2018)
 
9) Sun S, et al : Nat Methods, 17 : 193-200, doi : 10.1038/s41592-019-0701-7 (2020)
 
10) Hao M, et al : Bioinformatics, 37 : 4392-4398, doi : 10.1093/bioinformatics/btab471 (2021)
 
11) Wolf FA, et al : Genome Biol, 19 : 15, doi : 10.1186/s13059-017-1382-0 (2018)
 
12) Stahl PL, et al : Science, 353 : 78-82, doi : 10.1126/science.aaf2403 (2016)
 
13) Bergenstrahle J, et al : BMC Genomics, 21 : 482, doi : 10.1186/s12864-020-06832-3 (2020)
 
P.55 掲載の参考文献
1) 実験医学増刊 Vol.37 No.20「シングルセルゲノミクス」 (渡辺亮, 鈴木穣/編), 羊土社, 2019
 
2) 実験医学 Vol.39 No.14「空間トランスクリプトーム」 (沖真弥, 大川恭行/企画), 羊土社, 2021
 
3) Seki M, et al : DNA Res, 26 : 55-65, doi : 10.1093/dnares/dsy038 (2019)
 
4) Gupta I, et al : Nat Biotechnol : doi : 10.1038/nbt.4259 (2018)
 
5) Lebrigand K, et al : Nat Commun, 11 : 4025, doi : 10.1038/s41467-020-17800-6 (2020)
 
6) Joglekar A, et al : Nat Commun, 12 : 463, doi : 10.1038/s41467-020-20343-5 (2021)
 
7) Lebrigand K, et al : bioRxiv, doi : 10.1101/2020.08.24.252296 (2022)
 
8) Hardwick SA, et al : Nat Biotechnol, 40 : 1082-1092, doi : 10.1038/s41587-022-01231-3 (2022)
 
9) Tian L, et al : Genome Biol, 22 : 310, doi : 10.1186/s13059-021-02525-6 (2021)
 
P.68 掲載の参考文献
1) Monjo T, et al : Sci Rep, 12 : 4133, doi : 10.1038/s41598-022-07685-4 (2022)
 
2) Schmauch B, et al : Nat Commun, 11 : 3877, doi : 10.1038/s41467-020-17678-4 (2020)
 
3) He B, et al : Nat Biomed Eng, 4 : 827-834, doi : 10.1038/s41551-020-0578-x (2020)
 
4) Bergenstrahle L, et al : Nat Biotechnol, 40 : 476-479, doi : 10.1038/s41587-021-01075-3 (2022)
 
5) Nagasawa S, et al : Commun Biol, 4 : 438, doi : 10.1038/s42003-021-01959-9 (2021)
 
P.78 掲載の参考文献
1) Marx V : Nat Methods, 18 : 9-14, doi : 10.1038/s41592-020-01033-y (2021)
 
2) Chen KH, et al : Science, 348 : aaa6090, doi : 10.1126/science.aaa6090 (2015)
 
3) Eng CL, et al : Nature, 568 : 235-239, doi : 10.1038/s41586-019-1049-y (2019)
 
4) Ke R, et al : Nat Methods, 10 : 857-860, doi : 10.1038/nmeth.2563 (2013)
 
5) Gyllborg D, et al : Nucleic Acids Res, 48 : e112, doi : 10.1093/nar/gkaa792 (2020)
 
6) Lee JH, et al : Science, 343 : 1360-1363, doi : 10.1126/science.1250212 (2014)
 
7) Janesick A, et al : biorxiv, doi : 10.1101/2022.10.06.510405 (2022)
 
P.89 掲載の参考文献
1) Longo SK, et al : Nat Rev Genet, 22 : 627-644, doi : 10.1038/s41576-021-00370-8 (2021)
 
2) Ke R, et al : Nat Methods, 10 : 857-860, doi : 10.1038/nmeth.2563 (2013)
 
3) Gyllborg D, et al : Nucleic Acids Res, 48 : e112, doi : 10.1093/nar/gkaa792 (2020)
 
4) Chen WT, et al : Cell, 182 : 976-991.e19, doi : 10.1016/j.cell.2020.06.038 (2020)
 
5) Yamanaka Y, et al : bioRxiv, doi : 10.1101/2022.06.03.494621 (2022)
 
6) Qian X, et al : Nat Methods, 17 : 101-106, doi : 10.1038/s41592-019-0631-4 (2020)
 
7) Feldman D, et al : Cell, 179 : 787-799.e17, doi : 10.1016/j.cell.2019.09.016 (2019)
 
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3) STOmics Gene Expression Set-S1 user manual. Manual Version : A1 Kit Version : V1.1 Date : Apr. 2022
 
4) Xu Z et al : biorxiv, doi : 10.1101/2022.03.11.481421 (2022)
 
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7) Xia K, et al : Dev Cell, 57 : 1299-1310.e4, doi : 10.1016/j.devcel.2022.04.011 (2022)
 
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2) Elaldi R, et al : Front Immunol, 12 : 666233, doi : 10.3389/fimmu.2021.666233 (2021)
 
3) Keren L, et al : Sci Adv, 5 : eaax5851, doi : 10.1126/sciadv.aax5851 (2019)
 
4) Chen HY, et al : Comput Struct Biotechnol J, 20 : 5256-5263, doi : 10.1016/j.csbj.2022.09.005 (2022)
 
5) Ijsselsteijn ME, et al : Front Immunol, 10 : 2534, doi : 10.3389/fimmu.2019.02534 (2019)
 
6) Thirumal S, et al : Cytometry A, 101 : 423-433, doi : 10.1002/cyto.a.24535 (2022)
 
7) Bortolomeazzi M, et al : Nat Commun, 13 : 781, doi : 10.1038/s41467-022-28470-x (2022)
 
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1) Bankhead P, et al : Sci Rep, 7 : 16878, doi : 10.1038/s41598-017-17204-5 (2017)
 
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5) Osawa T, et al : Cell Rep, 29 : 89-103.e7, doi : 10.1016/j.celrep.2019.08.087 (2019)
 
6) Xiao Z, et al : Nat Commun, 10 : 3763, doi : 10.1038/s41467-019-11738-0 (2019)
 
『メタボロミクス実践ガイド (実験医学別冊) 』 (馬場健史, 他/編), 羊土社, 2021
 
『これならわかるマススペクトロメトリー』 (志田保夫, 他/著), 化学同人, 2001
 
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4) Wolf FA, et al : Genome Biol, 19 : 15, doi : 10.1186/s13059-017-1382-0 (2018)
 
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