基礎から学ぶゲノム医療

出版社: 羊土社
著者:
発行日: 2024-08-15
分野: 基礎・関連科学  >  遺伝/遺伝子
ISBN: 9784758121729
電子書籍版: 2024-08-15 (第1刷)
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あらゆる医療者に求められるゲノム医療について体系的にカラーで学べる初学者向けテキスト.遺伝形式,遺伝カウンセリング,遺伝学的検査などの基礎や,難病・小児・生殖/周産期・がんなどの臨床の実際を解説.

目次

  • はじめに ─ゲノム医療を自らのものとして考えるために─

    1章 ゲノム医療の基礎
     1-1 ゲノム医療の歴史
      1)メンデルの法則と遺伝形式の発見
      2)ヒト染色体と染色体異常症の発見
      3)DNAの塩基配列と遺伝子の解明
      4)ヒトゲノムプロジェクト
      5)次世代シークエンサーによるゲノム解析
      6)現在のゲノム医療
     1-2 ゲノムの構造と機能
      1)ヒトの細胞とゲノム
      2)ゲノムの基本構造としてのDNAの塩基配列
      3)ゲノムの基本構造としての染色体
      4)体細胞分裂と減数分裂
      5)タンパク質の設計図としてのゲノム
     1-3 ゲノム情報と疾患
      1)塩基配列の違い(バリアント)
      2)染色体の異常
     1-4 単一遺伝子疾患と多因子疾患
      1)単一遺伝子疾患とメンデル遺伝形式
      2)多因子疾患
     1-5 ゲノム医療を取り巻く環境や課題
      1)ゲノム医療に関する医療体制の課題
      2)遺伝カウンセリング提供体制の充実に向けた取り組み
      3)ゲノムによる多様性の理解/認識の共有
      4)ゲノム医療を加速させるためのデータシェアリング

    2章 遺伝カウンセリングと遺伝学的検査
     2-1 遺伝カウンセリング
      1)遺伝カウンセリングとその定義
      2)遺伝カウンセリングの歴史
      3)遺伝カウンセリングの実際
      4)遺伝カウンセリングの基本態度
     2-2 家族歴と家系図
      1)家族歴と家系図
      2)家系図の表記方法
      3)家系図を活用する
     2-3 遺伝学的検査
      1)医療で用いる遺伝子の検査
      2)遺伝学的検査の前に考慮すること
      3)遺伝学的検査の目的
      4)遺伝学的検査の流れ
      5)遺伝学的検査の解釈
      6)遺伝学的検査の結果開示と血縁者への対応

    3章 ゲノム情報にもとづいた治療薬の選択
     3-1 薬の効果・副作用における個人差
     3-2 ゲノム薬理学と薬理遺伝学
     3-3 薬物動態に関連する薬理遺伝学検査
      1)薬物動態と薬の効果・副作用
      2)薬物代謝酵素遺伝子
     3-4 薬物動態に関連しない薬理遺伝学検査
      1)HLA遺伝子群
      2)薬疹の発現リスクに関連するHLAアレル

    4章 難病のゲノム医療
     4-1 難病とは?
      1)難病とはどういった疾患か?
      2)難病のゲノム医療の具体例
     4-2 遺伝性疾患の病態メカニズム
     4-3 ゲノム情報にもとづく治療
     4-4 正確な診断のためのゲノム解析手法
     4-5 わが国における難病患者支援体制

    5章 小児の先天異常に関するゲノム医療
     5-1 先天異常症候群とは
     5-2 小児遺伝診療の実際
      1)診断をめざす前に
      2)臨床診断(clinical diagnosis)
      3)遺伝学的診断(genetic diagnosis)
     5-3 未診断疾患に対する診断アプローチ
     5-4 先天異常に関する社会資源と家族支援
     5-5 先天異常における移行期医療
     5-6 小児に対する遺伝カウンセリング

    6章 生殖・周産期のゲノム医療
     6-1 生殖・周産期における遺伝医療の歴史
      1)背景
      2)日本における出生前遺伝学的検査の歴史
      3)出生前遺伝学的検査における生命倫理の歴史
      4)着床前遺伝学的検査における日本の歴史
     6-2 出生前/着床前遺伝学的検査にかかる現状と課題
      1)出生前遺伝学的検査における現状と課題
      2)着床前遺伝学的検査における現状と課題
      3)ノーマライゼーションとSRHRにおける課題

    7章 がんのゲノム医療
     7-1 がんとゲノム異常
      1)「がん」の歴史
      2)「がん」をゲノムの観点から理解する
      3)がんの発生に関連する遺伝子
     7-2 がんの予防と遺伝性腫瘍
      1)遺伝性腫瘍の特徴
      2)遺伝性腫瘍の遺伝学的検査と浸透率
      3)遺伝性腫瘍と非遺伝性腫瘍
      4)多遺伝子パネル検査(MGPT)
      5)遺伝性腫瘍に対する先制医療
     7-3 がんの遺伝子解析と個別化治療
      1)わが国におけるがんゲノム医療の導入
      2)がんの個別化医療の実際
      3)がんゲノム医療で見出されるgermline findings

    8章 ゲノム情報の利活用
     8-1 ゲノム医療の現状と全ゲノム解析時代の到来
      1)本邦におけるゲノムデータ蓄積と利活用の推進
      2)がん遺伝子パネル検査から全ゲノム解析へ
      3)全ゲノム解析とは
     8-2 病的バリアントを調べるためのデータベース
      1)遺伝子の概要を知る手法
      2)遺伝子バリアントの臨床的意義を知る手法
      3)同一疾患やコホートにおける遺伝子バリアントの頻度を知る手法
     8-3 遺伝子の概要を知る手法
      1)GeneCards ®:The Human GeneDatabase
      2)UCSC Genome Browser
     8-4 遺伝子バリアントの臨床的意義を知る手法
      1)OncoKB ™
      2)COSMIC
      3)ClinVar
     8-5 同一疾患やコホートにおける遺伝子バリアントの頻度を知る手法
      1)cBioPortal for Cancer Genomics
      2)がんゲノム情報管理センター(C-CAT)
     8-6 大規模全ゲノムデータを活用した解析方法
      1)ゲノムワイド関連解析(GWAS)とポリジェニックリスクスコア解析
      2)マルチオミクスデータを用いた予測モデルの構築

    9章 ゲノム医療における倫理的・法的・社会的課題(ELSI)
     9-1 ゲノム医療における倫理的課題
      1)成人期発症疾患の発症前遺伝学的検査
      2)小児領域における遺伝学的検査
      3)出生前遺伝学的検査と着床前遺伝学的検査
      4)二次的所見との取り扱い
     9-2 ゲノム医療における法的課題
      1)遺伝情報による差別の禁止
      2)プライバシーとしての遺伝情報の保護
      3)研究における倫理指針
     9-3 ゲノム医療における社会的課題
     9-4 バイオバンクとELSI
     9-5 ゲノム情報のデータシェアリングと患者・市民参画(PPI)

    おわりに ─ゲノム情報を有効に活用可能な世の中をめざして─

この書籍の参考文献

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本参考文献は電子書籍掲載内容を元にしております。

1章 ゲノム医療の基礎

P.25 掲載の参考文献
1) ゲノム医療実現推進協議会 : 中間とりまとめ. 平成27年7月 (https://www.kantei.go.jp/jp/singi/kenkouiryou/genome/pdf/h2707_torimatome.pdf)
2) Richards S, et al : Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants : a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genet Med, 17 : 405-424, 2015
3) 首相官邸 : 良質かつ適切なゲノム医療を国民が安心して受けられるようにするための施策の総合的かつ計画的な推進に関する法律 (概要), 2023 (https://www.kantei.go.jp/jp/singi/kenkouiryou/data_rikatsuyou/dai10/siryou4-1.pdf)
4) 日本医学会 : 医療における遺伝学的検査・診断に関するガイドライン. 2022年3月改定. 2022 (https://jams.med.or.jp/guideline/genetics-diagnosis_2022.pdf)

2章 遺伝カウンセリングと遺伝学的検査

P.41 掲載の参考文献
1) 日本医学会 : 医療における遺伝学的検査・診断に関するガイドライン. 2011 (2022年3月改定) (https://jams.med.or.jp/guideline/genetics-diagnosis_2022.pdf)
2) 「A Guide to Genetic Counseling second edition 日本語版 遺伝カウンセリングガイド」 (福島明宗, 他/監訳), メディカルドゥ, 2021
3) 「遺伝カウンセリング標準テキスト」 (認定遺伝カウンセラー制度委員会/監), 診断と治療社, 2023
4) 臨床遺伝専門医制度委員会 (https://www.jbmg.jp/)
5) 認定遺伝カウンセラー制度委員会 (https://plaza.umin.ac.jp/~GC/index.html)
6) 日本看護協会 : 専門看護師 (https://www.nurse.or.jp/nursing/qualification/vision/cns/index.html)
7) 「Facilitating the Genetic Counseling Process : Practice-Based Skills 2nd Edition」 (Veach PM, et al), Springer, 2018
8) 「Thompson & Thompson Genetics in Medicine, 8th ed」 (Nussbaum RL, et al, eds), Elsevier, 2016
9) den Dunnen JT, et al : HGVS Recommendations for the Description of Sequence Variants : 2016 Update. Hum Mutat, 37 : 564-569, 2016
10) The HGVS Nomenclature : Basics (https://hgvs-nomenclature.org/stable/background/basics/)
経済産業省 : DTC遺伝子検査ビジネスに係る検討の背景について. 第1回 消費者向け (DTC) 遺伝子検査ビジネスのあり方に関する研究会. 2020 (https://www.meti.go.jp/shingikai/mono_info_service/dtc/pdf/001_06_00.pdf)
東京大学医科学研究所 ヒトゲノム解析センター 公共政策研究分野 : 遺伝子検査サービスを購入しようか迷っている人のためのチェックリスト10か条 (https://www.pubpoli-imsut.jp/pdfs/00018.pdf?9c69aac5ba823e5ac39e1efd4540f039)

3章 ゲノム情報にもとづいた治療薬の選択

P.49 掲載の参考文献
1) Komagamine J & Kobayashi M : Prevalence of hospitalisation caused by adverse drug reactions at an internal medicine ward of a single centre in Japan : a cross-sectional study. BMJ Open, 9 : e030515, 2019
2) Minami H, et al : Irinotecan pharmacokinetics/pharmacodynamics and UGT1A genetic polymorphisms in Japanese : roles of UGT1A1 * 6 and * 28. Pharmacogenet Genomics, 17 : 497-504, 2007

4章 難病のゲノム医療

P.61 掲載の参考文献
1) 厚生労働省 : 1 難病とは (https://www.mhlw.go.jp/bunya/koyou/shougaisha/pdf/06e_3_2.pdf)
2) 難病医学研究財団/難病情報センター : 難病情報センター (https://www.nanbyou.or.jp/)
3) 小児慢性特定疾病情報センター (https://www.shouman.jp/)

5章 小児の先天異常に関するゲノム医療

P.73 掲載の参考文献
1) 「Oxford Desk Reference Clinical Genetics and Genomics 2nd edition」 (Firth HV & Hurst JA, eds), Oxford University Press, 2017
2) 「The Bedside Dysmorphologist A Guide to Identifying and Assessing Congenital Malformations 2nd edition」 (Reardon W, ed), Oxford University Press, 2015
3) DBCLS (ライフサイエンス統合データベースセンター) : PubCaseFinder 希少・遺伝性疾患検索システム (https://pubcasefinder.dbcls.jp/?lang=ja)
4) 「Smith's Recognizable Patterns of Human Malformation 8th edition」 (Jones KL, et al, eds), Elsevier, 2022
5) Gurovich Y, et al : Identifying facial phenotypes of genetic disorders using deep learning. Nat Med, 25 : 60-64, 2019
6) Stark Z, et al : A prospective evaluation of whole-exome sequencing as a first-tier molecular test in infants with suspected monogenic disorders. Genet Med, 18 : 1090-1096, 2016
7) Kingsmore SF, et al : A Randomized, Controlled Trial of the Analytic and Diagnostic Performance of Singleton and Trio, Rapid Genome and Exome Sequencing in Ill Infants. Am J Hum Genet, 105 : 719-733, 2019
8) Suzuki H, et al : Genome Analysis in Sick Neonates and Infants : High-yield Phenotypes and Contribution of Small Copy Number Variations. J Pediatr, 244 : 38-48.e1, 2022
9) 日本医学会 : 医療における遺伝学的検査・診断に関するガイドライン. 2011 (2022 年3 月改定) (https://jams.med.or.jp/guideline/genetics-diagnosis_2022.pdf)

6章 生殖・周産期のゲノム医療

P.84 掲載の参考文献
1) 厚生労働省 : NIPT等の出生前検査に関する専門委員会 (https://www.mhlw.go.jp/stf/shingi/other-kodomo_145015_00008.html)
2) 厚生労働省 : 出生前検査に対する見解・支援体制について (子母発0609 第1号) (障障発0609 第1号). 2021 (https://www.mhlw.go.jp/content/11908000/000901430.pdf)
3) 日本生殖医学会 : 一般のみなさまへ 生殖医療 Q&A よくあるご質問 Q12. 体外受精とはどんな治療ですか? (http://www.jsrm.or.jp/public/funinsho_qa12.html)
4) 日本産科婦人科学会 : 2020年 体外受精・胚移植等の臨床実施成績 (https://www.jsog.or.jp/activity/art/2020_ARTdata.pdf)
5) 榊原秀也, 他 : 倫理委員会 着床前診断に関する審査小委員会報告 (1999~2015年度分の着床前診断の認可状況および実施成績). 日産婦誌, 69 : 1916-1920, 2017
6) 日本産科婦人科学会 : 「PGT-Mに関する倫理審議会」最終報告書, 参考資料, ご意見の掲載に関するご案内. 2021 (https://www.jsog.or.jp/modules/committee/index.php?content_id=178)
7) 日本産科婦人科学会 : 倫理に関する見解一覧 臨床・研究遂行上倫理的に注意すべき事項に関する会告 (https://www.jsog.or.jp/modules/statement/index.php?content_id=3)
8) 「重篤な遺伝性疾患を対象とした着床前遺伝学的検査」に関する見解, 日産婦誌 75 : 796-797, 2023
9) 不妊症および不育症を対象とした着床前遺伝学的検査に関する見解, 日産婦誌 75 : 804-806, 2023
10) 不妊症および不育症を対象とした着床前胚染色体異数性検査 (PGT-A) に関する細則, 日産婦誌 75 : 807-810, 2023
11) 不妊症および不育症を対象とした着床前胚染色体構造異常検査 (PGT-SR) に関する細則, 日産婦誌 75 : 811-814, 2023
12) 日本医学会 : 医療における遺伝学的検査・診断に関するガイドライン. 2011 (2022年3月改定) (https://jams.med.or.jp/guideline/genetics-diagnosis_2022.pdf)
13) 日本産科婦人科学会 : 出生前に行われる遺伝学的検査に関する見解 (2023年6月改定). 日産婦誌, 75 : 816-820, 2023 (https://fa.kyorin.co.jp/jsog/readPDF.php?file=75/8/075080775.pdf#page=42)
14) 出生前検査認証制度等運営委員会 (https://jams-prenatal.jp/)
15) Sasaki A, et al : Low prevalence of genetic prenatal diagnosis in Japan. Prenat Diagn, 31 : 1007-1009, 2011
16) 日本産科婦人科学会 : 「生殖・周産期医療に関係する生命倫理を考えるに際しての日本産科婦人科学会の基本姿勢」を公表します (https://www.jsog.or.jp/modules/committee/index.php?content_id=219)
17) 日本産科婦人科学会 : 旧優生保護法に関するアンケート調査の結果および日本産科婦人科学会からの宣言 (福岡宣言). 2022 (https://www.jsog.or.jp/news/pdf/20220807_shuuchi.pdf)

7章 がんのゲノム医療

P.101 掲載の参考文献
1) 「がん-4000年の歴史・上」「がん-4000年の歴史・下」 (シッダールタ・ムカジー/著, 田中文/訳), 早川書房, 2016
2) 国立国会図書館 : レファレンス協同データベース (https://crd.ndl.go.jp/reference/modules/d3ndlcrdentry/index.php?page=ref_view&id=1000070636)
3) Hanahan D & Weinberg RA : The hallmarks of cancer. Cell, 100 : 57-70, 2000
4) Hanahan D & Weinberg RA : Hallmarks of cancer : the next generation. Cell, 144 : 646-674, 2011
5) Knudson AG Jr : Mutation and cancer : statistical study of retinoblastoma. Proc Natl Acad Sci U S A, 68 : 820-823, 1971
6) Fearon ER & Vogelstein B : A genetic model for colorectal tumorigenesis. Cell, 61 : 759-767, 1990
7) 日本遺伝性乳癌卵巣癌総合診療制度機構 : 遺伝性乳癌卵巣癌 (HBOC) 診療ガイドライン 2021年版. 2021 (https://johboc.jp/guidebook_2021/)
8) 国立がん研究センターがんゲノム情報管理センター (C-CAT) : がんゲノム医療とがん遺伝子パネル検査 (https://for-patients.c-cat.ncc.go.jp/registration_status/)
9) 医薬品医療機器総合機構 : コンパニオン診断薬WG (https://www.pmda.go.jp/rs-std-jp/cross-sectionalproject/0013.html)
10) 厚生労働省 : がんゲノム医療中核拠点病院等の整備について 令和4年8月1日. 2022 (https://www.mhlw.go.jp/content/000972176.pdf)
11) Schrader KA, et al : Germline Variants in Targeted Tumor Sequencing Using Matched Normal DNA. JAMA Oncol, 2 : 104-111, 2016
12) Mandelker D, et al : Mutation Detection in Patients With Advanced Cancer by Universal Sequencing of Cancer-Related Genes in Tumor and Normal DNA vs Guideline-Based Germline Testing. JAMA, 318 : 825-835, 2017
13) 日本医療研究開発機構 : がん遺伝子パネル検査 二次的所見 検討資料 Ver 1.0, 2021 (https://www.amed.go.jp/content/000087774.pdf)

8章 ゲノム情報の利活用

P.119 掲載の参考文献
1) Koyanagi YN, et al : Genetic architecture of alcohol consumption identified by a genotypestratified GWAS and impact on esophageal cancer risk in Japanese people. Sci Adv, 10 : eade2780, 2024
内閣官房 健康・医療戦略室 : 健康・医療戦略推進本部 ゲノム医療実現推進協議会 (https://www.kantei.go.jp/jp/singi/kenkouiryou/genome/genome_jitsugen.html)
内閣官房 健康・医療戦略室 : 健康・医療戦略推進本部 ゲノム医療協議会 (https://www.kantei.go.jp/jp/singi/kenkouiryou/genome/kaisai.html)
厚生労働省 : がんに関する全ゲノム解析等の推進に関する部会 (https://www.mhlw.go.jp/stf/shingi/other-kenkou_514424_00001.html)
厚生労働省 : 厚生科学審議会科学技術部会全ゲノム解析等の推進に関する専門委員会 (https://www.mhlw.go.jp/stf/shingi/shingi-kousei_467561_00004.html)
「ゼロから実践する 遺伝統計学セミナー 疾患とゲノムを結びつける」 (岡田随象/著), 羊土社, 2020
イルミナ社 : ポリジェニックリスクスコア (https://jp.illumina.com/areas-of-interest/complex-diseasegenomics/polygenic-risk-scores.html)
Khera AV, et al : Genome-wide polygenic scores for common diseases identify individuals with risk equivalent to monogenic mutations. Nat Genet, 50 : 1219-1224, 2018
Sammut SJ, et al : Multi-omic machine learning predictor of breast cancer therapy response. Nature, 601 : 623-629, 2022

9章 ゲノム医療における倫理的・法的・社会的課題 ( ELSI )

P.127 掲載の参考文献
1) 大阪大学社会技術共創研究センター : ELSI とは (https://elsi.osaka-u.ac.jp/what_elsi)
2) Genetic Information Nondiscrimination Act of 2008 (https://www.govinfo.gov/content/pkg/PLAW-110publ233/pdf/PLAW-110publ233.pdf)
3) Health Insurance Portability and Accountability Act of 1996 (https://www.govinfo.gov/content/pkg/PLAW-104publ191/pdf/PLAW-104publ191.pdf)
4) 額賀淑郎, 津谷喜一郎 : 「遺伝子例外主義」問題の動向. 日医雑誌, 134 : 2385-2390, 2006
5) 個人情報の保護に関する法律 (平成十五年法律第五十七号). 2022 (https://www.ppc.go.jp/files/pdf/201212_personal_law.pdf)
6) 日本医学会 : 医療における遺伝学的検査・診断に関するガイドライン. 2011 (https://jams.med.or.jp/guideline/genetics-diagnosis.pdf)
7) 日本医学会 : 医療における遺伝学的検査・診断に関するガイドライン 2022年3月改定. 2022 (https://jams.med.or.jp/guideline/genetics-diagnosis_2022.pdf)
8) 文部科学省, 厚生労働省 : 人を対象とする医学系研究に関する倫理指針 平成29年2月28日一部改正. 2017 (https://www.mhlw.go.jp/file/06-Seisakujouhou-10600000-Daijinkanboukouseikagakuka/0000153339.pdf)
9) 文部科学省, 他 : ヒトゲノム・遺伝子解析研究に関する倫理指針 平成29年2月28日一部改正. 2017 (https://www.mhlw.go.jp/content/10600000/000757268.pdf)
10) 文部科学省, 他 : 人を対象とする生命科学・医学系研究に関する倫理指針 令和4年3月10日一部改正. 2022 (https://www.mhlw.go.jp/content/000909926.pdf)
11) 日本人類遺伝学会 : DTC遺伝学的検査に関する見解. 2008 (https://jshg.jp/about/notice-reference/viewon-dtcgenetic-testing/)
12) Takahashi Y, et al : Six years' accomplishment of the Initiative on Rare and Undiagnosed Diseases : nationwide project in Japan to discover causes, mechanisms, and cures. J Hum Genet, 67 : 505-513, 2022
13) Macfarlane TV, et al : Self-Reported Facial Pain in UK Biobank Study : Prevalence and Associated Factors. J Oral Maxillofac Res, 5 : e2, 2014
14) Halldorsson BV, et al : The sequences of 150,119 genomes in the UK Biobank. Nature, 607 : 732-740, 2022
15) Raza S & Hall A : Genomic medicine and data sharing. Br Med Bull, 123 : 35-45, 2017
16) Collins FS : The case for a US prospective cohort study of genes and environment. Nature, 429 : 475-477, 2004
17) Austin MA, et al : Monitoring ethical, legal, and social issues in developing population genetic databases. Genet Med, 5 : 451-457, 2003
18) Burke W & Diekema DS : Ethical issues arising from the participation of children in genetic research. J Pediatr, 149 : S34-S38, 2006
19) 高島響子, 他 : 研究で用いたゲノムデータの共有に関する患者・市民の期待と懸念 研究者との対話を通じた試み. 科学技術社会論研究, 18 : 147-160, 2020
20) Yu R, et al : Evaluation of a patient and public involvement training programme for researchers at a large biomedical research centre in the UK. BMJ Open, 11 : e047995, 2021
21) 国立研究開発法人日本医療研究開発機構 : 患者・市民参画 (PPI) ガイドブック~患者と研究者の協働を目指す第一歩として~. 2019 (https://www.amed.go.jp/content/000055212.pdf)

おわりに - ゲノム情報を有効に活用可能な世の中をめざして -

P.129 掲載の参考文献
1) ゲノム医療実現推進協議会 : 中間とりまとめ. 平成27年7月 (https://www.kantei.go.jp/jp/singi/kenkouiryou/genome/pdf/h2707_torimatome.pdf)
2) 厚生労働省 : 全ゲノム解析等実行計画 2022. 令和4年9月30日 (https://www.amed.go.jp/content/000115650.pdf)

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