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実験医学別冊　誰でも再現できるNGS「前」サンプル調製プロトコール

出版社： 羊土社
発行日： 2024-07-15
分野： 医学一般  >  雑誌
ISBN： 9784758122726
雑誌名：
特集： 誰でも再現できるNGS「前」サンプル調製プロトコール
電子書籍版： 2024-07-15 （第1刷）
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目次

  • 特集　誰でも再現できるNGS「前」サンプル調製プロトコール

    第1章　NGS解析の全体像
    　1　RNA-Seq概論
    　2　DNAシークエンス技術の進化と現在地
    　3　エピジェネティクスとエピゲノム
    　4　シングルセル解析
    　5　水圏における環境DNA分析

    第2章　実験をはじめる前に検討すること
    　1　NGSを使った研究のはじめ方
    　　　どこまで相談するか？
    　2　NGSデータ解析の共同研究や相談の際のTips
    　3　メタゲノム解析をはじめる前に
    　4　シングルセル・トランスクリプトーム解析
    　　　バイオインフォ技術員から見た共同研究の進めかた
    　5　最先端シークエンサーのWet実験で知っておくべきこと

    第3章　DNA調製プロトコール
    　1　バクテリア
    　　　バクテリアからの一般的なゲノムDNA調製
    　2　酵母
    　　　スフェロプラスト化による高純度DNAの抽出
    　3　マウス
    　　　組織からのDNA抽出法
    　4　ゼブラフィッシュ
    　5　ショウジョウバエ
    　　　成虫と幼虫からのDNA抽出
    　6　線虫
    　7　プラナリア
    　　　長鎖ゲノム抽出法
    　8　アリ
    　　　節足動物を対象としたDNA調製
    　9　シロイヌナズナ
    　10　イネ
    　　　　ショートリードシークエンスのためのDNA抽出
    　11　コムギ
    　12　ヒメツリガネゴケ
    　13　根圏微生物相
    　　　　根からのDNA抽出
    　14　水圏の環境DNA
    　　　　分析のための採水・濾過・DNA抽出

    第4章　ChIP用調製プロトコール
    　1　植物組織(1)
    　　　簡便・高効率なクロマチン抽出を行えるeChIP法
    　2　植物組織(2)
    　　　ChIP-Seqとその応用編（カキ）

    第5章　RNA調製プロトコール
    　1　酵母
    　　　ホットフェノール法によるtotalRNAの抽出
    　2　マウス
    　　　組織からのRNA抽出法
    　3　ゼブラフィッシュ
    　4　ツメガエル大腿骨
    　5　ツメガエル血球
    　　　採血と遺伝子抽出
    　6　カエル臓器全般
    　7　ショウジョウバエ
    　8　線虫
    　9　ニワトリ胚
    　10　刺胞動物
    　11　マツノザイセンチュウ
    　　　　簡便なRNA抽出法
    　12　シロイヌナズナ
    　　　　茎頂からのRNA抽出
    　13　イネ
    　　　　デンプンの多いサンプル
    　14　ヒメツリガネゴケ
    　15　オオムギ
    　16　樹木葉・枝
    　17　コンニャク
    　　　　水溶性多糖類の多いサンプル
    　18　piRNA
    　　　　配列解析にむけた精製
    　19　イネ生殖組織のsmallRNA
    　　　　RNA-IPを用いたsmallRNAトランスクリプトーム

    第6章　シングルセル調製プロトコール
    　1　マウス脳
    　　　シングルセル解析のための細胞回収
    　2　植物核抽出
    　　　セルソーターによるシングル核解析に適した抽出
    　3　ゼブラフィッシュ
    　　　シングルセル解析に向けた胚の分散
    　4　メダカリンパ球
    　　　セルソーティングによる調製

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この書籍の参考文献

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本参考文献は電子書籍掲載内容を元にしております。

[ 第1章 ] NGS解析の全体像

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[ 第2章 ] 実験をはじめる前に検討すること

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5) Doyle JJ:Phytochem Bull, 19:11-15, 1987
 
P.170 掲載の参考文献
1) IRGSP:Nature, 436:793-800, 2005
 
2) Kawahara Y, et al:Rice (N Y), 6:4, 2013
 
3) Murray MG & Thompson WF:Nucleic Acids Res, 8:4321-4325, 1980
 
4) Mayjonade B, et al:Biotechniques, 61:203-205, 2016
 
「植物のPCR実験プロトコール:核酸の単離法とゲノム・遺伝子発現の最新解析法」(島本功, 佐々木卓治/監), 秀潤社, 1997
 
「新農学実験マニュアル」(羽柴輝良, 金浜耕基/編), ソフトサイエンス社, 2002
 
[Nanopore Sequencing:Methods and Protocols (Methods in Molecular Biology 2632)] (Arakawa K, eds), Humana, 2023
 
P.182 掲載の参考文献
1) Saghai-Maroof MA, et al:Proc Natl Acad Sci U S A, 81:8014-8018, 1984
 
2) Byrne M, et al:Biotechniques, 30:742-4, 748, 2001
 
3) Wheat Genetics Resource Center (https://www.k-state.edu/wgrc/electronic_lab/%20monocot_dna_isolation.html)
 
4) NucleoBond(R) HMW DNA (https://catalog.takara-bio.co.jp/com/tech_info_detail.php?mode=2&masterid=M100007275&unitid=U100009416)
 
5) Pallotta MA, et al:Tenth international wheat genetics symposium:proceedings:Paestum, Italy, 1-6 September 2003, 789-791, 2003
 
[The Wheat Genome (Compendium of Plant Genomes)] (Appels R, et al, eds), Springer, 2023
 
P.192 掲載の参考文献
1) PHYSCOmanual ver.2.0:2.2 Culture and storage of protonemata and gametophores (https://www.nibb.ac.jp/evodevo/PHYSCOmanual/2.2.htm)
 
2) PHYSCOmanual ver.2.0:4.1 Genomic DNA extraction (https://www.nibb.ac.jp/evodevo/PHYSCOmanual/4.1.htm)
 
P.201 掲載の参考文献
1) Kuzyakov Y & Razavi B:Soil Biol Biochem, 135:343-360, 2019
 
2) Brundrett MC & Tedersoo L:New Phytol, 220:1108-1115, 2018
 
3) Tedersoo L, et al:Science, 367:eaba1223, 2020
 
4) Reinhold-Hurek B, et al:Annu Rev Phytopathol, 53:403-424, 2015
 
5) Afzal I, et al:Microbiol Res, 221:36-49, 2019
 
6) Jackson RB, et al:Oecologia, 108:389-411, 1996
 
7) 「DNA情報で生態系を読み解く:環境DNA・大規模群集調査・生態ネットワーク」(東樹宏和/著, 占部城太郎, 他/編), 共立出版, 2016
 
8) Kasajima I, et al:Plant Biotechnol (Tokyo), 34:97-106, 2017
 
P.215 掲載の参考文献
1) Minamoto T, et al:Environmental DNA, 3:8-13, 2021
 
2) 環境DNA調査・実験マニュアル Ver2.2 (https://ednasociety.org/wp-content/uploads/2022/06/eDNA_manual_ver2_2.pdf)
 
3) Tsuji S, et al:LIMNOLOGY, 23:9-16, 2022
 
4) Fukuzawa T, et al:Environmental DNA, 5:627-633, 2023
 
5) Wong MK, et al:Sci Rep, 10:21531, 2020
 
6) Yamanaka H, et al:Ecol Res, 31:963-967, 2016
 

[ 第4章 ] ChIP用調製プロトコール

P.224 掲載の参考文献
1) Park PJ:Nat Rev Genet, 10:669-680, 2009
 
2) Inagaki S, et al:EMBO J, 36:970-980, 2017
 
3) Inagaki S, et al:Nat Plants, 7:295-302, 2021
 
4) Oya S, et al:Nat Commun, 13:4521, 2022
 
5) Mori S, et al:EMBO J, 42:e113798, 2023
 
6) Yabe K, et al:bioRxiv, doi:10.1101/2023.11.02.565278, 2023
 
7) Zhao L, et al:Nat Commun, 11:2658, 2020
 
8) Shah RN, et al:Mol Cell, 72:162-177.e7, 2018
 
P.234 掲載の参考文献
1) Saleh A, et al:Nat Protoc, 3:1018-1025, 2008
 
2) Gray JC:Phytochemistry, 17:495-497, 1978
 
3) Allan AC, Walker RL:Phytochemistry, 27:3075-3076, 1988
 
4) Mazzafera P & Robinson SP:Phytochemistry, 55:285-296, 2000
 
5) Nozawa K, et al:Front Plant Sci, 13:899105, 2022
 

[ 第5章 ] RNA調製プロトコール

P.239 掲載の参考文献
1) Kohrer K & Domdey H:Methods Enzymol, 194:398-405, 1991
 
2) Abe F:FEBS Lett, 581:4993-4998, 2007
 
3) Shedlovskiy D, et al:RNA Biol, 14:1722-1726, 2017
 
P.253 掲載の参考文献
1) Cheng KC, et al:Int J Mol Sci, 22:1338, 2021
 
2) He P, et al:Nature, 583:760-767, 2020
 
3) Peterson SM & Freeman JL:J Vis Exp:1470, 2009
 
4) Ujibe K, et al:Bio Protoc, 11:e4136, 2021
 
5) Kamitani M, et al:Sci Rep, 9:7091, 2019
 
P.260 掲載の参考文献
1) Session AM, et al:Nature, 538:336-343, 2016
 
2) Hellsten U, et al:Science, 328:633-636, 2010
 
3) Fisher M, et al:Genetics, 224:iyad018, 2023
 
4) Chomczynski P & Mackey K:Biotechniques, 19:942-945, 1995
 
P.277 掲載の参考文献
1) Sato K, et al:Sci Rep, 8:16245, 2018
 
2) Nogawa-Kosaka N, et al:J Exp Biol, 214:921-927, 2011
 
3) Omata K, et al:Biol Open, 12:bio05982, 2023
 
4) Lasser C, et al:J Transl Med, 9:9, 2011
 
5) Chomczynski P & Sacchi N:Anal Biochem, 162:156-159, 1987
 
P.284 掲載の参考文献
1) Lau Q, et al:BMC Genomics, 18:994, 2017
 
2) Komaki S, et al:Front Ecol Evol, 9:706887, 2021
 
3) 「日本生物解剖図説」(広島大学生物学会/編, 池田嘉平, 稲葉明彦/監), 森北出版, pp23-33, 2012
 
4) Porro LB & Richards CT:J Anat, 231:169-191, 2017
 
5) Igawa T, et al:PLoS One, 10:e0133963, 2015
 
6) 「トランスクリプトーム解析 (シリーズ Useful R 7)」(門田幸二/著, 金明哲/編), 共立出版, pp98-165, 2014
 
P.290 掲載の参考文献
1) Fuse N, et al:PLoS Genet, 18:e1010005, 2022
 
2) Fuse N, et al:Front Immunol, 14:1268611, 2023
 
3) [Assessing Integrity of Insect RNA] (Fabrick JA. & Joe HJ), Agilent Technologies, 2017
 
4) Jordan BR, et al:J Mol Biol, 101:85-105, 1976
 
P.296 掲載の参考文献
1) Jiang L, et al:MethodsX, 6:2460-2467, 2019
 
2) Portman DS:WormBook:1-11, 2006
 
3) Wang AJ, et al:BMC Genomics, 23:653, 2022
 
4) Ly K, et al:MethodsX, 2:59-63, 2015
 
P.303 掲載の参考文献
1) Hamburger V & Hamilton HL:J Morphol, 88:49-92, 1951
 
2) QIAGEN:RNeasy(R) Mini Handbook, 2023
 
3) QIAGEN:RNAlater(TM) プロトコールとトラブルシューティング, 2002
 
P.316 掲載の参考文献
1) 小林千余子:生物の科学 遺伝, 74:412-419, 2020
 
2) Kroiher M, et al:Int J Dev Biol, 44:485-490, 2000
 
3) Kuniyoshi H, et al:Biosci Biotechnol Biochem, 76:1397-1400, 2012
 
4) Ujibe K, et al:Bio Protoc, 11:e4136, 2021
 
5) 鹿島誠&平田晋三:実験医学, 41:1474-1481, 2023
 
P.325 掲載の参考文献
1) Mamiya Y & Kiyohara T:Nematologica, 18:120-124, 1972
 
2) Ekino T, et al:PLoS One, 12:e0179465, 2017
 
3) Ly K, et al:MethodsX, 2:59-63, 2015
 
4) Tanaka SE, et al:Sci Rep, 9:6080, 2019
 
P.334 掲載の参考文献
1) Schroeder A, et al:BMC Mol Biol, 7:3, 2006
 
2) Camacho-Sanchez M, et al:Mol Ecol Resour, 13:663-673, 2013
 
3) Tameshige T, et al:Curr Biol, 26:2478-2485, 2016
 
P.342 掲載の参考文献
1) Chang S, et al:Plant Mol Biol Rep, 11:113-116, 1993
 
2) Hashida Y, et al:Plant Prod Sci, 21:233-243, 2018
 
3) Kashima M, et al:Plant Cell Physiol, 62:1436-1445, 2021
 
4) Hashida Y, et al:Plant Cell Environ, 45:2410-2427, 2022
 
5) Matsunami M, et al:Plant Soil, 433:173-187, 2018
 
P.349 掲載の参考文献
1) PHYSCOmanual ver.2.0:2.2 Culture and storage of protonemata and gametophores (https://www.nibb.ac.jp/evodevo/PHYSCOmanual/2.2.htm)
 
2) QIAGEN:RNeasy(R) Mini Handbook
 
P.359 掲載の参考文献
1) Hirayama T, et al:Plant Cell Physiol, 61:1438-1448, 2020
 
2) Takai T, et al:Plant J, 114:729-742, 2023
 
P.371 掲載の参考文献
1) Gehrig HH, et al:Plant Mol Biol, 18:369-376, 2000
 
「NGSアプリケーション RNA-Seq実験ハンドブック」(鈴木穣/編), 羊土社, 2016
 
P.378 掲載の参考文献
1) [Konjac Glucomannan:Production, Processing, and Functional Applications] (Srzednicki G & Borompichaichartkul C, eds), CRC Press, 2020
 
2) Chua M, et al:Am J Bot, 100:337-345, 2013
 
3) Gao Y, et al:Comput Struct Biotechnol J, 20:1002-1011, 2022
 
4) Gille S, et al:Planta, 234:515-526, 2011
 
5) Diao Y, et al:PLoS One, 9:e95428, 2014
 
P.388 掲載の参考文献
1) Siomi H & Siomi MC:Nature, 457:396-404, 2009
 
2) Iwasaki YW, et al:Annu Rev Biochem, 84:405-433, 2015
 
3) Iwasaki YW, et al:Methods, 126:66-75, 2017
 
4) Hayashi R, et al:Nature, 539:588-592, 2016
 
5) Miyoshi K, et al:Methods Mol Biol, 725:29-43, 2011
 
6) McGinn J & Czech B:Methods Mol Biol, 1093:195-208, 2014
 
7) Yamada H, et al:Nat Commun, 13:1518, 2022
 
8) Gunawardane LS, et al:Science, 315:1587-1590, 2007
 
9) Brennecke J, et al:Cell, 128:1089-1103, 2007
 
10) Aravin AA, et al:Science, 316:744-747, 2007
 
11) Podvalnaya N, et al:Nature, 622:402-409, 2023
 
山田紘実, 塩見美喜子:RNAサイレンシング. 「核酸科学ハンドブック」(日本核酸化学会/監, 杉本直己/編), pp323-330, 講談社サイエンティフィク, 2020
 
島本蓮, 岡村勝友:小分子RNA. 「核酸科学ハンドブック」(日本核酸化学会/監, 杉本直己/編), pp339-349, 講談社サイエンティフィク, 2020
 
P.398 掲載の参考文献
1) Malone CD, et al:Cell, 137:522-535, 2009
 
2) Komiya R:Genes Genet Syst, 96:209-215, 2022
 
3) Ketting RF:Dev Cell, 20:148-161, 2011
 
4) Komiya R:Genes Genet Syst, 96:209-215, 2022
 
5) Komiya R, et al:Plant J, 78:385-397, 2014
 
6) Araki S, et al:Nat Commun, 11:3115, 2020
 
7) Tamotsu H, et al:Nat Commun, 14:3333, 2023
 
8) Komiya R & Nonomura K:Methods Mol Biol, 1093:235-245, 2014
 
「解剖図説イネの生長」(星川清親), 農山漁村文化協会, 1975
 

[ 第6章 ] シングルセル調製プロトコール

P.408 掲載の参考文献
1) Rybachuk O, et al:Bio Protoc, 9:e3165, 2019
 
2) Sheng KY, et al:Front Cell Dev Biol, 10:1078927, 2022
 
P.415 掲載の参考文献
1) Grones CM, et al:Plant Cell, koae003, 2024
 
2) Birnbaum K, et al:Nat Methods, 2:615-619, 2005
 
3) Thibivilliers S, et al:Curr Protoc Plant Biol, 5:e20120, 2020
 
4) Guillotin B, et al:Nature, 617:785-791, 2023
 
5) Shi D, et al:Plant Cell, 33:200-223, 2021
 
6) Shi D, et al:Methods Mol Biol, 2722:67-78, 2024
 
7) Zhao J, et al:bioRxiv, doi:10.1101/2023.04.05.535530, 2023
 
8) Sunaga-Franze DY, et al:Plant J, 108:859-869, 2021
 
9) Wallner ES, et al:Nat Commun, 14:2128, 2023
 
10) Neumann M, et al:Nat Commun, 13:2838, 2022
 
11) Picard CL, et al:Nat Plants, 7:730-738, 2021
 
P.422 掲載の参考文献
1) Zhang Q, et al:Curr Opin Toxicol, 16:49-57, 2019
 
2) Tatarakis D, et al:Cell Rep, 37:110140, 2021
 
3) Fabian P, et al:Nat Commun, 13:13, 2022
 
4) Liu S, et al:Dev Dyn, 249:794-815, 2020
 
5) Narumi R, et al:Front Cell Dev Biol, 8:592967, 2020
 
6) Liu S, et al:Tox Sci, 196:38-56, 2023
 
P.429 掲載の参考文献
1) de Jong JL & Zon LI:Annu Rev Genet, 39:481-501, 2005
 
2) Iwanami N:Exp Hematol, 42:697-706, 2014
 
3) Moore FE, et al:J Exp Med, 213:979-992, 2016
 
4) Tang Q, et al:J Exp Med, 214:2875-2887, 2017
 
5) Rubin SA, et al:J Exp Med, 219:, 2022
 
6) Hu CB, et al:FASEB J, 37:e22951, 2023
 
7) Wittbrodt J, et al:Nat Rev Genet, 3:53-64, 2002
 
8) Kobayashi I, et al:Sci Rep, 9:14205, 2019
 
9) Li J, et al:J Immunol, 179:1605-1615, 2007
 

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