実験医学別冊 達人直伝 マイクロバイオーム研究実践プロトコール
目次
- 序
1章 マイクロバイオーム研究をはじめる前に考えること
1 ヒトマイクロバイオーム研究の全体像
2 データベースの意義とその整備
3 細菌の分類と命名
2章 腸内微生物叢のマイクロバイオームデータの生産
1 微生物叢DNAの抽出技術の開発状況および酵素法プロトコール
2 腸内細菌叢DNAの抽出技術（ビーズ法プロトコール）およびライブラリ調製
3 腸内細菌叢を対象とした16S rRNA遺伝子のアンプリコンとメタゲノムの情報解析
4 腸内常在性ファージの解析・宿主細菌との相互作用
5 腸内環境の代謝オミクス分析・解析
6 腸内真菌叢のマイクロバイオーム解析
3章 その他の微生物叢のマイクロバイオームデータの生産
1 皮膚細菌叢のマイクロバイオーム解析
2 唾液微生物叢のショットガンメタゲノム解析
3 ロングリードを用いたヒトマイクロバイオームの染色体外エレメントの解析
4 古代サンプルのマイクロバイオーム解析
4章 細菌株の性質の解析
1 菌株単離・培養と選定・釣菌，保存
5章 マイクロバイオームデータの関連解析
1 ヒト遺伝子一塩基多型（SNP）とマイクロバイオームの関連解析
2 環境因子（食事，生活習慣，薬剤）や疾患とヒトマイクロバイオームの関連解析
達人への一歩
(1)定期的な精度管理を，その1
(2)定期的な精度管理を，その2
(3)定期的な精度管理を，その3
(4)ウイルス（ファージ）叢の構成比について
(5)メタゲノムデータのなかから真核生物由来のDNAを検出する手法
(6)古代DNA解析への道のり
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