実験医学別冊 実験デザインからわかるCRISPRスクリーニング実践テキスト
目次
- 特集 実験デザインからわかるCRISPRスクリーニング実践テキスト
実験規模の設定から、表現型アッセイの組み立て、遺伝子同定まで、
自在にカスタマイズする極意とプロトコール
概 論 CRISPRが一新した現代の遺伝子同定
第1章 基本フローと各フローにおける検討ポイント
1. CRISPRスクリーニングで最も重要な「数」を理解する
2. ゲノム編集手法～種類と選び方
3. Cas9 発現マテリアルの準備
4. gRNAライブラリ：既製品と自作
5. 変異細胞ライブラリの作製
6. 表現型アッセイ
7. NGSサンプル調製とシークエンス
8. 統計解析によるヒット遺伝子の同定
第2章 実践 基本プロトコール
1. レンチウイルスの基本操作―ウイルス作製と細胞への感染
2. Cas9レポーターアッセイ
3. gRNAライブラリの複製
4. フォーカスライブラリ自作と既存ライブラリ載せ替え
5. 変異細胞ライブラリの作製とFitnessスクリーニング
6. 選択圧によるスクリーニング
7. ソーターを使ったスクリーニング
8. NGSライブラリ作製
9. MAGeCKを用いたgRNAカウントデータの解析
第3章 実践 応⽤プロトコール
1. 抗がん剤耐性・感受性因子の探索
2. ウイルスの増殖にかかわる宿主遺伝子の探索
3. がん免疫療法抵抗性にかかわる遺伝子の探索
4. ATAC-seeによるクロマチン・アクセシビリティ制御因子の探索
5. O-ClickFCを用いた脂質表現型スクリーニング
6. in vivoスクリーニングによる腫瘍免疫抑制因子の探索
7. 精子機能を標的とするin vivo sgRNAライブラリスクリーニングの方法論
第4章 発展的な活⽤事例
1. スキャニングとしての利用：タンパク質機能ドメインの解析
2. 遺伝子間の機能的相互作用を狙ったCRISPRスクリーニング
3. アレイ型CRISPRスクリーニング
4. DepMapデータを用いたがん治療標的因子の探索
5. シングルセル解析とCRISPRスクリーニングの融合
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