実験医学別冊 論文図表を読む作法PREMIUM
目次
- 第1章 色々な解析に使えるエッセンシャル
1 統計的仮説検定とp値
2 多重比較と多重検定補正
3 信頼区間
4 t検定
5 ANOVA
6 棒グラフ
7 相関解析
8 線形回帰
9 カーブフィッティング
第2章 核酸解析
1 バイオアナライザ・TapeStationとRIN値・DIN値
2 アガロースゲル電気泳動
★3 サザンブロット／ノーザンブロット
4 PCR／RT-PCR
5 定量的PCR
6 デジタルPCR
7 バイサルファイトシークエンス
8 G分染法
9 DNA-FISH解析
10 間期核FISH解析
★11 RNA-FISH
12 Promoterアッセイ
13 Gel Shiftアッセイ
第3章 イメージング
★1 位相差顕微鏡／微分干渉顕微鏡
★2 共焦点レーザー走査型顕微鏡
3 免疫組織化学
4 蛍光染色
★5 超多色染色
6 走査電子顕微鏡
7 透過電子顕微鏡
★8 CLEM
★9 二光子顕微鏡
★10 ライトシート顕微鏡
★11 全反射照明蛍光顕微鏡
★12 超解像顕微鏡法
★13 FRAP
第4章 細胞の形態や性質の解析
1 フローサイトメトリー
★2 マスサイトメトリー（CyTOF）
★3 イメージングフローサイトメトリー
★4 ゴーストサイトメトリー
5 細胞周期
★6 Fucci
7 細胞増殖アッセイ
8 Annexin Ⅴ assay／Sub-G1 assay
9 TUNEL assay／Comet assay
10 薬剤感受性試験
11 細胞運動能アッセイ
12 Oil Red O染色
13 3D culture
14 造腫瘍性（同種・異種移植実験）
15 細胞老化
第5章 タンパク質解析
1 ポリアクリルアミド電気泳動
2 Western blot
3 二次元電気泳動
4 FRET
5 タンパク質半減期測定
6 ユビキチン化アッセイ
7 オーキシンデグロン法
8 PROTAC
9 Fluoppi
10 BiFC／SplitGFP
11 インターラクトーム解析
12 ELISA法
13 IP／RIP
★14 Yeast two-hybrid system
15 カラムクロマトグラフィー
16 ショットガンプロテオミクス
17 ターゲットプロテオミクス
★18 AlphaScreen
★19 PEA（ハイマルチプレックスイムノアッセイ）
20 結晶構造解析
21 クライオ単粒子解析
22 NMR解析
23 表面プラズモン共鳴法
24 等温滴定型カロリメトリー
25 Phos-tag
26 インビトロヘリカーゼアッセイ
27 ショ糖密度勾配遠心法
28 高速AFM
第6章 代謝解析
1 リピドミクス
2 細胞外フラックス解析
3 高血糖クランプ／高インスリン正常血糖クランプ
4 ブドウ糖負荷試験／インスリン負荷試験
5 メタボローム解析／代謝フラックス解析
★6 イメージング質量分析
7 代謝ケージによるマウス代謝測定
8 寒冷刺激試験
第7章 実験動物・遺伝子改変動物解析
1 CT
2 MRI
3 PET／SPECT
4 光イメージング
★5 （心）エコー
6 Cre/loxPシステム
7 遺伝学的系統追跡
★8 組織透明化技術
9 電気生理学的手法
10 覚醒下脳イメージング
11 光遺伝学
★12 化学遺伝学
13 オープンフィールド試験
14 モリス水迷路試験
15 Three-Chamberテスト
★16 ロータロッドテスト
★17 プレパルス・インヒビションテスト
第8章 シークエンサーなどを用いた網羅的配列解析とその応用
・共通
1 マイクロアレイ
★2 シークエンスデータ総論(1)ョートリード：illumina）
★3 シークエンスデータ総論(2)グリード：Oxford Nanopore）
★4 シークエンスデータ総論(3)グリード：PacBio）
5 Volcano plot
6 Pairwise scatter plot
7 Gene ontology解析
★8 Gene set enrichment 解析
9 階層的クラスタリング
10 k-meansクラスター解析
11 PCA
12 メタジーン解析
13 モチーフ図
14 STRING（ネットワーク解析）
15 KEGG pathway
16 ネットワーク解析
★17 iModulon解析
★18 Riverplot
★19 Multi-group dotplot/Clustered dotplot
・変異とSNP（GWAS）
20 変異シグネチャー
21 Circos plot
22 Manhattan plot
23 Regional plot
24 ハプロタイプ
25 Accumulation curve
・発現
★26 バルクRNA-seq
27 MA plot（RNA-seq）
28 t-SNE／UMAP（シングルセルRNA-seq）
29 Trajectory 解析／Pseudotime解析
30 RNA velocity解析
31 TCR/BCRレパトア解析
32 Ribo-seq
★33 空間トランスクリプトーム解析(1)ークエンスベース：Visiumなど）
★34 空間トランスクリプトーム解析(2)ージングベース：Xeniumなど）
★35 空間エピゲノム解析
・エピゲノム解析
36 ChIP-seq
37 ATAC-seq
★38 CUT&RUN/CUT&Tag
39 Hi-C
第9章 マイクロバイオーム・メタゲノム解析
1 16SリボソームRNA配列解析
2 ショットガン・メタゲノム解析
★3 細菌ゲノムアセンブリ
4 注釈付き系統樹
5 α多様性解析
6 β多様性解析
第10章 臨床情報解析
1 Kaplan-Meier法
2 ROC曲線
3 多変量解析
4 メタアナリシス/フォレストプロット
★5 ネットワークメタアナリシス
★6 スイマープロット
★7 ウォーターフォールプロット
★8 スパイダープロット
★9 家系図
★10 バリアント表記法
第11章 機械学習
★1 機械学習（機械学習の分類・学習曲線）
★2 機械学習（目的関数・評価指標）
★3 アンサンブル学習
★4 説明な可能AI
★5 畳み込みニューラルネットワーク
★6 転移学習
★7 トランスフォーマー／アテンション機構
★8 セグメンテーション
★9 基盤モデル
★10 DNA，RNA，タンパク質の言語モデル
★11 AlphaFold
★12 GNN
★13 生成モデル
★14 AI創薬
★15 AIエージェントによる生命科学研究
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