次世代シークエンス解析スタンダード

出版社： 羊土社
著者：
発行日： 2014-09-10
分野： 基礎・関連科学  >  基礎医学関連科学一般
ISBN： 9784758101912
電子書籍版： 2014-09-10 （第2刷）
書籍・雑誌
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商品紹介

エピゲノム研究はもとより，医療現場から非モデル生物，生物資源まで各分野の「NGSの現場」が詰まった１冊．コツや条件検討方法などWET実験のポイントが，データ解析の具体的なコマンド例が，わかる！

目次

  • 次世代シークエンス解析スタンダード

    ―目次―

    I　基礎編
    　1 NGSのアプリケーションと今後の展望　
    　2 NGSの試薬選択ガイド　
    　3 現行機種の長所・短所とその選択　
    　4 NGS解析の要　品質管理の重要性と方法　
    　5 NGSデータ解析に必要なコンピューティングの基礎

    II　プロトコール　メディカル・クリニカルシークエンス
    　1 メンデル遺伝性疾患の原因遺伝子を解明する　Exome-seq
    　2 遺伝子診断　ターゲットキャプチャ
    　3 アンプリコンシークエンスのためのプライマーを
    　　　自在に設計する
    　4 がんゲノムから後天的変異を抽出する　
    　　　Genomon-exomeにおける方法論
    　5 HLA遺伝子の完全配列を決定する
    　6 ヒトゲノム・オミックス情報をコホート研究に応用する

    III　プロトコール　エピゲノム
    　A　ChIP-seq
    　B　DNAメチル化解析
    　C　クロマチンアクセシビリティ解析

    IV　プロトコール　トランスクリプトーム・転写制御
    　1 急速に普及するRNA-Seqで遺伝子発現をみる
    　2 １細胞から遺伝子発現を網羅的にみる　Quartz-Seq
    　3 CAGE法で転写制御領域を解析する　fastCAGE調製法

    V　プロトコール　環境・進化・生物資源
    　1 難読領域を含む微生物ゲノム完全長配列をde Novoに決定する
    　　　PacBio RS IIを用いたアセンブル　
    　2 細菌種や組成を調べる　メタ16Sとメタゲノム解析
    　3 微生物コミュニティの遺伝子レパートリーを調べる
    　　　メタゲノムデータ解析　
    　4 ゲノム情報のない生物種の新規ゲノム配列を決定する　
    　5 非モデル生物の遺伝子発現をみる　RNA-Seqとde novoゲノム　
    　6 非モデル生物のSNPを探索する　RAD-seq　
    　7 育種へ応用する　MutMap　

    VI　プロトコール　データ解析と環境構築
    　1 解析環境を導入する　スパコンの利用　
    　2 LPMを用いて解析環境を構築す　
    　3 Galaxyを用いてグラフィカルに解析する解析パイプラインに
    　　　よるChIP-seqとCAGEデータの利用　
    　4 DDBJ Read Annotation Pipeline　解析パイプラインによる
    　　　RNA-Seq de novo assemblyとイネ多型解析　
    　5 変異を解析する　グラフィカルなインターフェイスを使って　
    　6 ゲノムブラウザを用いて可視化する（1）
    　　　UTGB Toolkitによる可視化　
    　7 ゲノムブラウザを用いて可視化する（2）
    　　　GenomeJackによる可視化　
    　8 NGSデータを公共データベースへ登録する

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