RNA-Seq実験ハンドブック
商品紹介
次世代シークエンサーの最注目手法に特化し，研究の戦略，プロトコール，落とし穴を解説した待望の実験書が登場！発現量はもちろん，翻訳解析など発展的手法，各分野の応用例まで，広く深く紹介します．
目次
- RNA-Seq実験ハンドブック
―目次―
概論：RNA-Seqとは何か? 何ができるのか?
第1章 RNA-Seqの基本
試料調製と発現解析の標準的なプロトコール.
1. Total RNAの抽出
2. RNAとライブラリーの定量とクオリティコントロール
3. Stranded mRNA-Seq
4. RNA-Seqデータのマッピング 遺伝子発現解析を例に
5. miRNAを標的としたRNA-Seq RNA免疫沈降法を中心に
6. 細胞画分からのRNA-Seq 目的に応じたRNAを解析するために
7. 組織サンプルの固定とRNA抽出
8. ヒト血液検体のトランスクリプトーム解析
ゲノムコホートにおける前処理・輸送・抽出を例に
9. 微量サンプルからのRNA-Seq
10. RNA-Seq用途別シークエンサーの選び方
第2章 発展的手法
発現解析以外の発展的手法およびシングルセル解析.
1. CAGE法を用いた転写制御領域の解析
2. 転写開始点データベースDBTSSによる転写制御解析
3. RNA-SeqによるA-to-I RNA編集の検出
4. 【3'-seqによる選択的ポリアデニル化の網羅的な解析
5. リボソームプロファイリングによる細胞内翻訳反応評価
6. RNAの合成・分解を定量するシークエンス技術
7. BRIC-Seqによる網羅的なRNA分解速度測定法
8. CLIP法とその改良法によるタンパク質結合RNAの高解像度解析
9. シングルセル(1):機器・方法編
C1以外で世界的に開発されている機器・方法について
10. シングルセル(2):試薬・キット編
改変型SMART-Seq2プロトコールを交えて
11. シングルセル(3):C1システムのプロトコールと実施例
12. 超並列レポーターアッセイによる転写制御解析
第3章 応用例
1. 細菌叢研究におけるRNA-Seq
メタトランスクリプトームによる菌種・機能の解析
2. 免疫研究におけるRNA-Seq システム免疫学へのアプローチ
3. がん研究におけるRNA-Seq
がんのシステム異常を情報学的に俯瞰する
4. 神経研究におけるRNA-Seq
シングルセルRNA-Seqによる新たな細胞種の発見を例
5. 遺伝性疾患研究におけるRNA-Seq
先天異常症候群における遺伝子発現異常を例に
6. 感染症研究におけるRNA-Seq
マラリアの宿主?病原体相互作用を例に
第4章 新技術
1. 多様なトランスクリプトーム解析技術
2. PacBio1分子実時間シーケンシング
ゲノム,トランスクリプトーム,エピゲノム解析への応用
3. ナノポアシークエンサーMinION 超小型装置によるRNA解析
第5章 インフォマティクスとデータベース
1. マイクロRNA研究を加速するデータベース
2. RNA2次構造とRNA間相互作用の予測
3. ヒトのオミクス情報を扱うデータベース
トランスクリプトームデータベースGTExと
東北メディカル・メガバンク事業を例に
4. FANTOM/ENCODEに関するデータベース・ウェブツール
大規模プロジェクトのデータを利用する
Column
1. RNA-SeqのためのR教育の現状と課題
2. 頭の痛いノンコーディングRNA
3. RNA-Seqはこうして誕生したーそしてデータ再利用へ
4. NGSデータ解析者の苦悩とその解決策
最近チェックした商品履歴
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