実験医学別冊 メタボロミクス実践ガイド

出版社: 羊土社
発行日: 2021-04-15
分野: 医学一般  >  雑誌
ISSN: 02885514
雑誌名:
特集: メタボロミクス実践ガイド
電子書籍版: 2021-04-15 (第1刷)
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目次

  • 特集 メタボロミクス実践ガイド
       サンプル調製からデータ解析まで、
       あなたに合った実験デザインと達人テクニック

    はじめに

    導入編
     1 メタボロミクス手法概説
     2 メタボロミクスを実施するための重要ポイント

    実践編(1) 試料収集,サンプリング
     1 オーバービュー ~メタボロミクスの威力を最大化するサンプリング・試料調製のコツ
     2 血液
     3 尿
     4 唾液
     5 糞便
     6 動物 ~in vivoの代謝情報を保持した臓器サンプルの採取法
     7 微生物
     8 培養細胞
     9 植物
     10 食品

    実践編(2) 機器分析
     1 オーバービュー
       ~メタボロームデータを自力で取得したい/外部に依頼したい人のためのガイド
    I.汎用される機器分析のプロトコール
     2 GC-MSを用いたメタボローム解析
     3 CE-MSを用いたメタボローム分析
     4 親水性代謝物のターゲットメタボローム分析
     5 13C標識トレーサー解析
     6 脂質メディエーターのターゲット分析
     7 ノンターゲット・ターゲットリピドーム分析
    II.発展的な機器分析の紹介
     8 LC/MSを用いたワイドターゲットメタボロミクス
     9 イオンクロマトグラフィー質量分析(IC/MS)を用いた陰イオン性代謝物の分析手法
     10 生物の生成・放出する揮発性成分のメタボローム解析
     11 NMR(核磁気共鳴)スペクトルによるメタボロミクス
     12 振動分光法(赤外・ラマン・近赤外)を用いたメタボローム分析
     13 MALDI-MSを用いたハイスループット代謝プロファイリング
     14 質量分析イメージングによるメタボローム分析

    実践編(3) データ解析
     1 オーバービュー
       ~メタボロームデータを出す側/使う側としてのデータサイエンス・プロトコール
     2 GC/MSメタボロミクスのデータ処理プロトコール
     3 LC-MS/MSノンターゲットリピドミクスのデータ処理プロトコール
     4 ターゲットメタボロミクスのデータ処理プロトコール
     5 質量分析インフォマティクスによる未知化合物の構造推定
     6 多変量解析,エンリッチメント解析,代謝マップ描画
     7 複数のオミクス階層にまたがる大規模パスウェイの2.5次元可視化
     8 GARUDAを用いた簡便なデータ解析
     9 論文化するにあたり要求されるメタボロームデータ出力形式
     10 メタボロームデータの公共レポジトリへの登録

    応用・展望編
    I.応用研究
     1 褐色脂肪組織におけるアミノ酸代謝と糖尿病
     2 生命の脂質多様性から解き明かす病態・バイオロジー研究
     3 メタボロミクスによる食道がん治療効果予測代謝物マーカーの探索
     4 メタボリックフィンガープリンティングの食品機能解析への応用
     5 食品分野におけるメタボロミクスの応用
     6 安定同位体標識を用いた植物メタボロミクス
     7 メタボロミクスを用いた植物特化代謝の機能ゲノミクスと代謝分子育種への応用
     8 代謝工学分野へのメタボロミクスの応用
     9 大規模コホート研究におけるメタボローム解析の意義
     10 腸内細菌分野へのメタボロミクスの応用
    II.今後の取り組み
     11 [座談会]エキスパート直伝!メタボロミクス研究の歩き方
     12 研究室間連携によるメタボロミクスFuture planの模索

    おわりに

    メタボロミクス受託機関例

この書籍の参考文献

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本参考文献は電子書籍掲載内容を元にしております。

導入編

P.16 掲載の参考文献
1) Beale DJ, et al:Metabolomics, 14:152, 2018
2) Soga T, et al:J Proteome Res, 2:488-494, 2003
2) Brown SA:Trends Endocrinol Metab, 27:415-426, 2016
3) Takeda H, et al:J Lipid Res, 59:1283-1293, 2018
3) Ramautar R, et al:Electrophoresis, 38:190-202, 2017
4) Ramautar R, et al:Electrophoresis, 40:165-179, 2019
4) Dempo Y, et al:Metabolites, 4:499-516, 2014
5) Chen D, et al:Anal Chem, 89:9424-9431, 2017
5) Zhang W:Electrophoresis, 0:1-20, 2020
6) Yuan BF, et al:Anal Chem, 90:3512-3520, 2018
6) Zhang T, et al:Anal Chem, 84:1994-2001, 2012
7) Tang DQ, et al:Mass Spectrom Rev, 35:574-600, 2016
8) Luo B, et al:J Chromatogr A, 1147:153-164, 2007
9) Yoshida H, et al:J Agric Food Chem, 55:551-560, 2007
10) Bamba T, et al:J Chromatogr A, 1250:212-219, 2012
11) Taguchi K, et al:J Chromatogr A, 1362:270-277, 2014
12) Gordillo R:J Sep Sci, 44:448-463, 2021
13) van de Velde B:J Cromatogra B, 1161:122444, 2020
14) Emwas AH, et al:Metabolites, 9:doi:10.3390/metabo9070123, 2019
15) msconvert. http://proteowizard.sourceforge.net/download.html
16) XCMS. https://xcmsonline.scripps.edu/landing_page.php?pgcontent=mainPage
17) CompMS. http://prime.psc.riken.jp/compms/index.html
18) 「化学者のための多変量解析 ケモメトリックス入門」(尾崎幸洋, 他/著), 講談社サイエンティフィク, 2002
19) 「スペクトル定量分析」(長谷川健/著), 講談社サイエンティフィク, 2005
20) Tsugawa H, et al:Nat Methods, 12:523-526, 2015
21) METLIN. https://metlin.scripps.edu/landing_page.php?pgcontent=mainPage
22) mzCloud. https://www.mzcloud.org/
P.22 掲載の参考文献
1) Hirayama A, et al:Electrophoresis, 36:2148-2155, 2015
7) Wu Y & Li L:J Chromatogr A, 1430:80-95, 2016

実践編 ( 1 ) 試料収集, サンプリング

P.32 掲載の参考文献
1) Hernandes VV, et al:Electrophoresis, 38:2232-2241, 2017
2) Khadka M, et al:Biomolecules, 9:doi:10.3390/biom9050200, 2019
3) Gonzalez-Covarrubias V, et al:Metabolomics, 9:337-348:doi:10.1007/s11306-012-0450-4, 2013
4) Hirayama A, et al:Electrophoresis, 36:2148-2155, 2015
P.35 掲載の参考文献
1) Zamora-Ros R, et al:Anal Chim Acta, 704:110-115, 2011
2) Warrack BM, et al:J Chromatogr B Analyt Technol Biomed Life Sci, 877:547-552, 2009
3) Chen Y, et al:Anal Chem, 85:7659-7665, 2013
4) Gagnebin Y, et al:Anal Chim Acta, 955:27-35, 2017
P.38 掲載の参考文献
1) Sugimoto M, et al:Metabolomics, 6:78-95, 2010
2) Ishikawa S, et al:Sci Rep, 6:31520, 2016
3) Asai Y, et al:Cancers(Basel), 10:doi:10.3390/cancers10020043, 2018
4) Murata T, et al:Breast Cancer Res Treat, 177:591-601, 2019
5) Sugimoto M, et al:Metabolomics, 9:454-463, 2013
6) Okuma N, et al:PLoS One, 12:e0183109, 2017
7) Kawanishi N, et al:Clin Chim Acta, 489:41-48, 2019
8) Ishikawa S, et al:Amino Acids, 49:761-770, 2017
9) Tomita A, et al:Sci Rep, 8:12075, 2018
10) Sugimoto M, et al:Bio-protocol:10.21769/BioProtoc.3797, 2020
P.42 掲載の参考文献
1) Wang Z, et al:Cell, 163:1585-1595, 2015
2) Thorburn AN, et al:Nat Commun, 6:7320, 2015
3) Lamas B, et al:Sci Transl Med, 12:doi:10.1126/scitranslmed.aba0624, 2020
4) Xu J, et al:TrAC Trends in Analytical Chemistry, 112:161-174, 2019
5) Ishii C, et al:Keio SFC journal, 15:414-430, 2015
7) Ishii C, et al:Int J Mol Sci, 19:doi:10.3390/ijms19124079, 2018
P.56 掲載の参考文献
1) Delaney SM & Geiger JD:J Neurosci Methods, 64:151-156, 1996
2) Wasek B, et al:J Neurosci Methods, 307:188-193, 2018
3) Murphy EJ:Prostaglandins Other Lipid Mediat, 91:63-67, 2010
4) Ponten U, et al:J Neurochem, 548:https://doi.org/10.1111/j.1471-4159.1973.tb07567.x, 1973
5) Veech RL, et al:J Neurochem, 20:183-188, 1973
6) Bessho M, et al:Anal Biochem, 182:304-308, 1989
7) Sugiura Y, et al:Proteomics, 14:829-838, 2014
8) Sugiura Y, et al:Sci Rep, 6:32361, 2016
9) 「質量顕微鏡法」(瀬藤光利/編), 丸善出版, 2008
10) 「見つける, 量る, 可視化する!質量分析実験ガイド」(杉浦悠毅, 末松誠/編), 羊土社, 2013
P.62 掲載の参考文献
1) van Gulik WM:Curr Opin Biotechnol, 21:27-34, 2010
2) Canelas AB, et al:Anal Chem, 81:7379-7389, 2009
3) Bennett BD, et al:Nat Protoc, 3:1299-1311, 2008
4) Yuan J, et al:Mol Syst Biol, 5:302, 2009
5) Kato H, et al:J Biosci Bioeng, 113:665-673, 2012
6) Wellerdiek M, et al:Bioprocess Biosyst Eng, 32:581-592, 2009
P.69 掲載の参考文献
1) Eagle H:Science, 130:432-437, 1959
2) Dulbecco R & Freeman G:Virology, 8:396-397, 1959
3) Fushimi T, et al:J Agric Food Chem, 68:11997-12010, 2020
4) Izumi Y, et al:Metabolites, 9:doi:10.3390/metabo9110257, 2019
P.74 掲載の参考文献
1) Oikawa A, et al:J Sep Sci, 34:3561-3567, 2011
P.82 掲載の参考文献
1) 文部科学省:日本食品標準成分表2015年版(七訂)分析マニュアル https://www.mext.go.jp/a_menu/syokuhinseibun/1368931.htm
2) Kirimura J, et al:J Agric Food Chem, 17:689-695, 1969
3) Ogura T, et al:Food Chem, 327:127077, 2020
4) Hamid SS, et al:J Appl Phycol, 30:3335-3350, 2018
5) Hamid SS, et al:Algal Research, 47:101829, 2020
6) 食品と嗜好品. 「凍結乾燥」(Oetjen GW/著, 小林通有/訳), pp255-265, 凍結乾燥技術協会, 2003

実践編 ( 2 ) 機器分析

P.86 掲載の参考文献
1) Izumi Y, et al:Metabolites, 9:doi:10.3390/metabo9110257, 2019
P.98 掲載の参考文献
1) 島津製作所:GCMS 分析の基礎. https://www.an.shimadzu.co.jp/gcms/support/faq/fundamentals/gcms.htm
2) アジレント・テクノロジー社:GC-MSシステム. https://www.chem-agilent.com/contents.php?id=1001015
3) 津越敬寿:質量分析とは-イオン化法で七変化する分析法. 化学と教育, 63:596-599, 2015
4) 西岡孝明:メタボローム・マススペクトル統合データベース. 日本化学会情報化学部会誌, 24:38-41, 2006
5) Vander Heiden MG, et al:Science, 324:1029-1033, 2009
6) Palsson-McDermott EM & O'Neill LA:Bioessays, 35:965-973, 2013
7) 松田史生, 他:メタボローム解析技術の現状と展望. 化学と生物, 45:834-842, 2007
8) 櫻井望:食品成分のメタボローム解析と未知成分同定のための"食品メタボロームレポジトリ"の提案. オレオサイエンス, 19:59-65, 2019
9) 平山明由, 他:メタボロミクスにおける親水性代謝物解析. Journal of the Mass Spectrometry Society of Japan, 65:195-198, 2017
10) Bligh ED & Dyer WJ:Can J Biochem Physiol, 37:911-917, 1959
11) 「新 食品分析ハンドブック」(菅原龍幸, 他/監修), 建帛社, 2000
12) Nishiumi S, et al:PLoS One, 7:e40459, 2012
13) 木村圭一, 他:コシヒカリに由来する良食味遺伝子座が米および米飯の低分子量化合物に及ぼす影響. 日本食品科学工学会誌, 66:159-169, 2019
14) アジレント・テクノロジー社:メタボロミクス:データベースライブラリ. https://www.chem-agilent.com/contents.php?id=1002395
P.103 掲載の参考文献
1) Monton MR & Soga T:J Chromatogr A, 1168:237-46;discussion 236, 2007
2) Ramautar R, et al:Electrophoresis, 30:276-291, 2009
3) Hirayama A, et al:Cancer Res, 69:4918-4925, 2009
4) Miyagi A, et al:Plant Physiol Biochem, 122:40-45, 2018
5) Hirayama A, et al:Analyst, 137:5026-5033, 2012
6) Hirayama A, et al:Electrophoresis, 39:1382-1389, 2018
P.111 掲載の参考文献
1) Fushimi T, et al:J Agric Food Chem, 68:11997-12010, 2020
2) Djoumbou-Feunang Y, et al:Metabolites, 9:doi:10.3390/metabo9040072, 2019
3) Lv H, et al:J Proteome Res, 10:2104-2112, 2011
4) Nakatani K, et al:Mass Spectrom (Tokyo), 9:A0080, 2020
5) Smith CA, et al:Ther Drug Monit, 27:747-751, 2005
6) Sumner LW, et al:Metabolomics, 3:211-221, 2007
P.122 掲載の参考文献
1) Antoniewicz MR, et al:Anal Chem, 79:7554-7559, 2007
2) Okahashi N, et al:Mass Spectrom(Tokyo), 8:A0073, 2019
3) Araki C, et al:Mass Spectrom(Tokyo), 7:A0067, 2018
4) Matsuda F, et al:Biotechnol Adv, 35:971-980, 2017
5) Metallo CM, et al:Nature, 481:380-384, 2011
6) Okahashi N, et al:J Biosci Bioeng, 120:725-731, 2015
7) Okahashi N, et al:Biotechnol Bioeng, 114:2782-2793, 2017
8) Okahashi N, et al:Metab Eng, 51:43-49, 2019
9) Buescher JM, et al:Curr Opin Biotechnol, 34:189-201, 2015
10) 岡橋伸幸, 他:第25章 動物培養細胞の13C代謝フラックス解析. 「代謝センシング」(三林浩二/監), pp218-227, シーエムシー出版, 2018
P.135 掲載の参考文献
1) Yamada M, et al:J Chromatogr B Analyt Technol Biomed Life Sci, 995-996:74-84, 2015
2) Kamlage B, et al:Clin Chem, 60:399-412, 2014
3) 「実験医学別冊 脂質解析ハンドブック」(新井洋由, 他/編), 羊土社, 2019
4) Yamada M, et al:MP-546. 67th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, 2019
5) Ito H, et al:J Immunol, 205:1393-1405, 2020
6) Nakao T, et al:J Occup Health, 60:324-332, 2018
7) Kihara Y, et al:Exp Cell Res, 333:171-177, 2015
9) Zhao Z & Xu Y:J Lipid Res, 51:652-659, 2010
10) Yatomi Y, et al:Proc Jpn Acad Ser B Phys Biol Sci, 94:373-389, 2018
P.157 掲載の参考文献
1) Ikeda K:Mass Spectrometric Analysis of Phospholipids by Target Discovery Approach. 「Bioactive Lipid Mediators」 (Yokomizo t & Murakami M, eds), pp349-356, Springer, 2015
2) Tsugawa H, et al:Nat Biotechnol, 38:1159-1163, 2020
3) 池田和貴, 馬場健史:クロマトグラフィー(1) GC, SHC, LC, IMS. 「実験医学別冊 脂質解析ハンドブック」(新井洋由, 他/編), pp211-230, 羊土社, 2019
4) B Gowda SG, et al:Anal Bioanal Chem, 410:4793-4803, 2018
5) 池田和貴, 馬場健史:質量分析. 「実験医学別冊 脂質解析ハンドブック」(新井洋由, 他/編), pp196-210, 羊土社, 2019
6) Bligh EG & Dyer WJ:Can J Biochem Physiol, 37:911-917, 1959
8) Yamane D, et al:Nat Microbiol, 4:1096-1104, 2019
9) Kielkowska A, et al:Adv Biol Regul, 54:131-141, 2014
10) Takeda H, et al:J Lipid Res, 59:1283-1293, 2018
11) Tsugawa H, et al:Front Genet, 5:471, 2014
12) Ogawa T, et al:Rapid Commun Mass Spectrom, 31:928-936, 2017
13) Shiomi M, et al:Atherosclerosis, 284:18-23, 2019
14) Takeda H, et al:J Proteome Res, 19:1100-1108, 2020
15) Obata Y, et al:JCI Insight, 3:doi:10.1172/jci.insight.99680, 2018
P.159 掲載の参考文献
2) Uchida K, et al:Plant Cell Physiol:doi:10.1093/pcp/pcaa112, 2020
3) Dai Y & Hisiao JJ:Discovery Metabolomics LC/MS Methods Optimized for Polar Metabolites. Agilent Application Note:5994-1492en, 2019
P.162 掲載の参考文献
1) Izumi Y, et al:Metabolites, 9:doi:10.3390/metabo9110257, 2019
4) Fushimi T, et al:J Agric Food Chem, 68:11997-12010, 2020
P.164 掲載の参考文献
P.168 掲載の参考文献
1) Emwas AH, et al:Metabolites, 9:doi:10.3390/metabo9070123, 2019
2) 「メタボロミクスの先端技術と応用」(福崎英一郎/監修), シーエムシー出版. 2008
3) 関山恭代, 他:日本土壌肥料学雑誌, 91:272-279, 2020
5) 関山恭代, 池田成志:NMRで農産物・食品を見る ~NMRメタボロミクスとMRI画像解析の活用例~, オレオサイエンス, 19:109-116, 2019
6) Soininen P, et al:Circ Cardiovasc Genet, 8:192-206, 2015
7) Nicholson JK, et al:Nature, 491:384-392, 2012
8) Foroutan A, et al:Methods Mol Biol, 1996:311-324, 2019
9) Emwas AH, et al:Metabolomics, 14:31, 2018
10) Ramakrishnan V & Luthria DL:J Sci Food Agric, 97:33-42, 2017
11) 関山恭代, 他:農業・食品産業現場におけるNMRメタボロミクスの利用と今後の展望, バイオインダストリー, 32:10-16, 2015
12) Sekiyama Y, et al:Metabolites, 7:doi:10.3390/metabo7010004, 2017
13) Chikayama E, et al:Metabolites, 6:doi:10.3390/metabo6040036, 2016
P.170 掲載の参考文献
1) Dunn WB, et al:Analyst, 130:606-625, 2005
2) 「赤外・ラマン分光分析」(長谷川健, 尾崎幸洋/著, 日本分析化学会/編), 共立出版, 2020
3) Du J, et al:Nat Commun, 11:4830, 2020
4) 「近赤外分光法」(尾崎幸洋/編著), 講談社, 2015
5) Li X, et al:Food Chem, 343:128470, 2021
6) Diem M, et al:J Biophotonics, 6:855-886, 2013
P.172 掲載の参考文献
1) Miura D, et al:Anal Chem, 82:498-504, 2010
2) Fujimura Y, et al:Sci Rep, 7:2257, 2017
3) Ibanez AJ & Svatos A:Methods Mol Biol, 2064:73-88, 2020
P.174 掲載の参考文献
1) Morikawa-Ichinose T, et al:J Am Soc Mass Spectrom, 30:1512-1520, 2019
2) Luan H, et al:Mass Spectrom Rev, 38:22-33, 2019
3) Geier B, et al:Nat Microbiol, 5:498-510, 2020
4) Claes BSR, et al:Mass Spectrom (Tokyo), 8:A0078, 2019
5) Neumann EK, et al:Anal Chem, 92:13084-13091, 2020
6) Soltwisch J, et al:Anal Chem, 92:8697-8703, 2020
7) Shimma S & Sagawa T:J Agric Food Chem, 67:9652-9657, 2019
8) North Carolina State University:What is MSiReader? https://msireader.wordpress.ncsu.edu
9) Cardinal MSI. https://cardinalmsi.org

実践編 ( 3 ) データ解析

P.178 掲載の参考文献
1) Tsugawa H, et al:Nat Biotechnol, 38:1159-1163, 2020
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3) Benton HP, et al:Anal Chem, 80:6382-6389, 2008
4) Pluskal T, et al:BMC Bioinformatics, 11:395, 2010
5) Rost HL, et al:Nat Methods, 13:741-748, 2016
6) MacLean B, et al:Bioinformatics, 26:966-968, 2010
7) Tsugawa H, et al:Anal Chem, 88:7946-7958, 2016
8) Wang M, et al:Nat Biotechnol, 34:828-837, 2016
9) Ruttkies C, et al:J Cheminform, 8:3, 2016
10) Duhrkop K, et al:Nat Methods, 16:299-302, 2019
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20) Sumner LW, et al:Metabolomics, 3:211-221, 2007
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P.191 掲載の参考文献
1) Lai Z, et al:Nat Methods, 15:53-56, 2018
P.201 掲載の参考文献
1) Tsugawa H, et al:Nat Methods, 12:523-526, 2015
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3) Nagata M, et al:J Exp Med, 218:doi:10.1084/jem.20200815, 2021
4) Yasuda S, et al:iScience, 23:101841, 2020
5) Nothias LF, et al:Nat Methods, 17:905-908, 2020
6) Tsugawa H, et al:Anal Chem, 88:7946-7958, 2016
P.212 掲載の参考文献
1) Tsugawa H, et al:Anal Chem, 85:5191-5199, 2013
4) Tsugawa H, et al:Nat Methods, 12:523-526, 2015
8) Pluskal T, et al:BMC Bioinformatics, 11:395, 2010
9) MacLean B, et al:Bioinformatics, 26:966-968, 2010
P.223 掲載の参考文献
2) Pluskal T, et al:BMC Bioinformatics, 11:395, 2010
3) Tsugawa H, et al:Nat Methods, 12:523-526, 2015
4) Tsugawa H, et al:Anal Chem, 88:7946-7958, 2016
P.236 掲載の参考文献
2) 「Principal Component Analysis:Methods, Applications and Technology」(Virginia Gray, ed), Nova Science Publishers, 2017
7) MetaboAnalyst. https://www.metaboanalyst.ca/
9) CompMS:Statistical analysis tool. http://prime.psc.riken.jp/compms/others/main.html#Statistics
10) VANTED. http://www.vanted.org
12) HMDB. https://hmdb.ca/
13) Wishart DS, et al:Nucleic Acids Res, 46:D608-D617, 2018
15) SMPDB. https://smpdb.ca/
17) ESI 友の会:「メタボロミクスの発展を目指して」. https://sites.google.com/site/esitomonokai/home
18) フリーソフトウェアを通じた多変量解析講習(山本博之). https://www.slideshare.net/h_yama2396/ss-54462336
19) 2019-03-30 多変量解析演習(主成分分析・PLS-DA・PLS回帰). https://togotv.dbcls.jp/20190330.html
20) 解析用データ:https://github.com/hiroyukiyamamoto/mseapca
P.251 掲載の参考文献
1) Gehlenborg N, et al:Nat Methods, 7:S56-S68, 2010
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15) Kawata K, et al:iScience, 7:212-229, 2018
16) Ghosh S, et al:Biopharm Drug Dispos, 34:508-526, 2013
17) Jassal B, et al:Nucleic Acids Res, 48:D498-D503, 2020
18) Slenter DN, et al:Nucleic Acids Res, 46:D661-D667, 2018
19) Kitano H, et al:Nat Biotechnol, 23:961-966, 2005
20) Oda K, et al:Mol Syst Biol, 1:2005.0010, 2005
21) Fujita KA, et al:Mol Neurobiol, 49:88-102, 2014
22) Morris JH, et al:F1000Res, 4:482, 2015
23) Westreich ST, et al:BMC Bioinformatics, 21:39, 2020
24) David F. Stein, et al:bioRxiv. August 19, 2020
P.267 掲載の参考文献
1) Oliver SG, et al:Trends Biotechnol, 16:373-378, 1998
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5) Sud M, et al:Nucleic Acids Res, 44:D463-D470, 2016
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7) Schymanski EL, et al:Environ Sci Technol, 48:2097-2098, 2014
8) Liebisch G, et al:J Lipid Res:doi:10.1194/jlr.S120001025, 2020
9) Fahy E, et al:Nucleic Acids Res, 35:W606-W612, 2007
10) Tsugawa H, et al:Nat Methods, 12:523-526, 2015
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12) Rost HL, et al:Nat Methods, 13:741-748, 2016
13) Pluskal T, et al:BMC Bioinformatics, 11:395, 2010
14) KNIME. https://knime-infocom.jp/
P.277 掲載の参考文献
1) Haug K, et al:Nucleic Acids Res, 48:D440-D444, 2020
2) Sud M, et al:Nucleic Acids Res, 44:D463-D470, 2016
3) Chambers MC, et al:Nat Biotechnol, 30:918-920, 2012
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応用・展望編

P.282 掲載の参考文献
1) Chouchani ET & Kajimura S:Nat Metab, 1:189-200, 2019
2) Saito M, et al:Front Endocrinol(Lausanne), 11:222, 2020
3) Matsushita M, et al:Int J Obes(Lond), 38:812-817, 2014
4) Yoneshiro T, et al:Front Endocrinol(Lausanne), 11:600341, 2020
5) Yoneshiro T, et al:Nature, 572:614-619, 2019
6) Yoneshiro T, et al:J Clin Invest, 123:3404-3408, 2013
7) Yoneshiro T, et al:Am J Physiol Regul Integr Comp Physiol, 310:R999-R1009, 2016
P.285 掲載の参考文献
1) Tsugawa H, et al:Nat Biotechnol, 38:1159-1163, 2020
2) Hirabayashi T, et al:Nat Commun, 8:14609, 2017
3) Hata M, et al:Proc Natl Acad Sci U S A, 115:3936-3941, 2018
5) Nagata M, et a:J Exp Med, 218:e20200815, 2021
6) Arita M:J Biochem, 152:313-319, 2012
13) 理化学研究所プレスリリース. https://www.riken.jp/press/2020/20200616_1/index.html
P.289 掲載の参考文献
P.292 掲載の参考文献
P.296 掲載の参考文献
P.299 掲載の参考文献
P.301 掲載の参考文献
P.304 掲載の参考文献
1) 「代謝工学:原理と方法論」(グレゴリ・N. ステファノポーラス, 他/著, 清水 浩, 塩谷捨明/訳), 東京電機大学出版局, 2002
2) BASSHAM JA, et al:J Biol Chem, 185:781-787, 1950
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5) Vavricka CJ, et al:Nat Commun, 10:2015, 2019
6) Takenaka M, et al:Talanta, 222:121625, 2021
7) Hasunuma T, et al:Appl Microbiol Biotechnol, 100:1027-1038, 2016
8) Strucko T, et al:Metab Eng, 47:73-82, 2018
9) Kawaguchi H, et al:Microb Cell Fact, 17:76, 2018
10) Hasunuma T, et al:ACS Synth Biol, 8:2701-2709, 2019
11) Ho SH, et al:Sci Rep, 7:45471, 2017
12) Sakihama Y, et al:Sci Rep, 9:5319, 2019
13) Kono T, et al:Nat Commun, 8:14007, 2017
14) Hidese R, et al:ACS Synth Biol, 9:260-268, 2020
15) Vavricka CJ, et al:Trends Biotechnol, 38:68-82, 2020
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1) Nicholson JK, et al:Nature, 491:384-392, 2012
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7) Tadaka S, et al:Nucleic Acids Res, 46:D551-D557, 2018
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9) Azad RK & Shulaev V:Brief Bioinform, 20:1957-1971, 2019
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11) Siskos AP, et al:Anal Chem, 89:656-665, 2017
12) Thompson JW, et al:Anal Chem, 91:14407-14416, 2019
13) Hirayama A, et al:Electrophoresis, 36:2148-2155, 2015
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P.310 掲載の参考文献
1) Schroeder BO & Backhed F:Nat Med, 22:1079-1089, 2016
3) Thorburn AN, et al:Nat Commun, 6:7320, 2015
5) Pedersen HK, et al:Nature, 535:376-381, 2016
6) Liu R, et al:Nat Med, 23:859-868, 2017
7) Koh A, et al:Cell, 175:947-961.e17, 2018
8) Virtue AT, et al:Sci Transl Med, 11:doi:10.1126/scitranslmed. aav1892, 2019
9) Koeth RA, et al:Nat Med, 19:576-585, 2013
10) Nemet I, et al:Cell, 180:862-877.e22, 2020
11) Roberts AB, et al:Nat Med, 24:1407-1417, 2018
12) Shapiro H, et al:J Exp Med, 215:383-396, 2018
14) Hang S, et al:Nature, 576:143-148, 2019
P.323 掲載の参考文献
1) Nishino S, et al:J Biosci Bioeng, 120:280-286, 2015
2) Dempo Y, et al:Metabolites, 4:499-516, 2014
3) Dunn WB, et al:Bioanalysis, 4:2249-2264, 2012
4) Phinney KW, et al:Anal Chem, 85:11732-11738, 2013
5) Izumi Y, et al:Metabolites, 9:doi:10.3390/metabo9110257, 2019

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