実験医学別冊　ロングリードWET&DRY解析ガイド

出版社： 羊土社
発行日： 2021-10-01
分野： 医学一般  >  雑誌
ISSN： 02885514
雑誌名：
特集： ロングリードWET&DRY解析ガイド
電子書籍版： 2021-10-01 （第1刷）
書籍・雑誌
≪全国送料無料でお届け≫
取寄せ目安：8～14営業日

6,930 円(税込)

購入する
電子書籍
章別単位での購入はできません
ブラウザ、アプリ閲覧

6,930 円(税込)

購入する

目次

  • 特集　ロングリードWET&DRY解析ガイド　シークエンスをもっと自由に！
    　　　リピート配列から構造変異、ダイレクトRNA、de novoアセンブリまで、
    　　　研究の可能性をグンと広げる応用自在な最新技術　　

    第1章　Introduction
    　1　序論：誰もがゲノムシークエンシングできる時代に
    　2　ナノポアシークエンスの原理と技術発展
    　3　DRY解析環境のセットアップとデータ解析プラットフォームGalaxyの使い方
    　4　ナノポアシークエンス実践ガイド 〜ライブラリプレップから解析環境選びまで

    第2章　プロトコール(1)　リピートと構造変異
    　1　動物の長鎖リピート解析（クモ糸を例に）
    　2　ヒト疾患関連の長鎖リピート解析
    　3　ヒト疾患関連のSV解析
    　4　核酸の塩基修飾解析
    　5　メガベースをめざせ！ultra-long readプロトコール

    第3章　プロトコール(2)　ゲノムアセンブリ
    　1　初めてでもできる！細菌ゲノムのアセンブル
    　2　和牛のde novoゲノムアセンブリ
    　3　ナノポアで読む植物ゲノム

    第4章　発展的アプリケーション
    　1　direct RNA sequenceとRNA修飾の情報解析
    　2　ナノポア技術によるオンサイト迅速細菌同定
    　3　ナノポアシークエンサーMinIONを活用したウイルス解析

この書籍の参考文献

参考文献のリンクは、リンク先の都合等により正しく表示されない場合がありますので、あらかじめご了承下さい。

本参考文献は電子書籍掲載内容を元にしております。

第1章 Introduction

P.14 掲載の参考文献
1) Johnson SS, et al : J Biomol Tech, 28 : 2-7, 2017
PubMed
2) Castro-Wallace SL, et al : Sci Rep, 7 : 18022, 2017
PubMed
3) Ii KM, et al : J Genomics, 7 : 18-25, 2019
PubMed
4) https://twitter.com/ReindertN/status/1365000414765015040
 
5) 「実験医学 Vol.36 No.1 どこでも 誰でも より長く ナノポアシークエンサーが研究の常識を変える! 」 (荒川和晴/企画), 羊土社, 2017
 
6) Evans-Yamamoto D, et al : Microbiol Resour Announc, 8 : doi : 10.1128/MRA.00326-19, 2019
 
7) Seo K, et al : Microbiol Resour Announc, 9 : doi : 10.1128/MRA.00290-20, 2020
 
8) Koren S, et al : Genome Res, 27 : 722-736, 2017
PubMed
9) Tanizawa Y, et al : Bioinformatics, 34 : 1037-1039, 2018
PubMed
10) Parks DH, et al : Genome Res, 25 : 1043-1055, 2015
PubMed
11) https://tinyurl.com/keio-gew
 
12) Kono N & Arakawa K : Dev Growth Differ, 61 : 316-326, 2019
PubMed
13) https://twitter.com/boas_pucker/status/1334164934322753541
 
14) GitHub, Pilon https://github.com/broadinstitute/pilon/wiki
 
15) Artic Network https://artic.network/2-protocols.html
 
16) GISAID https://www.gisaid.org/
 
17) Nextstrain https://nextstrain.org/
 
18) WhatisBiotechnology, Nanopore sequencing https://www.whatisbiotechnology.org/index.php/science/summary/nanopore/nanopore-sequencing-makes-it-possible-to-decode-the
 
P.22 掲載の参考文献
1) Kasianowicz JJ, et al : Proc Natl Acad Sci U S A, 93 : 13770-13773, 1996
PubMed
2) Howorka S, et al : Nat Biotechnol, 19 : 636-639, 2001
 
3) GitHub, Medaka. https://github.com/nanoporetech/medaka
 
4) Karst SM, et al : Nat Methods, 18 : 165-169, 2021
PubMed
5) Oxford Nanopore Technologies, News, New nanopore sequencing chemistry in developers' hands ; set to deliver Q20+ (99%+) "raw read" accuracy. https://nanoporetech.com/about-us/news/new-nanopore-sequencing-chemistry-developers-hands-set-deliver-q20-99-raw-read
 
6) Oxford Nanopore Technologies, Accuracy. https://nanoporetech.com/accuracy
 
7) T2T Consortium, The Telomere-to-Telomere (T2T) consortium is an open, community-based effort to generate the first complete assembly of a human genome. https://sites.google.com/ucsc.edu/t2tworkinggroup/home?authuser=0
 
8) Miga KH, et al : Nature, 585 : 79-84, 2020
PubMed
9) Oxford Nanopore Technologies, Ligation Sequencing Kit. https://store.nanoporetech.com/catalog/product/view/id/488/s/ligation-sequencing-kit110/category/28/
 
10) Alonge M, et al : Cell, 182 : 145-161.e23, 2020
 
11) NIH, National Human Genome Research Institute, NHGRI funds centers for advancing the reference sequence of the human genome. https://www.genome.gov/news/news-release/NIH-funds-centers-for-advancing-sequence-of-human-genomereference
 
12) Alonge M, et al : Genome Biol, 20 : 224, 2019
PubMed
13) Shafin K, et al : Nat Biotechnol, 38 : 1044-1053, 2020
PubMed
14) Yuen ZW, et al : Nat Commun, 12 : 3438, 2021
PubMed
15) GitHub, Nanopolish. https://github.com/jts/nanopolish
 
16) Quick J, et al : Nature, 530 : 228-232, 2016
PubMed
17) Faria NR, et al : Nature, 546 : 406-410, 2017
PubMed
18) Kafetzopoulou LE, et al : Science, 363 : 74-77, 2019
PubMed
19) Zhu N, et al : N Engl J Med, 382 : 727-733, 2020
 
20) Meredith LW, et al : Lancet Infect Dis, 20 : 1263-1271, 2020
PubMed
21) Oude Munnink BB, et al : Nat Med, 26 : 1405-1410, 2020
PubMed
22) Eden JS, et al : Virus Evol, 6 : veaa027, 2020
PubMed
23) Fauver JR, et al : Cell, 181 : 990-996.e5, 2020
 
24) Bull RA, et al : Nat Commun, 11 : 6272, 2020
PubMed
25) Volden R, et al : bioRxiv : doi : 10.1101/2020.01.10.9023611, 2021
 
26) Singh M, et al : Nat Commun, 10 : 3120, 2019
PubMed
27) UC San Diego, Li S, Strategies to improve protein production of Chinese hamster ovary cell lines and genome annotation under the guidance of high throughput omics technology. https://escholarship.org/uc/item/1d30f4xc
 
28) Oxford Nanopore Technologies, Events. https://nanoporetech.com/events
 
P.38 掲載の参考文献
1) 遺伝研スーパーコンピュータシステム https://sc.ddbj.nig.ac.jp/
 
2) LPI-Japan, Linux 標準教科書 https://linuc.org/textbooks/linux/
 
3) Pitagora Network https://pitagora-network.org/
 
4) Workflow Meetup Japan https://workflow-meetup-jp.github.io/
 
5) 「次世代シークエンサーDRY 解析教本 改訂第2版」 (清水厚志, 坊農秀雅/編・著), 学研メディカル秀潤社, 2019
 
6) 「生命科学者のためのDr.Bono データ解析実践道場」 (坊農秀雅/著), メディカルサイエンスインターナショナル, 2019
 
7) バイオサイエンスデータベースセンター, NGSハンズオン講習会 https://biosciencedbc.jp/event/ngs/
 
8) Gruning B, et al : Nat Methods, 15 : 475-476, 2018
PubMed
9) Bioconda, Getting Started https://bioconda.github.io/user/install.html
 
10) Anaconda Project https://anaconda-project.readthedocs.io/en/latest/
PubMed
11) Miniconda, Conda documentation https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html
 
12) Afgan E, et al : Nucleic Acids Res, 46 : W537-W544, 2018
PubMed
13) Galaxy Europe https://usegalaxy.eu
 
14) European Galaxy Flavours https://galaxyproject.eu/posts/2020/12/28/subdomains/
 
15) de Koning W, et al : Gigascience, 9 : doi : 10.1093/gigascience/giaa105, 2020
 
16) De Coster W, et al : Bioinformatics, 34 : 2666-2669, 2018
PubMed
17) GitHub, Porechop : adapter trimmer for Oxford Nanopore reads https://github.com/rrwick/Porechop
 
18) GitHub, Filtlong : quality filtering tool for long reads https://github.com/rrwick/Filtlong
 
19) Wick RR, et al : PLoS Comput Biol, 13 : e1005595, 2017
PubMed
20) Kolmogorov M, et al : Nat Biotechnol, 37 : 540-546, 2019
PubMed
21) Ruan J & Li H : Nat Methods, 17 : 155-158, 2020
PubMed
22) Koren S, et al : Genome Res, 27 : 722-736, 2017
PubMed
23) GitHub, Medaka-Sequence correction provided by ONT Research https://github.com/nanoporetech/medaka
 
24) Walker BJ, et al : PLoS One, 9 : e112963, 2014
PubMed
25) Li H : Bioinformatics, 34 : 3094-3100, 2018
PubMed
26) Li H, et al : Bioinformatics, 25 : 2078-2079, 2009
PubMed
27) Wood DE, et al : Genome Biol, 20 : 257, 2019
PubMed
28) Krawczyk PS, et al : Nucleic Acids Res, 46 : e35, 2018
PubMed
29) GitHub, staramr - Scans genome contigs against the ResFinder, PlasmidFinder, and PointFinder databases. https://github.com/phac-nml/staramr
 
30) Kodama Y, et al : Nucleic Acids Res, 40 : D54-D56, 2012
PubMed
31) Galaxy Community Hub, Learn Galaxy https://galaxyproject.org/learn/
PubMed
P.56 掲載の参考文献
1) NIST, Genome in a Bottle https://www.nist.gov/programs-projects/genome-bottle
 
2) Oxford Nanopore Technologies, community https://community.nanoporetech.com/
 
3) Oxford Nanopore Technologies, MinION Mk1B IT requirements https://community.nanoporetech.com/requirements_documents/minion-it-reqs.pdf
 
4) Oxford Nanopore Technologies, Dokos, R., Reid, S., Clarke, J. "NCM2020 Nanopore Update" https://nanoporetech.com/resource-centre/videos/NCM2020/ncm-2020-nanopore-update
 
5) Oxford Nanopore Technologies, Juul, S. "The median is the message" https://nanoporetech.com/resource-centre/videos/NCM2020/The-median-is-the-message
 
6) Circulomics https://www.circulomics.com/
 
7) Payne A, et al : Nat Biotechnol, 39 : 442-450, 2021
PubMed
8) Kovaka S, et al : Nat Biotechnol, 39 : 431-441, 2021
PubMed
9) Oxford Nanopore Technologies, community https://community.nanoporetech.com/info_sheets/adaptive-sampling/v/ads_s1016_v1_revb_12nov2020/designing-and-running-an-experiment-with-adaptive-sampling
 
10) UCSC Genome Browser https://genome.ucsc.edu/
 

第2章 プロトコール ( 1 ) リピートと構造変異

P.78 掲載の参考文献
1) Kono N, et al : Sci Rep, 9 : 8380, 2019
PubMed
2) Hayashi CY & Lewis RV : Science, 287 : 1477-1479, 2000
 
3) Babb PL, et al : Nat Genet, 49 : 895-903, 2017
PubMed
4) Scheibel T : Microb Cell Fact, 3 : 14, 2004
PubMed
5) Kono N, et al : Commun Biol, 2 : 148, 2019
PubMed
6) Kono N, et al : Sci Rep, 10 : 15721, 2020
PubMed
7) Kono N, et al : Mol Ecol Resour, 16 : 662-672, 2016
PubMed
8) Schroeder A, et al : BMC Mol Biol, 7 : 3, 2006
PubMed
9) Bolger AM, et al : Bioinformatics, 30 : 2114-2120, 2014
PubMed
10) Chang Z, et al : Genome Biol, 16 : 30, 2015
PubMed
11) Shen W, et al : PLoS One, 11 : e0163962, 2016
PubMed
12) Hackl T, et al : Bioinformatics, 30 : 3004-3011, 2014
PubMed
13) Kono N & Arakawa K : Dev Growth Differ, 61 : 316-326, 2019
PubMed
14) Kono N, et al : bioRxiv : doi : 10.1101/2021.04.22.441049, 2021
 
P.92 掲載の参考文献
1) Mitsuhashi S, et al : Genome Biol, 20 : 58, 2019
PubMed
2) Mitsuhashi S & Matsumoto N : J Hum Genet, 65 : 11-19, 2020
PubMed
3) Frith MC, et al : Methods Mol Biol, 2231 : 135-145, 2021
PubMed
4) Hamada M, et al : Bioinformatics, 33 : 926-928, 2017
PubMed
5) Frith MC & Kawaguchi R : Genome Biol, 16 : 106, 2015
PubMed
6) Frith MC : Nucleic Acids Res, 39 : e23, 2011
PubMed
データ : https://www.hgvd.genome.med.kyoto-u.ac.jp/repository/HGV0000008.html
 
LAST : https://gitlab.com/mcfrith/last
 
LAST tutorial : https://gitlab.com/mcfrith/last/-/blob/main/doc/last-cookbook.rst
 
tandem-genotypes : https://github.com/mcfrith/tandem-genotypes
 
lamassemble : https://gitlab.com/mcfrith/lamassemble/blob/master/lamassemble
 
tantan : https://gitlab.com/mcfrith/tantan
 
SAMtools : http://samtools.github.io
 
IGV : https://software.broadinstitute.org/software/igv/
 
P.112 掲載の参考文献
1) Sakamoto Y, et al : J Hum Genet, 65 : 3-10, 2020
PubMed
1. 「実験医学 Vol.36 No.1 どこでも 誰でも より長く ナノポアシークエンサーが研究の常識を変える! 」 (荒川和晴/企画), 羊土社, 2017
 
2) Sakamoto Y, et al : Genome Res, 30 : 1243-1257, 2020
PubMed
3) Li H, et al : Bioinformatics, 25 : 2078-2079, 2009
PubMed
4) Li H : Bioinformatics, 34 : 3094-3100, 2018
PubMed
5) Sedlazeck FJ, et al : Nat Methods, 15 : 461-468, 2018
PubMed
6) Jiang T, et al : Genome Biol, 21 : 189, 2020
PubMed
7) Shiraishi Y, et al : bioRxiv : doi : 10.1101/2020.07.22.214262, 2021
 
8) Thorvaldsdottir H, et al : Brief Bioinform, 14 : 178-192, 2013
PubMed
9) Krzywinski M, et al : Genome Res, 19 : 1639-1645, 2009
 
10) Nattestad M, et al : Bioinformatics, 37 : 413-415, 2021
PubMed
P.128 掲載の参考文献
1) Stoiber M, et al : bioRxiv : doi : 10.1101/094672, 2017
 
2) Liu Q, et al : BMC Genomics, 20 : 78, 2019
PubMed
3) Tourancheau A, et al : Nat Methods, 18 : 491-498, 2021
PubMed
4) Jenjaroenpun P, et al : Nucleic Acids Res, 49 : e7, 2021
PubMed
5) Simpson JT, et al : Nat Methods, 14 : 407-410, 2017
PubMed
6) Rand AC, et al : Nat Methods, 14 : 411-413, 2017
PubMed
7) McIntyre ABR, et al : Nat Commun, 10 : 579, 2019
PubMed
8) Ni P, et al : Bioinformatics, 35 : 4586-4595, 2019
PubMed
9) Liu Q, et al : Nat Commun, 10 : 2449, 2019
PubMed
10) Zhang Y, et al : bioRxiv : doi : 10.1101/2021.02.08.430070, 2021
 
11) Megalodon Model Training https://nanoporetech.github.io/megalodon/model_training.html
 
12) GitHub, Oxford Nanopore Technologies, Rerio https://github.com/nanoporetech/rerio
 
13) Koren S, et al : Genome Res, 27 : 722-736, 2017
PubMed
14) Shen W, et al : PLoS One, 11 : e0163962, 2016
PubMed
15) Quinlan AR & Hall IM : Bioinformatics, 26 : 841-842, 2010
PubMed
16) Nanopore Community, Software Downloads https://community.nanoporetech.com/downloads
 
17) Bailey TL, et al : Nucleic Acids Res, 37 : W202-W208, 2009
PubMed
18) The MEME Suite https://meme-suite.org/meme/
PubMed
19) Yuen ZW, et al : Nat Commun, 12 : 3438, 2021
PubMed
P.139 掲載の参考文献
1) Kono N & Arakawa K : Dev Growth Differ, 61 : 316-326, 2019
PubMed
2) Loman Labs, Thar she blows! Ultra long read method for nanopore sequencing. http://lab.loman.net/2017/03/09/ultrareadsfor-nanopore/
 
3) Jain M, et al : Nat Biotechnol, 36 : 338-345, 2018
PubMed
4) Payne A, et al : Bioinformatics, 35 : 2193-2198, 2019
PubMed
5) Oxford Nanopore Technologies, News, Oxford Nanopore announces multiple releases, for high-accuracy, content-rich, highthroughput whole-genome sequencing, and dynamic targeted sequencing. https://nanoporetech.com/about-us/news/oxford-nanopore-announces-multiple-releases-high-accuracy-content-rich-high
 
6) CAB Direct, Molecular cloning : a laboratory manual. Mol. Cloning Lab. Man. https://www.cabdirect.org/cabdirect/abstract/19901616061
 
7) protocols.io, Ultra-long read sequencing protocol for RAD004. https://www.protocols.io/view/ultra-long-read-sequencingprotocol-for-rad004-mrxc57n
 
8) Yasodha R, et al : DNA Res, 25 : 409-419, 2018
PubMed
9) Hoang PNT, et al : Plant J, 96 : 670-684, 2018
PubMed
10) Miller DE, et al : G3 (Bethesda), 8 : 3131-3141, 2018
PubMed
11) Gautier M, et al : Curr Biol, 28 : 3296-3302.e7, 2018
 
12) Tan MH, et al : Gigascience, 7 : 1-6, 2018
PubMed
13) Jansen HJ, et al : Sci Rep, 7 : 7213, 2017
PubMed
14) Oxford Nanopore Technologies, News, Oxford Nanopore and Circulomics launch kits to enable routine sequencing of ultralong fragments of DNA. https://nanoporetech.com/about-us/news/oxford-nanopore-and-circulomics-launch-kits-enableroutine-sequencing-ultra-long
 

第3章 プロトコール ( 2 ) ゲノムアセンブリ

P.163 掲載の参考文献
1) 須田亙, 他 : 腸内細菌叢のメタゲノム解析・メタ16S解析『実験医学別冊 NGSアプリケーション 今すぐ始める! メタゲノム解析 実験プロトコール』 (服部正平/編), pp28-38, 羊土社, 2016
 
2) Wick RR, et al : PLoS Comput Biol, 13 : e1005595, 2017
PubMed
3) GitHub, Unicycler https://github.com/rrwick/Unicycler
 
4) GitHub, NanoPlot https://github.com/wdecoster/NanoPlot
PubMed
5) GitHub, Nanofilt https://github.com/wdecoster/nanofilt
 
6) Walker BJ, et al : PLoS One, 9 : e112963, 2014
PubMed
7) Wick RR, et al : Bioinformatics, 31 : 3350-3352, 2015
PubMed
8) OSTI.GOV, BBMap : A Fast, Accurate, Splice-Aware Aligner https://www.osti.gov/biblio/1241166-bbmap-fast-accuratesplice-aware-aligner
 
9) Yu H, et al : Microbiol Resour Announc, 8 : doi : 10.1128/MRA.00696-19, 2019
 
10) Chen S, et al : Bioinformatics, 34 : i884-i890, 2018
PubMed
11) Jain C, et al : Nat Commun, 9 : 5114, 2018
PubMed
12) Tanizawa Y, et al : Biosci Microbiota Food Health, 35 : 173-184, 2016
PubMed
13) Tanizawa Y, et al : Bioinformatics, 34 : 1037-1039, 2018
PubMed
14) ORCiD, Dominik R. Laetsch https://orcid.org/0000-0001-7887-0186
 
15) https://blobtools.readme.io/
 
16) GitHub, SV-Quest https://github.com/kazumaxneo/SV-Quest
 
17) macでインフォマティクス, 上坂一馬 http://kazumaxneo.hatenablog.com/
 
P.199 掲載の参考文献
1) Workman R, et al : High Molecular Weight DNA Extraction from Recalcitrant Plant Species for Third Generation Sequencing. doi : 10.1038/protex.2018.059, 2018
 
2) Chen Y, et al : Nat Commun, 12 : 60, 2021
 
3) Kolmogorov M, et al : Nat Biotechnol, 37 : 540-546, 2019
PubMed
4) Koren S, et al : Genome Res, 27 : 722-736, 2017
PubMed
5) Ruan J & Li H : Nat Methods, 17 : 155-158, 2020
PubMed
6) Vaser R, et al : Genome Res, 27 : 737-746, 2017
PubMed
7) Medaka https://nanoporetech.github.io/medaka/index.html
 
8) Kundu R, et al : bioRxiv : doi : 10.1101/2019.12.19.882506, 2019
 
9) Roach MJ, et al : BMC Bioinformatics, 19 : 460, 2018
 

第4章 発展的アプリケーション

P.212 掲載の参考文献
1) Kriman S, et al : Quartznet : Deep Automatic Speech Recognition with 1D Time-Channel Separable Convolutions. ICASSP : doi : 10.1109/ICASSP40776.2020.9053889, 2020
 
2) Loman NJ, et al : Nat Methods, 12 : 733-735, 2015
PubMed
3) Schreiber J & Karplus K : Bioinformatics, 31 : 1897-1903, 2015
PubMed
4) Teng H, et al : Gigascience, 7 : doi : 10.1093/gigascience/giy037, 2018
 
5) Silvestre-Ryan J & Holmes I : Genome Biol, 22 : 38, 2021
PubMed
6) GitHub, Bonito https://github.com/nanoporetech/bonito
 
7) GitHub, Taiyaki https://github.com/nanoporetech/taiyaki
 
8) GitHub, Megalodon https://github.com/nanoporetech/megalodon
 
9) Liu H, et al : Nat Commun, 10 : 4079, 2019
PubMed
10) Stoiber M, et al : bioRxiv : doi : 10.1101/094672, 2017
 
11) GitHub, Nanopolish https://github.com/jts/nanopolish
 
12) Ueda H : bioRxiv : doi : 10.1101/2020.09.13.295089, 2020
 
13) Perera P & Patel VM : IEEE Trans Image Process, 28 : 5450-5463, 2019
PubMed
14) Hu J, et al : IEEE Trans Pattern Anal Mach Intell, 42 : 2011-2023, 2020
PubMed
15) Li H : Bioinformatics, 34 : 3094-3100, 2018
PubMed
16) Maric J, et al : bioRxiv : doi : 10.1101/720458, 2019
 
17) Orabi B, et al : bioRxiv : doi : 10.1101/2021.01.20.427493, 2021
 
18) Tang AD, et al : Nat Commun, 11 : 1438, 2020
PubMed
19) Vohra D : Apache Parquet「Practical Hadoop Ecosystem」 (Vohra D, ed), pp325-335, Apress, 2016
 
20) Acuna P : Kubernetes「Deploying Rails with Docker, Kubernetes and ECS」 (Acuna P, ed), pp27-68, Apress, 2016
 
21) Apache Spark https://spark.apache.org/
 
22) SciPy2015, Dask : Parallel Computation with Blocked algorithms and Task Scheduling http://conference.scipy.org/proceedings/scipy2015/matthew_rocklin.html
 
P.219 掲載の参考文献
1) Kai S, et al : FEBS Open Bio, 9 : 548-557, 2019
PubMed
2) Klindworth A, et al : Nucleic Acids Res, 41 : e1, 2013
PubMed
3) Matsuo Y, et al : BMC Microbiol, 21 : 35, 2021
PubMed
4) Quast C, et al : Nucleic Acids Res, 41 : D590-D596, 2013
PubMed
5) Shen W, et al : PLoS One, 11 : e0163962, 2016
PubMed
6) Mitsuhashi S, et al : Sci Rep, 7 : 5657, 2017
PubMed
7) Nakagawa S, et al : Clin Transl Immunology, 8 : e01087, 2019
PubMed
8) Tanaka H, et al : JA Clin Rep, 5 : 24, 2019
PubMed
9) 甲斐慎一, 他 : Intensivist, 11 : 386-390, 2019
 
10) Komiya S, et al : bioRxiv : doi : 10.1101/2021.01.07. 425663, 2021
 
11) Santos A, et al : Comput Struct Biotechnol J, 18 : 296-305, 2020
PubMed
P.223 掲載の参考文献
1) Quick J, et al : Nature, 530 : 228-232, 2016
PubMed
2) Faria NR, et al : Genome Med, 8 : 97, 2016
PubMed
3) Faria NR, et al : Nature, 546 : 406-410, 2017
PubMed
4) ARTIC network https://artic.network/
 
5) Greninger AL, et al : Genome Med, 7 : 99, 2015
PubMed
6) Zhu N, et al : N Engl J Med, 382 : 727-733, 2020
 
7) Lu R, et al : Lancet, 395 : 565-574, 2020
PubMed
8) GISAID https://www.gisaid.org/
 
9) James P, et al : medRxiv : doi : 10.1101/2020.08.07.20161737, 2020
 
10) Yoshikawa R, et al : PLoS Negl Trop Dis, 14 : e0008855, 2020
PubMed
11) Rabe BA & Cepko C : Proc Natl Acad Sci U S A, 117 : 24450-24458, 2020
PubMed
12) Ludwig KU, et al : Nat Biotechnol : doi : 10.1038/s41587-021-00966-9, 2021
 
13) Peto L, et al : J Clin Microbiol, 59 : doi : 10.1128/JCM.03271-20, 2021
 
14) Oxford Nanopore Technologies, News, Mobile laboratories use LamPORE COVID-19 test, UK Government LamPORE evaluation report shows high accuracy. https://nanoporetech.com/about-us/news/mobile-laboratories-use-lampore-covid-19-test-uk-government-lampore-evaluation-report
 
15) Yahara K, et al : Nat Commun, 12 : 27, 2021
PubMed
16) Keller MW, et al : Sci Rep, 8 : 14408, 2018
PubMed
17) Viehweger A, et al : Genome Res, 29 : 1545-1554, 2019
PubMed
18) Nakagawa S, et al : Clin Transl Immunology, 8 : e01087, 2019
PubMed
19) May M : Nat Med, 27 : 358-359, 2021
PubMed

書評

最近チェックした商品履歴

Loading...