実験医学別冊 メタゲノムデータ解析
出版社: |
羊土社 |
発行日: |
2021-12-15 |
分野: |
医学一般
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雑誌
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ISSN: |
02885514 |
雑誌名: |
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特集: |
メタゲノムデータ解析 |
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目次
- 特集 メタゲノムデータ解析
16Sも! ショットガンも! ロングリードも!
菌叢解析が得意になる凄技レシピ
Chapter1 メタゲノムデータ解析に必要なコンピュータリテラシー
(1)Anaconda仮想環境とDocker
(2)データ解析インフラ
Chapter2 細菌叢の組成を調べる ─16Sアンプリコン解析
(1)Short read
1) QIIME 2
2) VITCOMIC2,LEA
(2)Long read
1) GenomeSync + GSTK法
2) NanoGalaxy
[COLUMN]DIYメタゲノム解析
Chapter3 細菌叢の機能にまでふみこむ ─ショットガン解析
(1)メタゲノムアセンブリと系統解析 PhyloPhlAn3 + GraPhlAn
(2)アノテーション DFAST
[COLUMN]マイクロバイオームヘルスケア,はじめないか
Chapter4 解析したデータを共有・利用する
(1)国際塩基配列データベースへの登録 メタゲノムアセンブリ,DRA,DDBJ
(2)figshare,生命科学系データベースアーカイブを使ったデータ共有
(3)横断的に検索できる微生物統合データベース MicrobeDB.jp